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  | Protein Homology/analogY Recognition Engine V 2.0 |
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Fold library id | PDB Header | Molecule | Title |
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c1h0mD_ | PDB header: transcription/dna | Chain: D: PDB Molecule: transcriptional activator protein trar; | PDBTitle: three-dimensional structure of the quorum sensing protein2 trar bound to its autoinducer and to its target dna |
Added to library: Tue Mar 16 13:53:24 2010 | |
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Links to external resources | |
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Sequence | Q | H | W | L | D | K | L | T | D | L | A | A | I | E | G | D | E | C | I | L | K | T | G | L | A | D | I | A | D | H | F | G | F | T | G | Y | A | Y | L | H | I | Q | H | R | H | I | T | A | V | T | N | Y | H | R | Q | W | Q | S | T | Y | F | D | K | K | F | E | A | L | D | P |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | S | S | S | S | T | T | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 80 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 90 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 100 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 110 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 120 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 130 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 140 |
Sequence | V | V | K | R | A | R | S | R | K | H | I | F | T | W | S | G | E | H | E | R | P | T | L | S | K | D | E | R | A | F | Y | D | H | A | S | D | F | G | I | R | S | G | I | T | I | P | I | K | T | A | N | G | F | X | S | X | F | T | X | A | S | D | K | P | V | I | D | I | D | A |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | S | S | T | T | T | T | S | S | S | T | T | T | G | G | G | S | S | S | S |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 150 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 160 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 170 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 180 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 190 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 200 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 210 |
Sequence | V | A | A | A | A | T | I | G | Q | I | H | A | R | I | S | F | L | R | T | T | P | T | A | E | D | A | A | W | L | D | P | K | E | A | T | Y | L | R | W | I | A | V | G | K | T | X | E | E | I | A | D | V | E | G | V | K | Y | N | S | V | R | V | K | L | R | E | A | X | K | R |
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | T | T | S | B | T | T | T | T | T |   | . | . | . | . | . | . | . | . | . | 220 | . | . | . | . | . | . | . | . | . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | F | D | V | R | S | K | A | H | L | T | A | L | A | I | R | R | K | L | I | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted secondary structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SS confidence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Known secondary structure (DSSP) | T | S | S | T | T |
Download: | PDB structure | FASTA sequence |
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