Job Description P20083 Confidence 99.79% Date Thu Jan 5 11:37:45 GMT 2012 Rank 29 Aligned Residues 315 % Identity 20% Template c2zbkB_ PDB info PDB header:isomerase Chain: B: PDB Molecule:type 2 dna topoisomerase 6 subunit b; PDBTitle: crystal structure of an intact type ii dna topoisomerase:2 insights into dna transfer mechanisms Resolution 3.56 Å

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		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.		.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.							.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	P	N	H	L	G	Q	E	V	I	D	N	S	V	D	.	E	A	L	A	G	H	A	K	R	V	D	V	I	L	H	A	D	Q	S	.	.	.	.	.	.	L	E	V	I	D	D	G	R	G	M	P	V	D	I	H	P	E	E	G	V	P	A	V	E	L	I	L	C	R	L	H	A	G	G	K	F	S	N	K
Query Conservation																	.																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.																				.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Sequence		A	L	Y	Q	T	V	R	E	L	I	E	N	S	L	D	A	T	D	V	H	G	I	L	P	N	I	K	I	T	I	D	L	I	D	D	A	R	Q	I	Y	K	V	N	V	V	D	N	G	I	G	I	P	P	Q	E	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	N	A	F	G	R	V	L	Y	S	S	K	Y	V	N	.
Template Known Secondary structure																T	T	T	T	T	T	T														T	T	T	T										S					G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	S					T	S				S						.
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template SS confidence
		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.									.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.						.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.							.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	Y	Q	F	S	G	G	L	H	G	V	G	I	S	V	V	N	A	L	S	.	.	.	.	.	K	R	V	E	V	N	V	R	R	D	G	Q	V	Y	N	I	A	F	E	N	.	.	.	.	.	.	G	E	K	V	Q	D	L	Q	V	V	G	T	C	G	K	R	N	T	G	T	S	V	H	F	W	P	D	E	T
Query Conservation																						.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																			.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																																																											.	.	.	.
Template Sequence		.	.	R	Q	T	R	G	M	Y	G	L	G	V	K	A	A	V	L	Y	S	Q	M	H	Q	D	K	P	I	E	I	E	T	S	P	V	N	S	K	R	I	Y	T	F	K	L	K	I	D	I	N	K	N	E	P	I	I	V	E	R	G	S	V	E	N	T	R	G	F	H	G	T	S	V	A	I	S	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	S			S		S	S	S	S																								T	T		S											T	T	T	T														S	S										.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.																																																																											.	.	.	.
Template SS confidence
				102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	F	D	S	P	R	F	S	V	S	R	L	T	H	V	L	K	A	K	A	V	L	C	P	G	V	E	I	T	F	K	D	E	I	N	N	T	E	Q	R	W	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.
Template Sequence		I	P	G	D	W	P	K	A	K	S	R	I	Y	E	Y	I	K	R	T	Y	I	I	T	P	Y	A	E	F	I	F	K	D	.	.	P	E	G	N	V	T	Y	Y	P	R	L	T	N	K	I	P	K	P	P	Q	E	V	K	P	H	P	Y	G	V	D	R	E	E	I	K	I	L	I	N	N	L	K	R	D	Y	T
Template Known Secondary structure																									T	T								.	.	T	T	S																							G	G	G											T	T		S	S			B
Template Predicted Secondary structure																																		.	.
Template SS confidence
		176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.			.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
													215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	Q	D	G	L	N	D	Y	L	A	E	A	V	N	G	L	P	T	L	P	E	K	P	F	I	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	K	E	F	L	V	N	E	F	Q	S	I	G	D	T	T	A	D	K	I	L	E	L	A	G	L	K	P	N	K	K	V	K	N	L	T	E	E	E	I	T	R	L	V	E	T	F	K	K	D	E	D	F	R	S	P	S	A	D	S	L	S	V	I	G	E	D	L	I	E	L	G	L	K	K	I	F	N	P	D
Template Known Secondary structure								T	T	S	T	T													T	T			S	S		B	S	S																									S	T	T						T	T						T	T	T	T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
													242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.				.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	G	D	T	E	A	V	D	W	A	L	L	W	L	P	E	.	.	.	G	G	E	L	L	T	E	S	Y	V	N	L	I	P	T	M	Q	G	G	T	H	V	N	G	L	R	Q	G	L	L	D	A	M	R	E	F	C	E	Y	R	N	I	L	P	R	G	V	K	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	A	A	S	I	T	R	K	P	K	A	Y	Q	G	H	P	F	I	V	E	A	G	V	A	F	G	G	S	I	P	V	G	E	E	P	I	V	L	R	Y	A	N	K	I	P	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	E	K	S	D	V	I	W	K	V	V	E	E	L	D	W	K	R	Y	G	I	E	S
Template Known Secondary structure														T	T												S	T	T	S			B	S	S								T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	G	G	G										S		T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380										.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	A	E	D	I	W	D	R	C	A	Y	V	L	S	V	K	M	Q	D	P	Q	F	A	G	Q	T	K	E	R	L	S	S	R	Q	C	A	A	F	V	S	G	V	V	K	D	A	F	I	L	W	L	N	Q	N	V	Q	A	A	E	L	L	A	E	M	A	I	S	S	A	Q	R	R	M	R	A	A	K	K
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.																										.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.																										.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	Q	Y	.	.	.	.	Q	M	V	V	M	V	H	L	C	S	T	K	I	P	Y	K	S	A	G	K	E	S	I	A	E	.	.	.	V	E	N	I	E	K	E	I	K	N	A	L	M	.	.	.	.	.	.	.	E	V	A	R	K	L	K	Q	Y	L	S	E	K	R	K	E	Q	E	A	K	K	K	L
Template Known Secondary structure		S	S	B	.	.	.	.											S	S			B	S	S	S	S		S		B			.	.	.														.	.	.	.	.	.	.										T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.																										.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		405	.	.					.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.				.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.								.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.