Job Description P77348 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:28:03 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 482 % Identity 18% Template d1vr5a1 SCOP info Periplasmic binding protein-like II Periplasmic binding protein-like II Phosphate binding protein-like Resolution 1.73

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		32	.	.	.	.	.	.	.			40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.		.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.																																				.
Query SS confidence										.	.																																				.
Query Sequence		A	E	K	Q	E	L	V	R	.	.	H	I	K	D	E	P	A	S	L	D	P	A	K	A	V	G	L	P	E	I	Q	V	I	R	D	L	F	E	G	L	V	N	Q	N	E	.	K	G	E	I	V	P	G	V	A	T	Q	W	K	S	N	D	N	R	I	W	T	F	T	L	R	D	N	A	K	W	A	D	G	T
Query Conservation										.	.																																				.
Alig confidence										.	.																				.																.
Template Conservation																															.
Template Sequence		E	R	N	K	T	L	Y	W	G	G	A	L	W	S	P	P	S	N	W	N	P	F	T	P	W	N	A	V	A	.	G	T	I	G	L	V	Y	E	P	L	F	L	Y	D	P	L	N	D	K	F	E	P	W	L	A	E	K	G	E	W	V	S	N	N	E	Y	V	L	T	L	R	K	G	L	R	W	Q	D	G	V
Template Known Secondary structure			G	G	G						S	S			S							T	T		T	T	T	S		T	.	T	T	B	T	T	T	B			S					T	T	T	T					S	S									T	T								S	S		B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																															.
Template SS confidence
		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.		.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
		109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	V	T	A	Q	D	F	V	Y	S	W	Q	R	L	V	D	P	K	T	L	S	P	F	A	W	F	A	A	L	A	G	I	N	N	A	Q	A	I	I	D	G	K	A	T	P	D	Q	L	G	V	T	A	V	D	A	H	T	L	K	I	Q	L	D	K	P	L	P	W	F	V	N	L	T	A	N	F	A	F	F	P
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Sequence		P	L	T	A	D	D	V	V	F	T	F	E	I	A	K	K	Y	T	G	I	S	Y	S	P	V	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	W	L	G	R	I	E	R	V	D	E	R	T	L	K	F	V	F	S	D	P	R	Y	Q	E	W	K	Q	X	L	I	.	N	T	P	I
Template Known Secondary structure		B																	T	T	S	T	T	G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T									T	T							S	S												.
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template SS confidence
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.		.	160	.	.
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200					.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.					.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
Predicted Secondary structure														.	.	.	.																																				.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.																																				.	.	.	.
Query Sequence		V	Q	K	A	N	V	E	S	G	K	E	W	.	.	.	.	T	K	P	G	N	L	I	G	N	G	A	Y	V	L	K	E	R	V	V	N	E	K	L	V	V	V	P	N	T	H	Y	W	D	N	A	.	.	.	.	K	T	V	L	Q	K	V	T	F	L	P	I	N	Q	E	S	A	A	T	K	R	Y	L	A	G
Query Conservation														.	.	.	.																																				.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.																					.															.	.	.	.
Template Conservation																																						.
Template Sequence		V	P	K	H	I	W	E	N	K	T	E	E	E	V	L	Q	A	A	N	E	N	P	V	G	S	G	P	Y	Y	V	E	S	W	A	D	D	.	R	C	V	F	K	K	N	G	N	W	W	G	I	R	E	L	G	Y	D	P	K	P	E	R	I	V	E	L	R	V	L	S	N	N	V	A	V	G	X	L	X	K	G
Template Known Secondary structure								T	T												S	S				S	S	S								T	T	.								T	T														S								S												T
Template Predicted Secondary structure																																						.
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.		.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290					.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.
Query Sequence		D	I	D	I	T	E	S	F	P	K	N	M	Y	Q	K	L	L	K	D	I	P	G	Q	V	Y	T	P	P	Q	L	.	.	.	.	G	T	Y	Y	Y	A	F	N	T	Q	K	G	P	T	A	D	Q	R	V	R	L	A	L	S	M	T	I	D	R	R	L	M	T	E	K	V	L	G	T	G	E	K	P	A	W	H
Query Conservation																																.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	D	W	S	N	F	F	L	P	G	V	P	V	L	K	K	A	Y	G	I	V	T	W	Y	E	N	A	P	Y	X	L	P	A	N	T	A	G	I	Y	I	N	V	N	K	Y	P	L	S	I	P	E	F	R	R	A	X	A	Y	A	I	N	P	E	K	I	V	T	R	A	Y	E	N	X	V	T	A	A	N	P
Template Known Secondary structure		S						S			T	T								T			B		S	S	S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T																					T	T	T	T	S	S					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
		337	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.			.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.												.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	T	P	D	V	T	A	G	F	T	P	E	P	S	P	.	.	F	E	Q	M	S	Q	E	E	L	N	A	Q	A	K	T	L	L	S	A	A	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	P	Q	K	P	L	K	L	T	L	L	Y	N	T	S	E	N	H	Q	K	I	A	I	A	V	A	S	M	W	K
Query Conservation																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	I	L	P	L	P	G	Y	X	K	Y	Y	P	K	E	V	V	D	K	Y	G	F	K	Y	D	P	E	X	A	K	K	I	L	D	E	L	G	F	K	D	V	N	K	D	G	F	R	E	D	P	N	G	K	P	F	K	L	T	I	E	C	P	Y	G	W	T	D	W	X	V	S	I	Q	S	I	A	E	D	L
Template Known Secondary structure		T				S	S					T	T													S												T	T		B			S	S	S	S	S		B		T	T	S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440		.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.									.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.													.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.													.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	N	L	G	V	D	V	K	L	Q	N	Q	E	W	K	T	Y	I	D	S	R	N	T	G	N	F	D	V	I	R	A	S	W	V	G	D	Y	.	N	E	P	S	T	F	L	T	L	L	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	T	H	S	G	N	I	S	R	F	N	N	P	A	Y	D	K	V	L	A	Q	A	S
Query Conservation																																							.													.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	V	G	I	N	V	E	P	K	Y	P	D	Y	S	K	Y	A	D	D	L	Y	G	G	K	F	D	L	I	L	N	N	F	T	T	G	V	S	A	T	I	W	S	Y	F	N	G	V	F	Y	P	D	A	V	E	S	E	Y	S	Y	S	G	N	F	G	K	Y	A	N	P	E	V	E	T	L	L	D	E	L	N
Template Known Secondary structure			T	T	T																				T			S						S	S		B			S												G	G	G	G	T	S	S	S		S	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.		.	.	.	.	.	.			520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.							.	.
Query SS confidence																																									.							.	.
Query Sequence		T	E	N	T	V	K	A	R	N	A	D	Y	N	A	A	E	K	I	L	M	E	Q	A	P	I	A	P	I	Y	Q	Y	T	N	G	R	L	I	K	P	.	W	L	K	G	Y	P	.	.	I	N	N	P	E	D	V	A	Y	S	R	T	M	Y	I
Query Conservation																																									.							.	.
Alig confidence																																									.							.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	S	N	D	D	A	K	I	K	E	V	V	A	K	L	S	E	I	L	L	K	D	L	P	F	I	P	L	W	Y	N	G	A	W	F	Q	A	S	E	A	V	W	T	N	W	P	T	E	K	N	P	Y	A	V	P	I	G	W	N	G	W	W	Q
Template Known Secondary structure		T																							S																S	S						B	T	T	B		S	S					S	T	T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.