Job Description P77348 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:28:03 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 465 % Identity 17% Template c2o7jA_ PDB info PDB header:sugar binding protein Chain: A: PDB Molecule:oligopeptide abc transporter, periplasmic PDBTitle: the x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose2 binding protein bound with cellopentaose Resolution 1.50 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		34	.	.	.	.	.	40	.	.			.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.		.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
Predicted Secondary structure											.	.																																	.
Query SS confidence											.	.																																	.
Query Sequence		K	Q	E	L	V	R	H	I	K	.	.	D	E	P	A	S	L	D	P	A	K	A	V	G	L	P	E	I	Q	V	I	R	D	L	F	E	G	L	V	N	Q	N	E	.	K	G	E	I	V	P	G	V	A	T	Q	W	K	S	N	D	N	R	I	W	T	F	T	L	R	D	N	A	K	W	A	D	G	T	P	V
Query Conservation											.	.																																	.
Alig confidence											.	.																	.	.															.
Template Conservation																													.	.
Template Sequence		E	D	T	V	Y	I	G	G	A	L	W	G	P	A	T	T	W	N	L	Y	A	P	Q	S	T	W	G	.	.	T	D	Q	F	M	Y	L	P	A	F	Q	Y	D	L	G	R	D	A	W	I	P	V	I	A	E	R	Y	E	F	V	D	D	K	T	L	R	I	Y	I	R	P	E	A	R	W	S	D	G	V	P	I
Template Known Secondary structure		G	G						S	S			S					S		T	T	S	S	S			T	T	.	.					T	S			S					T	T	T	T					S	S									T	T								T	T		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																													.	.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.			.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.		.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.
Query SS confidence																																																																											.
Query Sequence		T	A	Q	D	F	V	Y	S	W	Q	R	L	V	D	P	K	T	L	S	P	F	A	W	F	A	A	L	A	G	I	N	N	A	Q	A	I	I	D	G	K	A	T	P	D	Q	L	G	V	T	A	V	D	A	H	T	L	K	I	Q	L	D	K	P	L	P	W	F	V	N	L	T	A	N	.	F	A	F	F	P	V
Query Conservation																																																																											.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	A	D	D	F	V	Y	A	L	E	L	T	K	E	L	G	I	G	P	G	G	G	W	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	I	E	Y	V	K	A	V	D	T	K	V	V	E	F	K	A	K	E	E	N	L	N	Y	F	Q	F	L	S	Y	S	L	G	A	Q	P	M
Template Known Secondary structure																	T		S	T	T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T								S	T	T												T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
		190	.	.	.	.	.									.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.				.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.
Query Sequence		Q	K	A	N	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	K	E	W	T	K	P	G	N	L	I	G	N	G	A	Y	V	L	K	E	R	V	V	N	E	K	L	V	V	V	P	N	T	H	Y	W	D	N	.	.	.	A	K	T	V	L	Q	K	V	T	F	L	P	I	N	Q	E	S	A	A	T	K	R	Y	L
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.																								.																.	.	.
Template Conservation																																							.
Template Sequence		P	K	H	V	Y	E	R	I	R	A	Q	M	N	I	K	D	W	I	N	D	K	P	E	E	Q	V	V	S	G	P	Y	K	L	Y	Y	Y	D	.	P	N	I	V	V	Y	Q	R	V	D	D	W	W	G	K	D	I	F	G	L	P	R	P	K	Y	L	A	H	V	I	Y	K	D	N	P	S	A	S	L	A	F	E
Template Known Secondary structure													S		G	G	G						T	T	T				S	S	S								.	T	T								T	T		T	T								S		S								S	S
Template Predicted Secondary structure																																							.
Template SS confidence
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.		.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290							.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	D	I	D	I	T	E	S	F	P	K	N	M	Y	Q	K	L	L	K	D	I	P	G	Q	V	Y	T	P	P	Q	L	.	.	.	.	.	.	G	T	Y	Y	Y	A	F	N	T	Q	K	G	P	T	A	D	Q	R	V	R	L	A	L	S	M	T	I	D	R	R	L	M	T	E	K	V	L	G	T	G	E	K
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	G	D	I	D	W	N	G	L	F	I	P	S	V	W	E	L	W	E	K	K	G	L	P	V	G	T	W	Y	K	K	E	P	Y	F	I	P	D	G	V	G	F	V	Y	V	N	N	T	K	P	G	L	S	D	P	A	V	R	K	A	I	A	Y	A	I	P	Y	N	E	M	L	K	K	A	Y	F	G	Y	G	S
Template Known Secondary structure		T	T			S							T	T	T	T					T	S			S				S		S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T	S											S									T	S	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.										.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.											.	.	.	.	.	.	380		.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Query Sequence		P	A	W	H	F	T	P	D	V	T	A	G	F	T	P	E	P	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	Q	M	S	Q	E	E	L	N	A	Q	A	K	T	L	L	S	A	A	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	P	Q	K	P	L	K	.	L	T	L	L	Y	N	T	S	E	N	H	Q
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Template Conservation
Template Sequence		Q	A	H	P	S	M	V	I	D	L	F	E	P	Y	K	Q	Y	I	D	Y	E	L	A	K	K	T	F	G	T	E	D	G	R	I	P	F	D	L	D	M	A	N	K	I	L	D	E	A	G	Y	K	K	G	P	D	G	V	R	V	G	P	D	G	T	K	L	G	P	Y	T	I	S	V	P	Y	G	W	T	D	W
Template Known Secondary structure		B			T	T				T	T	S	G	G	G	G	G	G	S											S	S	S																	T	T					T	T	S					T	T	S		B			S							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.		.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.											.	.	.	.	.	460	.
Predicted Secondary structure																																													.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	I	A	I	A	V	A	S	M	W	K	K	N	L	G	V	D	V	K	L	Q	N	Q	E	W	K	T	Y	I	D	S	R	N	T	G	N	F	D	V	I	R	A	S	.	W	V	G	D	Y	N	E	P	S	T	F	L	T	L	L	T	S	T	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	N	I	S	R	F
Query Conservation																																													.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																													.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	M	M	C	E	M	I	A	K	N	L	R	S	I	G	I	D	V	K	T	E	F	P	D	F	S	V	W	A	D	R	M	T	K	G	T	F	D	L	I	I	S	W	S	V	G	P	S	F	D	H	P	F	N	I	Y	R	F	V	L	D	K	R	L	S	K	P	V	G	E	V	T	W	A	G	D	W	E	R	Y
Template Known Secondary structure															T	T																				T			S											T	T	T	T										G	G	G				T	T	S			S	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		385	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.
		462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.		.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.
Query SS confidence																																																						.
Query Sequence		N	N	P	A	Y	D	K	V	L	A	Q	A	S	T	E	N	T	V	K	A	R	N	A	D	Y	N	A	A	E	K	I	L	M	E	Q	A	P	I	A	P	I	Y	Q	Y	T	N	G	R	L	I	K	P	.	W	L	K	G	Y	P
Query Conservation																																																						.
Alig confidence																																																						.
Template Conservation
Template Sequence		D	N	D	E	V	V	E	L	L	D	K	A	V	S	T	L	D	P	E	V	R	K	Q	A	Y	F	R	I	Q	Q	I	I	Y	R	D	M	P	S	I	P	A	F	Y	T	A	H	W	Y	E	Y	S	T	K	Y	W	I	N	W	P
Template Known Secondary structure														T	S	S																							S															S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		465	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.