Job Description P52095 Confidence 99.86% Date Thu Jan 5 12:05:15 GMT 2012 Rank 35 Aligned Residues 371 % Identity 16% Template c3hbxB_ PDB info PDB header:lyase Chain: B: PDB Molecule:glutamate decarboxylase 1; PDBTitle: crystal structure of gad1 from arabidopsis thaliana Resolution 2.67 Å

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		123	.	.	.	.	.	.	130					.									.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
Predicted Secondary structure										.	.	.	.		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	Y	L	D	N	I	T	P	.	.	.	.	P	.	.	.	.	.	.	.	.	F	T	K	A	L	F	T	Y	V	K	E	R	K	Y	T	F	C	T	P	G	H	M	G	G	T	A	Y	Q	K	S	P	V	G	C	L	F	Y	D	F	F	G	G	N	T	L	K	A	D	V	S	I	S	V	T	E	L	G	S	L
Query Conservation										.	.	.	.		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.		.	.	.	.	.	.	.	.																															.																									.	.	.	.
Template Conservation																																																					.																									.	.	.	.
Template Sequence		R	Y	V	R	T	S	L	P	R	F	K	M	P	E	N	S	I	P	K	E	A	A	Y	Q	I	I	N	D	E	L	M	L	D	G	N	P	R	L	N	L	A	S	F	V	T	T	W	M	E	P	E	.	C	D	K	L	I	M	S	S	I	N	K	N	Y	V	D	M	D	E	Y	P	V	T	T	E	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	G	G	G	S				S	S	S			S	S															G	G	G	S			G	G	G	B	T	T			S								.								T	T	T		B	T	T		T	T	T							.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																					.																									.	.	.	.
Template SS confidence
		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.		.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.							.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.														.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	H	T	G	P	H	L	E	A	E	E	Y	I	A	R	T	F	G	A	E	Q	S	Y	.	.	.	.	.	.	I	V	T	N	G	T	S	T	S	N	K	I	V	G	M	Y	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	G	S	T	L	L	I	D	R	N	C	H	K	S	L	A	H	L
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	L	Q	N	R	C	V	N	M	I	A	H	L	F	N	A	P	L	E	E	A	E	T	A	V	G	V	G	T	V	G	S	S	E	A	I	M	L	A	G	L	A	F	K	R	K	W	Q	N	K	R	K	A	E	G	K	P	V	D	K	P	N	I	V	T	G	A	N	V	Q	V	C	W	E	K	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.													T	T					T	T									S	S																							T	T				S								T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
		252	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.		.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.																					.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.																					.	.	.	.
Query Sequence		L	M	M	N	D	V	V	P	V	W	L	K	P	T	R	N	A	L	G	I	L	G	G	I	P	R	R	E	F	T	R	D	S	I	E	E	K	V	A	A	T	T	Q	A	Q	W	P	V	H	A	V	I	T	N	S	.	T	Y	D	G	L	L	Y	N	T	D	W	I	K	Q	T	L	D	V	P	S	.	.	.	.
Query Conservation																																																									.																					.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.							.																					.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.
Template Sequence		A	R	Y	F	E	V	E	L	K	E	V	K	L	S	E	G	Y	Y	V	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	Q	Q	A	V	D	M	V	D	E	N	T	I	C	.	.	.	.	.	V	A	A	I	L	G	S	T	L	N	G	E	F	E	D	V	K	L	L	N	D	L	L	V	E	K	N	K	E	T	G
Template Known Secondary structure					T	T									B	T	T	B		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T				.	.	.	.	.					B	S		T	T	T			B
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190										.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.						.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
						327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																																								.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.																																																																								.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	I	H	F	D	S	A	W	V	P	Y	T	H	F	H	P	I	Y	Q	G	K	S	G	M	S	G	E	R	V	A	G	K	V	I	F	E	T	Q	S	T	H	K	M	L	A	A	L	S	Q	A	S	L	I	H	I	K	G	E	Y	D	E	E	A	F	N	E	A	F	M	M	H	T	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.																																																																								.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.									.	.																	.	.																																												.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.																	.	.
Template Sequence		W	D	T	P	I	H	V	D	A	A	S	G	.	.	G	F	I	A	P	F	L	Y	P	E	L	E	W	D	F	R	.	.	L	P	L	V	K	S	I	N	V	S	G	H	Y	G	L	V	Y	A	G	I	G	W	V	I	W	R	N	K	E	D	L	P	E	E	L	I	F	H	I	N	Y	L	G	A	D	Q	P	T
Template Known Secondary structure											T	T	G	.	.	G	G	T						S	S				S	T	T	.	.	S	T	T															S	S							S	S	G	G	G	S		G	G	G						S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure														.	.																	.	.
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.			.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.			.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
					398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	T	T	S	P	S	Y	P	I	V	A	S	V	E	T	A	A	A	M	L	R	G	N	P	G	K	R	L	I	N	R	S	V	E	R	A	L	H	F	R	K	E	V	Q	R	L	R	E	E	S	D	G	W	F	F	D	I	W	Q	P	P	Q	V	D	E	A	E	C	W	P	V	A	P	G	E	Q	W	H
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	T	L	N	F	S	K	G	S	S	Q	V	I	A	Q	Y	Y	Q	L	I	R	L	G	H	E	G	Y	R	N	V	M	E	N	C	R	E	N	M	I	V	L	R	E	G	L	E	K	T	E	R	F	N	I	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S			S		B	S																																						T	T	T						S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.								.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	F	N	D	A	D	A	D	H	M	F	L	D	P	V	K	V	T	I	L	T	P	G	M	D	E	Q	G	N	M	S	E	E	G	I	P	A	A	L	V	A	K	F	L	D	E	R	G	I	V	V	.	.	.	.	.	.	.	E	K	T	G	P	Y	N	L	L	F	L	F	S	I	G	I	D	K	T	K	A	M
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	E	G	V	P	L	V	A	F	S	L	K	.	.	.	.	.	D	S	S	C	H	T	E	F	E	I	S	D	M	L	R	R	Y	G	W	I	V	P	A	Y	T	M	P	P	N	A	Q	H	I	T	V	L	R	V	V	I	R	E	D	F	S	R	T	L	A	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S	S	S	S							S	.	.	.	.	.	S		S	S												T	T	T		B								T	T		T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template SS confidence
														369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.						.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
		548	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	L	R	G	L	T	E	F	K	R	S	Y	D	L	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	L	V	I	D	I	E	K	V	M	R	E	L	D	E	L
Template Known Secondary structure																T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.