Job Description P00811 Confidence 96.19% Date Thu Jan 5 10:56:54 GMT 2012 Rank 80 Aligned Residues 222 % Identity 13% Template c3hbrD_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: D: PDB Molecule:oxa-48; PDBTitle: crystal structure of oxa-48 beta-lactamase Resolution 1.90 Å

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		29	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	R	T	I	T	P	L	I	E	Q	Q	K	I	P	G	M	A	V	A	V	I	Y	Q	G	K	P	Y	Y	F	T	W	G	Y	A	D	I	A	K	K	Q	P	V	T	Q	Q	T	L	F	E	L	G	S	V	S	K	T	F	T	G	V	L	G	G	D	A	I	A	R	G	E	I	K	L	S	D	P	T	T	K	Y
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template Sequence		N	K	S	W	N	A	H	F	T	E	H	K	S	Q	G	V	V	V	L	W	N	E	Q	Q	G	F	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	N	L	K	R	A	N	Q	A	F	L	P	A	S	T	F	I	P	N	S	L	I	A	L	.	.	.	.	D	L	G	V	V	K	D	E	H	Q	V	F	K	W
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	G	G	T	G	G	G	T																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		T	T	G	G	G						G	G	G										.	.	.	.			T	S	S		S	T	T			B
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template SS confidence
		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.												.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.					.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.
		109	110	.	.	.	.	.	.			.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.
Query SS confidence										.	.
Query Sequence		W	P	E	L	T	A	K	Q	.	.	W	N	G	I	T	L	L	H	L	A	T	Y	T	A	G	G	L	P	L	Q	V	P	D	E	V	K	S	S	S	D	L	L	R	F	Y	Q	N	W	Q	P	A	W	A	P	G	T	Q	R	L	Y	A	N	S	S	I	G	L	F	G	A	L	A	V	K	P	S	G	L	S	F
Query Conservation										.	.
Alig confidence										.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	G	Q	T	R	D	I	A	T	W	N	R	D	H	N	L	I	T	A	M	K	Y	S	V	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	Y	Q	E	F	A	R	Q	I	G	E	A	R	M
Template Known Secondary structure			S				S	S	G	G	G	S	S		B								T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.
		187	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	Q	A	M	Q	T	R	V	F	Q	P	L	K	L	N	H	T	W	I	N	V	P	P	A	E	E	K	N	Y	A	W	G	Y	R	E	G	K	A	V	H	V	S	P	G	A	L	D	A	E	A	Y	G	V	K	S	T	I	E	D	M	A	R	W	V	Q	S	N	L	K	P	L	D	I	N	E	K	T	L	Q	Q
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	K	M	L	H	A	.	.	.	.	.	F	D	Y	G	N	E	D	I	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	V	D	S	F	W	L	D	G	G	I	R	I	S	A	T	E	Q	I	S	F	L	R	K	L	Y	H	N	K	L	H	V	S	E	R	S	Q	R
Template Known Secondary structure								.	.	.	.	.		T		T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		T	T	T					S	S																	T	T		S	S	S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		136	.	.	.	140	.						.	.	.	.	.	.	.	.	150																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		267	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.					.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.
Query SS confidence																																																																					.	.	.	.
Query Sequence		G	I	Q	L	A	Q	S	R	Y	W	Q	T	G	D	M	Y	Q	G	L	G	W	E	M	L	D	W	P	V	N	P	D	S	I	I	N	G	S	D	N	K	I	A	L	A	A	R	P	V	K	A	I	T	P	P	T	P	A	V	R	A	S	W	V	H	K	T	G	.	.	.	.	A	T	G	G	F	G	S	Y	V
Query Conservation																																																																					.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	V	K	Q	A	M	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	N	G	D	Y	I	I	R	A	K	T	G	Y	S	T	R	I	E	P	K	I	G	W	W	V
Template Known Secondary structure							T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	S												S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		190	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.					.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.
Query Sequence		A	F	I	P	E	K	E	L	G	I	V	M	L	A	N	.	.	.	.	K	N	Y	P	N	P	A	R	V	D	A	A	W	Q	I	L	N	A	L	Q
Query Conservation																	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	W	V	E	L	D	D	N	V	W	F	F	A	M	N	M	D	M	P	T	S	D	G	L	G	L	R	Q	A	I	T	K	E	V	L	K	Q	E	K
Template Known Secondary structure							S	S												S	S	G	G	G	T	T													T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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