Job Description P00811 Confidence 94.25% Date Thu Jan 5 10:56:54 GMT 2012 Rank 86 Aligned Residues 272 % Identity 14% Template c1mwuA_ PDB info PDB header:biosynthetic protein Chain: A: PDB Molecule:penicillin-binding protein 2a; PDBTitle: structure of methicillin acyl-penicillin binding protein 2a2 from methicillin resistant staphylococcus aureus strain3 27r at 2.60 a resolution. Resolution 2.60 Å

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		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.			.	40	.	.	.	.	.	.	.	.		.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.											.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.											.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	H	R	T	I	T	P	L	I	E	Q	.	.	Q	K	I	P	G	M	A	V	A	V	.	I	Y	Q	G	K	P	Y	Y	F	T	W	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	A	D	I	A	K	K	Q	P	V	T	Q	Q	T	L	F	E	L	G	S	V	S	K	T
Query Conservation													.	.											.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.											.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation																																																																															.
Template Sequence		I	D	A	K	V	Q	K	S	I	Y	N	N	M	K	N	D	Y	G	S	G	T	A	I	H	P	Q	T	G	E	L	L	A	L	V	S	T	P	S	Y	D	V	Y	P	F	M	Y	G	M	S	N	E	E	Y	N	K	L	T	E	D	K	K	E	P	L	L	N	K	F	Q	I	T	T	S	P	G	T	Q	.	K	I
Template Known Secondary structure													T	T	T	T	S									T	T	T		B								S				S																			T	T		T	T	S		T	T	T	S		B						.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.
Template SS confidence
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.		.	.
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.														.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	T	G	V	L	G	G	D	A	I	A	R	G	E	I	K	L	S	D	P	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	K	Y	W	P	E	L	T	A	K	Q	W	N	G	I	T	L	L	H	L	A	T	Y	T	A	G	G	L	P	L	Q	V	P	D	E	V	K	S	S	S	D	L	L	R	F	Y
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	T	A	M	I	G	L	.	.	.	N	N	K	T	L	D	D	K	T	S	Y	K	I	D	G	K	G	W	Q	K	D	K	S	W	G	G	Y	N	V	T	R	Y	E	V	V	N	G	N	I	D	L	K	Q	A	I	E	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									.	.	.			T	S			T	T							S	S				S	S	G	G	G	T	T						S	S														T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure									.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		408	.	410	.	.	.	.				.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.						.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	N	W	Q	P	A	W	A	P	G	T	Q	R	L	Y	A	N	S	S	I	G	L	F	G	A	L	A	V	K	P	S	G	L	S	F	E	Q	A	M	Q	T	R	V	F	Q	.	.	.	.	.	P	L	K	L	N	H	T	W	I	N	V	P	P	A	E	E	K	N	Y	A	W	G	Y	R	E	G	K	A	V	H
Query Conservation																																															.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.																			.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	I	F	F	A	R	V	A	.	.	.	L	E	L	G	S	K	K	F	E	K	G	M	K	K	L	G	V	G	E	D	I	P	S	D	Y	P	F	Y	N	A	Q	I	S	N	N	L	D	N	E	I	L	L	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.																T	T	T	S				S	S	S						B	S				T	T	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	463	.	.	.	.	.	.	470	.				.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	S	P	G	A	L	D	A	E	A	Y	G	V	K	S	T	I	E	D	M	A	R	W	V	Q	S	N	L	K	P	L	D	I	N	E	K	T	L	Q	Q	G	I	Q	L	A	Q	S	R	Y	W	Q	T	G	D	M	Y	Q	G	L	G	W	E	M	L	D	W	P	V	N	P	D	S	I	I	N	G	S	D	N	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	S	G	Y	G	Q	G	E	I	L	I	N	P	V	Q	I	L	S	I	Y	S	A	L	E	N	N	G	N	I	N	A	P	H	L	L	K	D	T	K	N	K	V	W	K	K	N	I	I	S	K	E	N	I	N	L	L	T	D	G	M	Q	Q	V	V	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.		T	T	T		S	S		B	B											G	G	G	T	T	T						B		B	S	S	S							S		S	S																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
							517	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.			350	.	.	.	.	.	.	.				.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.									.	.	.
Query SS confidence																																													.	.									.	.	.
Query Sequence		I	A	L	A	A	R	P	V	K	A	I	T	P	P	T	P	A	V	R	A	S	W	V	H	K	T	G	A	T	G	G	F	G	S	Y	V	A	F	I	P	E	K	E	.	.	L	G	I	V	M	L	A	N	.	.	.	K	N	Y	P	N	P	A	R	V	D	A	A	W	Q	I	L	N	A	L
Query Conservation																																													.	.									.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.									.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	K	T	H	K	E	D	I	Y	R	S	Y	A	N	L	I	G	K	S	G	T	A	E	L	Q	I	G	W	F	I	S	Y	D	K	D	N	P	N	M	M	M	A	I	N	V	K	D	V	Q	D	K	G	M	A	S	Y	N	A	K	I	S	G	K	V	Y	D	E	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	T	T	T	T			T	T	S																					T	T	S		S											T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										581	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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