Job Description P77374 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:28:16 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 703 % Identity 22% Template c2nyaF_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: F: PDB Molecule:periplasmic nitrate reductase; PDBTitle: crystal structure of the periplasmic nitrate reductase2 (nap) from escherichia coli Resolution 2.50 Å

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		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.				.	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.
Query Sequence		A	R	E	K	V	V	W	G	A	C	S	V	N	C	G	S	R	C	A	L	R	L	H	V	K	D	N	E	V	T	W	V	E	T	D	N	T	G	S	D	E	Y	G	N	H	Q	V	R	A	C	L	R	G	R	S	I	R	R	R	I	N	H	P	D	R	L	N	Y	P	M	K	R	V	G	K	.	.	.	R	G
Query Conservation																																																																													.	.	.
Alig confidence														.																							.	.	.	.																																					.	.	.
Template Conservation														.																							.	.	.	.
Template Sequence		E	A	I	K	W	D	K	A	P	C	R	F	.	C	G	T	G	C	G	V	L	V	G	T	Q	Q	G	R	V	V	A	C	Q	G	D	.	.	.	.	P	D	A	P	V	N	R	G	L	N	C	I	K	G	Y	F	L	P	K	I	M	Y	G	K	D	R	L	T	Q	P	L	L	R	M	K	N	G	K	Y	D	K
Template Known Secondary structure												S	S	.	S	T	T										T	T									.	.	.	.	T	T		T	T	T	T	T								T	G	G	G	T	T	S		T	T				S						S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure														.																							.	.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.		.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.					.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.
		124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.			.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.
Query SS confidence																																																																						.	.
Query Sequence		E	G	K	F	E	R	I	S	W	D	E	A	L	D	T	I	A	S	S	L	K	K	T	V	E	Q	Y	G	N	E	A	V	Y	I	Q	Y	S	S	G	I	V	G	G	N	M	T	R	S	S	P	S	A	S	A	V	K	R	L	M	N	C	Y	G	G	S	L	N	Q	.	.	Y	G	S	Y	S	T	A	Q	I	S
Query Conservation																																																																						.	.
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	G	E	F	T	P	I	T	W	D	Q	A	F	D	V	M	E	E	K	F	K	T	A	L	K	E	K	G	P	E	S	I	G	M	F	G	S	G	.	.	.	.	.	.	.	Q	W	T	I	W	E	G	Y	A	A	S	K	L	F	K	A	G	F	R	S	N	N	I	D	P	N	A	R	H	C	M	A	S	A	V
Template Known Secondary structure																												T		G	G	G							T	.	.	.	.	.	.	.	T	S															T	S								G	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		76	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.								.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
		202	.	.	.	.	.	.	.		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280
Predicted Secondary structure										.
Query SS confidence										.
Query Sequence		C	A	M	P	Y	T	Y	G	.	S	N	D	G	N	S	T	T	D	I	E	N	S	K	L	V	V	M	F	G	N	N	P	A	E	T	R	M	S	G	G	G	I	T	Y	L	L	E	K	A	R	E	K	S	N	A	K	M	I	V	I	D	P	R	Y	T	D	T	A	A	G	R	E	D	E	W	L	P	I	R	P
Query Conservation										.
Alig confidence										.																																					.	.																							.
Template Conservation																																															.	.																							.
Template Sequence		V	G	F	M	R	T	F	G	M	D	E	P	M	G	C	Y	D	D	I	E	Q	A	D	A	F	V	L	W	G	A	N	M	A	E	M	H	P	I	L	W	S	R	I	T	N	.	.	R	R	L	S	N	Q	N	V	T	V	A	V	L	S	T	Y	Q	H	R	S	F	E	.	L	A	D	N	G	I	I	F	T	P
Template Known Secondary structure									S	S		S		S			G	G	G	G	G	G		S						S							S										.	.				T		T	T								S	S	B		T	T	G	G	.	G		S							T
Template Predicted Secondary structure																																															.	.																							.
Template SS confidence
		149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.			.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.		.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
		281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.															.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	T	D	A	A	L	V	A	G	I	A	W	V	L	I	N	E	N	L	V	D	Q	P	F	L	D	K	Y	C	V	G	Y	D	E	K	T	L	P	A	D	A	P	K	N	G	H	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	Y	I	L	G	E	G	D	D	K	T	A	K	T	P	Q	W	A
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	S	D	L	V	I	L	N	Y	I	A	N	Y	I	I	Q	N	N	A	I	N	Q	D	F	F	S	K	H	V	N	L	R	K	G	A	T	D	I	G	Y	G	L	R	P	T	H	P	L	E	K	A	A	K	N	P	G	S	D	A	S	E	P	M	S	F	E	D	Y	K	A	F	V	A	E	Y	T	L	E	K	T
Template Known Secondary structure		T	T															T	T																							S			T	T	S					T		S	S	T	T																		T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.		.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.																																																	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.																																																	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	Q	I	T	G	I	P	E	D	R	I	I	K	L	A	R	E	I	G	T	A	K	P	A	Y	.	I	C	Q	G	W	G	P	Q	R	Q	A	N	G	E	L	T	A	R	A	I	A	M	L	P	I	L	T	G	N	V	G	I	S	G	G	N	S	G	A	R	E	S	T	Y	T	I	T	I	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																											.																																																	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.																																																	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	M	T	G	V	P	K	D	Q	L	E	Q	L	A	Q	L	Y	A	D	P	N	K	K	V	I	S	Y	W	T	M	G	F	N	Q	H	T	R	G	V	W	A	N	N	L	V	Y	N	L	H	L	L	T	G	K	I	S	Q	P	G	C	G	P	F	S	L	T	G	Q	P	S	A	C	G	T	A	R	E	V	G
Template Known Secondary structure																						T	T								S					S	S	T	T																T			S	B	T	T	B								S	T	T	T	T	T	T					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
								420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	E	R	L	P	V	L	D	N	P	V	K	T	S	I	S	C	F	S	W	T	D	A	I	D	H	G	P	Q	M	T	A	I	R	D	G	V	R	G	K	D	K	L	D	V	P	I	K	F	I	W	N	Y	A	G	N	T	L	V	N	Q	H	S	D	I	N	K	T	H	E	I	L	Q	D	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																																												.								.
Template Conservation																																																																			.								.
Template Sequence		T	F	A	H	R	L	P	A	D	M	V	V	T	N	E	K	H	R	D	I	C	E	K	K	W	N	I	P	S	G	T	I	P	A	K	I	G	L	H	A	V	A	Q	D	R	A	L	K	D	G	K	L	N	V	Y	W	T	M	C	T	N	N	M	Q	A	.	G	P	N	I	N	E	E	.	R	M	P	G	W	R
Template Known Secondary structure			S	T	T	B		S	T	T		B	T	T													T			T	T		S			S														T	T									S							.	S	S		T	T	T	T	.						T
Template Predicted Secondary structure																																																																			.								.
Template SS confidence
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450		.	.	.	.	.	.	.		.	.	460	.	.	.
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	K	C	E	M	I	V	V	I	E	N	F	M	T	S	S	A	K	Y	A	D	I	L	L	P	D	L	M	T	V	E	Q	E	D	I	I	P	N	D	Y	A	G	N	M	G	Y	L	I	F	L	Q	P	V	T	S	E	K	F	E	R	K	P	I	Y	W	I	L	S	E	V	A	K	R	L	G	P	D	V	Y	Q
Query Conservation
Alig confidence																																			.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.
Template Sequence		D	P	R	N	F	I	I	V	S	D	P	Y	P	T	V	S	A	L	A	A	D	L	I	L	P	T	A	M	W	V	E	K	E	.	.	.	.	G	A	Y	G	N	A	E	R	R	T	Q	F	W	R	Q	Q	V	Q	A	P	G	E	A	K	S	D	L	W	Q	L	V	Q	F	S	R	R	F	K	T	E	E	V	W
Template Known Secondary structure			T	T								S	S							T	S	S								G	G	G	S		.	.	.	.						T	T	S							B		S			S	T	T													T	T		B	G	G	G	T	S
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.
Template SS confidence
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.					.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		574	.	.	.	.	.																																												580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	F	T	E	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Q	E	Q	W	L	Q	H	L	Y	A	K	M	L	A	K	D	P	A	L	P	S	Y	D	E	L	K	K	M	G	I
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	E	D	L	L	A	K	K	P	E	L	R	G	K	T	L	Y	E	V	L	Y	A	T	P	E	V	S	K	F	P	V	S	E	L	A	E	D	Q	L	N	D	E	S	R	E	L	G	F	Y	L	Q	K	G	L	F	E	E	Y	A	W	F	G	R	G	H	G	H	D	L	A	P	F	D	D	Y	H	K	A	R	G
Template Known Secondary structure							T	T		G	G	G	T	T		B						T	S	S	T	T	T	T		S	B	G	G	G	S		T	T		B								T	B												T	T	T	T	T	T	T										T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.								.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	K	R	K	D	P	N	G	H	F	V	A	Y	K	A	F	R	D	D	P	E	A	N	P	.	.	.	.	.	.	.	L	K	T	P	S	G	K	I	E	I	Y	S	S	R	L	A	E	I	A	R	T	W	E	L	E	K	D	E	V	I	S	P	L	P	V	Y	A	S	T	F	E	G	W	N	S	P	E	R	R
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	W	P	V	V	N	G	K	E	T	Q	W	R	Y	S	E	G	N	D	P	Y	V	K	A	G	E	G	Y	K	F	Y	G	K	P	D	G	K	A	V	I	F	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	F	E	P	A	A	E	A	P	D	E
Template Known Secondary structure				S			B	T	T	B			S	S		S	B	T	T	T		T	T	S		T	T		S	B			T	T	S	T	T	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	S				S
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.
		684	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.			700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.		.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.			.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.													.																																													.	.
Query SS confidence																		.	.													.																																													.	.
Query Sequence		T	F	P	L	Q	L	F	G	F	H	Y	K	S	R	T	H	.	.	S	T	Y	G	N	I	D	L	L	K	A	A	.	C	R	Q	E	V	W	I	N	P	I	D	A	Q	K	R	G	I	A	N	G	D	M	V	R	V	F	N	H	R	G	E	V	R	L	P	A	K	V	T	P	R	I	L	P	.	.	G	V	S
Query Conservation																		.	.													.																																													.	.
Alig confidence																		.	.													.																																													.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	Y	D	L	W	L	S	T	G	R	V	L	E	H	W	H	T	G	S	M	T	R	R	V	P	E	L	H	R	A	F	P	E	A	V	L	F	I	H	P	L	D	A	K	A	R	D	L	R	R	G	D	K	V	K	V	V	S	R	R	G	E	V	I	S	I	V	E	T	R	G	R	N	R	P	P	Q	G	L	V
Template Known Secondary structure		S	S										T	T			T	T		T	T	G	G	G	S					T	T	S		S												T	T	T			T	T								S	S									S	S	S	S		B			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		675	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.
		759	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	M	G	Q	G	A	W	H	E	A	N	M	S	G	D	K	I	D	H	G	G	C	V	N	T	L	T	T	L	R	P	S	P	L	A	K	G	N	P	Q	H	T	N	L	V	E	I	E	K
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	M	P	F	F	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Q	L	V	N	K	L	T	L	D	A	T	D	P	L	S	K	E	T	D	F	K	K	C	A	V	K	L	E	K
Template Known Secondary structure					S			T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S		G	G	G	T					B		T	T	T			B		T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		755	.	.	.	.	760	.													.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.