Job Description P77374 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:28:16 GMT 2012 Rank 27 Aligned Residues 527 % Identity 17% Template c2fugC_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: C: PDB Molecule:nadh-quinone oxidoreductase chain 3; PDBTitle: crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i2 from thermus thermophilus Resolution 3.30 Å

Show / Hide SS confidence

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		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.
Query SS confidence																					.
Query Sequence		F	S	L	P	F	T	L	R	N	A	A	A	A	V	Q	Q	A	R	E	.	K	V	V	W	G	A	C	S	V	N	C	G	S	R	C	A	L	R	L	H	V	K	D	N	E	V	T	W	V	E	T	D	N	T	G	S	D	E	Y	G	N	H	Q	V	R	A	C	L	R	G	R	S	I	R	R	R	I	N	H	P
Query Conservation																					.
Alig confidence																					.										.																							.	.	.	.																				.
Template Conservation																															.																							.	.	.	.																				.
Template Sequence		C	P	V	G	A	L	L	D	L	T	A	R	F	R	A	R	N	W	E	M	E	E	T	P	T	T	C	A	L	.	C	P	V	G	C	G	I	T	A	D	T	R	S	G	E	L	L	R	I	R	A	R	.	.	.	.	E	V	P	E	V	N	E	I	W	I	C	D	A	G	R	F	G	H	E	.	W	A	D	Q
Template Known Secondary structure			S	S	S	S	S	B		G	G	G	S	S	S			T	T	T	S									S	.	S	T	T										T	T									.	.	.	.			T	T	S	S		S									T	T		.				S
Template Predicted Secondary structure																															.																							.	.	.	.																				.
Template SS confidence
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.		.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280					.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.		300	.	.	.
		110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	R	L	N	Y	P	M	K	R	V	G	K	R	G	E	G	K	F	E	R	I	S	W	D	E	A	L	D	T	I	A	S	S	L	K	K	T	V	E	Q	Y	G	N	E	A	V	Y	I	Q	Y	S	S	G	I	V	G	G	N	M	T	R	S	S	P	S	A	S	A	V	K	R	L	M	N	C	Y	G	G	S	L
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.																							.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.	.																							.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	R	L	K	T	P	L	V	R	K	E	.	.	.	.	G	R	L	V	E	A	T	W	E	E	A	F	L	A	L	K	E	G	L	K	E	A	.	.	.	.	R	G	E	E	V	G	L	Y	L	A	H	.	.	.	.	.	.	.	D	A	T	L	E	E	G	L	L	A	S	E	L	A	K	A	L	K	T	P	H
Template Known Secondary structure		S				S						S	.	.	.	.	S	S																		T	T	S	.	.	.	.	S	S	S	S							T	.	.	.	.	.	.	.	T																S	S	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.																							.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.					.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.					.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.								.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
		190		.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.
Query SS confidence			.
Query Sequence		N	.	Q	Y	G	S	Y	S	T	A	Q	I	S	C	A	M	P	Y	T	Y	G	S	N	D	G	N	S	T	T	D	I	E	N	S	K	L	V	V	M	F	G	N	N	P	A	E	T	R	M	S	G	G	G	I	T	Y	L	L	E	K	A	R	E	K	S	N	A	K	M	I	V	I	D	P	R	Y	T	D	T	A
Query Conservation			.
Alig confidence			.												.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	D	F	Q	G	R	T	A	A	P	A	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	P	P	A	S	L	E	D	L	L	Q	A	D	F	A	L	V	L	G	.	D	P	T	E	E	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	I	L	H	L	R	L	S	E	F	V	R	D	L	K	P	P	H	R	Y	N	H	G	T
Template Known Secondary structure					T	T			S	S		T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		B										S						S	.						S		.	.	.	.	.	.	.	.										T	T	T							B	T	T	B	S
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.								.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.										.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400		.	.	.	.	.	.	.									.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	R	E	D	E	W	L	P	I	R	P	G	T	D	A	A	L	V	A	G	I	A	W	V	L	I	N	E	N	L	V	D	Q	P	F	L	D	K	Y	C	V	G	Y	D	E	K	T	L	P	A	D	A	P	K	N	G	H	Y	K	A	Y	I	L	G	E	G	D	D	K	T	A	K	T	P	Q	W	A	S	Q
Query Conservation
Alig confidence			.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	.	F	A	D	L	Q	I	K	E	R	M	P	R	R	T	D	K	M	A	L	F	A	P	Y	R	A	P	L	M	K	W	A	A	I	H	E	V	H	R	P	G	E	E	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	L	L	A	L	L
Template Known Secondary structure			.	S			T	T			S	S					G	G	G						S	S			G	G	G	T	T		S							T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure			.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		431		.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	480	.
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	T	G	I	P	E	D	R	I	I	K	L	A	R	E	I	G	T	A	K	P	A	Y	I	C	Q	G	W	G	P	Q	R	Q	A	N	G	E	L	T	A	R	A	I	A	M	L	P	I	L	T	G	N	V	G	I	S	G	G	N	S	G	A	R	E	S	T	Y	T	I	T	I	E	R	L	P	V	L	D	N	P
Query Conservation
Alig confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	K	E	G	S	E	M	V	A	K	A	K	E	A	W	E	K	A	K	N	P	V	L	I	L	G	A	G	V	L	Q	D	T	V	A	A	E	R	A	R	L	L	A	E	R	A	K	V	L	A	M	T	P	A	A	N	A	R	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	S	S																	S	S							S	G	G	G																							S	S	T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	K	T	S	I	S	C	F	S	W	T	D	A	I	D	H	G	P	Q	M	T	A	I	R	D	G	V	R	G	K	D	K	L	D	V	P	I	K	F	I	W	N	Y	A	G	N	T	L	V	N	Q	H	S	D	I	N	K	T	H	E	I	L	Q	D	E	S	K	C	E	M	I	V	V	I	E	N	F	M	T	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.												.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.												.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	A	M	G	V	L	P	G	A	K	G	A	S	W	D	E	P	G	A	L	Y	A	.	Y	Y	G	F	V	P	P	E	E	A	L	.	.	.	K	G	K	R	F	V	V	M	H	L	S	H	L	H	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T		S			S	S	S			S	S					S	S		.			S	S								.	.	.	T	T		S							S	S			T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.												.	.	.
Template SS confidence
																													544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.		.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.				.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.
		509	510		.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.
Query SS confidence				.
Query Sequence		S	A	.	K	Y	A	D	I	L	L	P	D	L	M	T	V	E	Q	E	D	I	I	P	N	D	Y	A	G	N	M	G	Y	L	I	F	L	Q	P	V	T	S	E	K	F	E	R	K	P	I	Y	W	I	L	S	E	V	A	K	R	L	G	P	D	V	Y	Q	K	F	T	E	G	R	T	Q	E	Q	W	L	Q	H
Query Conservation				.
Alig confidence				.																	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.																																													.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	E	R	Y	A	H	V	V	L	P	A	P	T	F	Y	E	K	R	.	.	.	.	G	H	L	V	N	L	E	G	R	V	L	P	L	S	P	A	P	I	E	N	G	E	A	E	G	A	L	Q	V	L	A	L	L	A	E	A	L	G	V	R	P	P	F	R	.	.	.	.	.	L	H	L	E	A	Q	K	A
Template Known Secondary structure		T						S								G	G	G			.	.	.	.						T	T	S	B																													S				S		S	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.																																													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.					.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.						.	.	.	.	660	.	.	.
		588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Y	A	K	M	L	A	K	D	P	A	L	P	S	Y	D	E	L	K	K	M	G	I	Y	K	R	K	D	P	N	G	H	F	V	A	Y	K	A	F	R	D	D	P	E	A	N	P	L	K	T	P	S	G	K	I	E	I	Y	S	S	R	L	A	E	I	A	R	T	W	E	L	E	K	D	E	V	I	S	P	L
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	K	A	R	K	V	P	E	A	M	G	R	L	S	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L
Template Known Secondary structure					T	T				S	S		B				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		664	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																.	680
		668	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.		.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.
Query SS confidence																																														.
Query Sequence		P	V	Y	A	S	T	F	E	G	W	N	S	P	E	R	R	T	F	P	L	Q	L	F	G	F	H	Y	K	S	R	T	H	S	T	Y	G	N	I	D	L	L	K	A	A	.	C	R	Q	E	V	W	I	N	P	I	D	A	Q	K	R	G	I	A	N	G	D	M	V	R	V	F	N	H	R	G	E	V	R	L	P
Query Conservation																																														.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	E	L	R	P	K	E	R	K	G	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Y	L	R	P	T	M	W	K	A	H	Q	A	V	G	K	A	Q	E	A	A	R	A	W	A	H	P	E	T	A	R	A	E	A	L	P	E	G	A	Q	V	A	V	E	T	P	F	G	R	V	E	A	R
Template Known Secondary structure												S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	S		G	G	G		S	T	T	S										S	S	S		S	T	T	T			T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		681	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.
		747	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	V	T	P	R	I	L	P	G	V	S	A	M	G	Q	G	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	V	H	R	E	D	V	P	K	G	H	L	Y	L	S	A	L	G
Template Known Secondary structure		S		S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		747	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.