Job Description P08956 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:01:43 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 394 % Identity 17% Template c3tmiA_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent rna helicase ddx58; PDBTitle: structural basis for rna recognition and activation of rig-i Resolution 2.90 Å

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		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.				.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.
Query Sequence		L	G	L	R	Y	Y	Q	E	D	A	V	R	A	V	E	K	A	I	V	K	G	Q	Q	E	I	L	L	A	M	A	T	G	T	G	K	T	R	T	A	I	A	M	M	F	R	L	I	Q	S	Q	R	.	.	.	F	K	R	I	L	F	L	V	D	R	R	S	L	G	E	Q	A	L	G	A	F	E	D	T	R	I
Query Conservation																																																					.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.																														.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.
Template Sequence		F	K	P	R	N	Y	Q	L	E	L	A	L	P	A	M	K	G	.	.	.	.	.	K	N	T	I	I	C	A	P	T	G	C	G	K	T	F	V	S	L	L	I	C	E	H	H	L	K	K	F	P	Q	G	Q	K	G	K	V	V	F	F	A	N	Q	I	P	V	Y	E	Q	Q	K	S	V	F	S	K	Y	F	E
Template Known Secondary structure											T	T					T	T	.	.	.	.	.									T	T	S																T	S		T	T										S	S																T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.						.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
		520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.				540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.
Query Sequence		N	G	D	T	F	N	S	I	F	D	I	K	G	L	T	D	K	F	P	E	.	.	.	D	S	T	K	I	H	V	A	T	V	Q	S	L	V	K	R	T	L	Q	S	D	E	P	M	P	V	A	R	Y	D	C	I	V	V	D	E	A	H	R	G	Y	I	L	D	K	E	Q	T	E	G	E	L	Q	F	R	S	Q
Query Conservation																						.	.	.
Alig confidence																						.	.	.																		.																																						.	.
Template Conservation																																										.																																						.	.
Template Sequence		R	H	G	Y	R	V	T	G	I	S	G	A	T	A	E	N	V	P	V	E	Q	I	V	E	N	N	D	I	I	I	L	T	P	Q	I	L	V	N	N	L	.	K	K	G	T	I	P	S	L	S	I	F	T	L	M	I	F	D	E	C	H	N	T	S	K	Q	H	P	Y	N	M	I	M	F	N	Y	L	D	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	T								T	T	T		S	S	S								T		S														.		T	T	S	S			G	G	G		S						T	G	G	G	S	S	S	S	S												.	.
Template Predicted Secondary structure																																										.																																						.	.
Template SS confidence
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.		.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
		597	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.													.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	Y	V	S	A	Y	R	R	I	L	D	H	F	D	A	V	K	I	A	L	T	A	T	P	A	L	H	T	V	Q	I	F	G	E	P	V	Y	R	Y	T	Y	R	T	A	V	I	D	G	F	L	I	D	Q	D	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	I	Q	I	I	T	R	N	A	Q	E	G
Query Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	Q	K	L	G	G	S	S	G	P	L	P	Q	V	I	G	L	T	A	S	V	G	V	G	D	A	K	N	T	D	E	A	L	D	Y	I	C	K	L	C	A	S	L	D	A	S	V	I	A	T	V	K	H	N	L	E	E	L	E	Q	V	V	Y	K	P	Q	K	F	F	R	K	V	E	S	R	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.		T	T	S	S			S										S					T	T		S	S															T	T		S							S							T	T	S														S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
		665	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	Y	L	S	K	G	E	Q	V	E	R	I	S	P	Q	G	E	V	I	N	D	T	L	E	D	D	Q	D	F	E	V	A	D	F	N	R	G	L	V	I	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	D	K	F	K	Y	I	I	A	Q	L	M	R	D	T	E	S	L	A	K	R	I	C	K	D	L	E	N	F	G	T	Q	K	Y	E	Q	W	I	V	T	V	Q	K	A	C	M	V	D	K	D	E	E	S	R	I	C	K	A	L	F	L	Y	T	S	H	L	R	K	Y	N	D	A	L	I	I	S	E	H	A	R
Template Known Secondary structure				T																					S							S													G	G	G				S	S		T																										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
																																																				707	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	N	R	A	V	C	N	E	L	T	N	Y	L	D	P	T	G	S	Q	K	T	L	V	F	C	V	T	N	A	H
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	K	D	A	L	D	Y	L	K	D	F	F	S	N	V	R	A	A	G	F	D	E	I	E	Q	D	L	T	Q	R	F	E	E	K	L	Q	E	L	E	S	V	S	R	D	P	S	N	E	N	P	K	L	E	D	L	C	F	I	L	Q	E	E	Y	H	L	N	P	E	T	I	T	I	L	F	V	K	T	R	A	L
Template Known Secondary structure																	T	T	T											T	T	S	S	S							S	S	S	S		S	S				T	T																T	T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		737	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.		.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.
Query SS confidence																							.
Query Sequence		A	D	M	V	V	E	E	L	R	A	A	F	K	K	K	Y	P	Q	L	E	H	.	D	A	I	I	K	I	T	G	D	A	D	K	D	A	R	K	V	Q	T	M	I	T	R	F	N	K	E	R	L	P	N	I	V	V	T	V	D	L	L	T	T	G	V	D	I	P	S	I	C	N	I	V	F	L	R	K	V	R
Query Conservation																							.
Alig confidence																							.																												.	.
Template Conservation																																																			.	.
Template Sequence		V	D	A	L	K	N	W	I	E	G	N	P	K	L	S	F	L	K	P	G	I	L	T	G	R	G	K	T	N	Q	N	T	G	M	T	L	P	A	Q	K	C	I	L	D	A	F	K	A	D	.	.	H	N	I	L	I	A	T	S	V	A	D	E	G	I	D	I	A	Q	C	N	L	V	I	L	Y	E	Y	V	G
Template Known Secondary structure											S	S	T	T			S									S				S	S	S														T	S				.	.		S										S								S						S
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.
Template SS confidence
		640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.			.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.
		816	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	R	I	L	Y	E	Q	M	K	G	R	A	T	R	L	C	P	E	V	N	K	T	S	F	K	I	F	D	C	V	D	I	Y	S	T	L	E	S	V	D
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.
Template Sequence		N	V	I	K	M	I	Q	T	R	G	R	G	R	A	R	.	.	.	.	G	S	K	C	F	L	L	T	S	N	A	G	V	I	E	K	E	Q	I	N	M
Template Known Secondary structure										T	T	S	S		S	S	.	.	.	.									S	S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.
Template SS confidence
		720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.					.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.