Job Description P08956 Confidence 99.15% Date Thu Jan 5 11:01:43 GMT 2012 Rank 122 Aligned Residues 373 % Identity 18% Template c3dinB_ PDB info PDB header:membrane protein, protein transport Chain: B: PDB Molecule:protein translocase subunit seca; PDBTitle: crystal structure of the protein-translocation complex formed by the2 secy channel and the seca atpase Resolution 4.50 Å

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		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	L	G	L	R	Y	Y	Q	E	D	A	V	R	A	V	E	K	A	I	V	K	G	Q	Q	E	I	L	L	A	M	A	T	G	T	G	K	T	R	T	A	I	A	M	M	F	R	L	I	Q	S	Q	R	F	K	R	I	L	F	L	V	D	R	R	S	L	G	E	Q	A	L	G	A	F	E	D	T	R	I	N	G
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Sequence		G	M	R	P	F	D	V	Q	V	M	G	G	I	A	L	H	E	.	.	.	.	.	.	.	G	K	V	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	A	A	T	M	P	I	Y	L	N	A	L	I	G	.	.	K	G	V	H	L	V	T	V	N	D	Y	L	A	R	R	D	A	L	W	M	G	P	V	Y	L	F	L
Template Known Secondary structure							S	T	T										.	.	.	.	.	.	.	S	S					S	S	S	S															T	T	S	.	.	S							S												T							T
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template SS confidence
		73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.								90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.			.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.
		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	T	F	N	S	I	F	D	I	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	T	D	K	F	P	E	D	S	T	K	I	H	V	A	T	V	Q
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	R	V	G	V	I	N	S	L	G	K	S	Y	E	V	V	W	K	N	P	D	L	A	R	K	A	I	E	E	N	W	S	V	W	P	D	G	F	N	G	E	V	L	K	E	E	S	M	N	K	E	A	V	E	A	F	Q	V	E	L	K	E	I	T	R	K	E	A	Y	L	C	D	V	T	Y	G	T	N	N
Template Known Secondary structure		T								S	S							S		T	T	T	T															S	S		S	S	S				S										G	G	G														S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		144	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
		551	.	.	.	.	.	.	.	.	560						.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.									.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610				.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Query Sequence		S	L	V	K	R	T	L	Q	S	D	.	.	.	.	.	E	P	M	P	V	A	R	Y	D	C	I	V	V	D	E	A	H	R	G	Y	I	L	D	K	E	Q	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	L	Q	F	R	S	Q	L	D	Y	V	S	A	Y	R	R	I	L	D	H	F	.	.	.	D	A	V	K
Query Conservation												.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	F	G	F	D	Y	L	R	D	N	L	V	L	D	Y	N	D	K	V	Q	R	G	H	F	Y	A	I	V	D	E	A	D	S	V	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	S	K	E	S	P	S	V	Y	R	R	F	A	Q	I	A	K	K	F	V	K	D	K	D	F	T	V	D	E	K	A	R	T
Template Known Secondary structure										S	S	S		S		T	T				S	S									T					T	T			S											T	T																	T	S		S		S				S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
		615	.	.	.	.																																																			620	.	.		.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				.
Query Sequence		I	A	L	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	A	.	L	H	T	V	Q	I	F	G	E	P	V	Y	R	Y	T	Y	R	T	A	V	I
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				.
Template Conservation
Template Sequence		I	I	L	T	E	E	G	V	A	K	A	E	K	I	I	G	V	E	N	L	Y	D	P	G	N	V	S	L	L	Y	H	L	I	N	A	L	K	A	L	H	L	F	K	K	D	V	D	Y	V	V	M	N	G	E	V	I	I	V	D	E	F	T	G	R	L	L	P	G	R	R	Y	S	G	G	L	H	Q	A	I	E
Template Known Secondary structure					S										S	S				S				T	T	T																	S		T	T	T	S		B		T	T	T			B		B			T	T		S		B		S			S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
		644	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.											.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.			.	.	.	.	.	.	.	710	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query Sequence		D	G	F	L	I	D	Q	D	P	P	I	Q	I	I	T	R	N	A	Q	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	Y	L	S	K	G	E	Q	V	E	R	I	S	P	Q	G	E	V	I	N	D	T	L	E	D	D	Q	D	F	E	V	A	D	F	N	R	G	L	.	.	V	I	P	A	F	N	R	A	V
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	E	G	V	P	I	K	E	E	S	I	T	Y	A	T	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	S	E	F	V	Q	V	Y	G	M	E	V	V	V	I	P	T	H	K	P	M	I	R	K	D	H	D	D	L	V	F	R	T	Q	K	E	K	Y	E	K	I
Template Known Secondary structure				S	S														T	T	T	T	T	G	G	G	S	S						S			S										T	S										S	S	T	T		S										S	S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
		712	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	N	E	L	T	N	Y	L	D	P	T	G	S	Q	K	T	L	V	F	C	V	T	N	A	H	A	D	M	V	V	E	E	L	R	A	A	F	K	K	K	Y	P	Q	L	E	H	D	A	I	I	K	I	T	G	D	A	D	K	D	A	R	K	V	Q	T	M	I	T	R	F	N	K	E	R	L	P	N	I	V	V
Query Conservation
Alig confidence															.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Template Conservation															.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Template Sequence		V	E	E	I	E	K	R	Y	K	K	G	Q	P	.	.	V	L	V	G	T	T	S	I	E	K	S	E	L	L	S	S	M	L	K	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	Y	H	E	K	E	A	E	I	V	A	K	A	G	Q	K	G	.	.	.	M	V	T	I
Template Known Secondary structure											T	T			.	.						S	S														T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S												S	S	S	S	S	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Template SS confidence
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.			.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.												.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.				.	.	.	.
		792	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.										.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	V	D	L	L	T	T	G	V	D	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	C	N	I	V	F	L	R	K	V	R	S	R	I	L	Y	E	Q	M	K	G	R	A	T	R	L	C	P	E	V	N	K	T	S	F	K	I
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.														.
Template Conservation																																							.														.
Template Sequence		A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	P	G	V	A	E	L	G	G	L	C	I	I	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	.	N	Q	L	R	G	R	A	G	R	Q	G	D	P	.	G	E	S	I	F	F	L
Template Known Secondary structure				G	G	G	S	S	S							S	S	G	G	G	S	S	S						S	S			S	S					.						T	S			T	T			.
Template Predicted Secondary structure																																							.														.
Template SS confidence
		528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.		.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.		.	.	580	.	.	.	.