Job Description P08956 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:01:43 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 338 % Identity 19% Template c2v1xB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:atp-dependent dna helicase q1; PDBTitle: crystal structure of human recq-like dna helicase Resolution 2.00 Å

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		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	W	H	R	P	E	E	L	L	E	M	L	G	S	E	P	Q	K	Q	N	Q	W	F	A	D	N	P	G	M	S	E	L	G	L	R	Y	Y	Q	E	D	A	V	R	A	V	E	K	A	I	V	K	G	Q	Q	E	I	L	L	A	M	A	T	G	T	G	K	T	R	T	A	I	A	M	M	F	R	L	I	Q	S
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Template Sequence		D	F	P	W	S	G	K	V	K	D	I	L	Q	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	K	L	E	K	F	R	P	L	Q	L	E	T	I	N	V	T	M	A	G	.	.	.	.	.	K	E	V	F	L	V	M	P	T	G	G	G	K	S	L	C	Y	Q	L	P	A	L	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S	T	T											T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S				S			T	T										T	T	.	.	.	.	.									T	T	S			T									.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.
Template SS confidence
		72	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.														.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.						.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.
		492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.						.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.				.	.	.	.	.	560	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.																		.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.																		.	.	.
Query Sequence		Q	R	F	K	R	I	L	F	L	V	D	R	R	S	L	G	E	Q	A	L	G	A	F	E	D	T	R	I	N	G	D	T	F	N	S	I	F	D	I	K	G	L	T	D	K	F	.	.	.	.	.	P	E	D	S	T	K	I	H	V	A	T	V	Q	S	L	V	K	.	.	.	R	T	L	Q	S	D	E	P	M
Query Conservation																																																.	.	.	.	.																		.	.	.
Alig confidence																																																.	.	.	.	.																		.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		C	S	D	G	F	T	L	V	I	C	P	L	I	S	L	M	E	D	Q	L	M	V	L	K	Q	L	G	I	S	A	T	M	L	N	A	S	S	S	K	E	H	V	K	W	V	H	A	E	M	V	N	K	N	S	E	L	K	L	I	Y	V	T	P	E	K	I	A	K	S	K	M	F	M	S	R	L	E	K	A	Y
Template Known Secondary structure		S	S	S	S							S																T								S	S																T	T										T					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		129	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.
		564	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	V	A	R	Y	D	C	I	V	V	D	E	A	H	R	G	Y	I	L	D	K	E	Q	T	E	G	E	L	Q	F	R	S	Q	L	D	Y	V	S	A	Y	R	R	I	L	D	H	F	D	A	V	K	I	A	L	T	A	T	P	A	L	H	T	V	Q	I	F	G	E	P	V	Y	R	Y	T	Y	R	T	A	V	I
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.																		.	.																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.																		.	.																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	A	R	R	F	T	R	I	A	V	D	E	V	H	C	C	S	Q	W	G	H	.	.	.	.	.	.	.	D	F	R	P	D	Y	K	A	L	G	I	L	K	R	Q	F	P	.	.	N	A	S	L	I	G	L	T	A	T	A	T	N	H	V	L	T	D	A	Q	K	I	L	C	I	E	K	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T									T	G	G	G	G	S	T	T	S	T	.	.	.	.	.	.	.	T			G	G	G	G	G	G								T	.	.	T	S							S	S													T	T			S	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.																		.	.																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.								230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.			.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
		644	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	G	F	L	I	D	Q	D	P	P	I	Q	I	I	T	R	N	A	Q	E	G	V	Y	L	S	K	G	E	Q	V	E	R	I	S	P	Q	G	E	V	I	N	D	T	L	E	D	D	Q	D	F	E	V	A	D	F	N	R	G	L	V	I	P	A	F	N	R	A	V	C	N	E	L	T	N	Y	L	D	P	T	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	F	T	F	T	A	S	F	N	R	P	N	L	Y	Y	E	V	R	Q	K	P	S	N	T	E	D	F	I	E	D	I	V	K	L	I	N	G	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T										S	S													T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.																																.
		724	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	Q	K	T	L	V	F	C	V	T	N	A	H	A	D	M	V	V	E	E	L	R	A	A	F	K	K	K	Y	P	Q	L	E	H	D	A	I	I	K	I	T	G	D	A	D	K	D	A	R	K	V	Q	T	M	I	T	R	F	N	K	E	R	L	P	N	I	V	V	T	V	D	L	L	T	T	G	V	D	I	P
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.
Template Sequence		G	Q	S	G	I	I	Y	C	F	S	Q	K	D	S	E	Q	V	T	V	S	L	Q	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	H	A	G	A	Y	H	A	N	L	E	P	E	D	K	T	T	V	H	R	K	W	S	A	N	E	.	I	Q	V	V	V	A	T	V	A	F	G	M	G	I	D	K	P
Template Known Secondary structure		T								S	S														T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								T	T	S														T	T	S	.	S	S						T	T	S		T	T				T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.
Template SS confidence
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.												.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.		.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		804	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	I	C	N	I	V	F	L	R	K	V	R	S	R	I	L	Y	E	Q	M	K	G	R	A	T	R	L	C	P	E	V	N	K	T	S	F	K	I	F
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.
Template Conservation																												.	.	.
Template Sequence		D	V	R	F	V	I	H	H	S	M	S	K	S	M	E	N	Y	Y	Q	E	S	G	R	A	G	R	.	.	.	D	D	M	K	A	D	C	I	L	Y
Template Known Secondary structure		T							S	S			S	S									T	T	S		T	.	.	.	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.
Template SS confidence
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.				.	.	410	.	.	.	.	.	.	.