Job Description P69434 Confidence 93.81% Date Thu Jan 5 12:11:38 GMT 2012 Rank 132 Aligned Residues 225 % Identity 17% Template c3kvnA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:esterase esta; PDBTitle: crystal structure of the full-length autotransporter esta from2 pseudomonas aeruginosa Resolution 2.50 Å

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		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	L	K	D	N	W	R	G	F	A	G	F	G	Y	A	D	G	Q	F	S	E	G	K	G	I	V	R	D	W	L	A	G	V	E	W	R	S	R	N	I	W	L	E	A	E	Y	A	E	R	V	F	N	H	E	H	K	P	G	A	R	L	S	G	W	Y	D	F	N	D	N	W	R	I	G	S	Q	L	E	R	L
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	N	V	G	Q	W	R	G	F	V	G	G	G	G	Q	R	L	D	F	D	S	Q	D	S	A	A	S	G	D	G	N	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	N	L	T	L	G	G	S	Y	R	I	D	E	A	W	R	A	G	V	A	A	G	F	Y
Template Known Secondary structure				T	T																		B	T	T	B								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
		630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650			.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	680	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Query SS confidence																							.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Query Sequence		S	H	R	V	P	L	R	A	M	K	N	G	V	T	G	N	S	A	Q	A	Y	.	.	V	R	W	Y	Q	N	E	R	R	K	Y	G	V	S	W	A	F	T	D	F	S	D	S	N	Q	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	E	V	S	L	E	G	Q	E	.	.
Query Conservation																							.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Alig confidence																							.	.						.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Template Conservation																														.
Template Sequence		R	Q	K	L	E	A	G	A	K	D	S	D	Y	R	M	N	S	Y	M	A	S	A	F	V	Q	Y	Q	E	.	N	R	W	W	A	D	A	A	L	T	G	G	Y	L	D	Y	D	D	L	K	R	K	F	A	L	G	G	G	E	R	S	E	K	G	D	T	N	G	H	L	W	A	F	S	A	R	L	G	Y	D	I
Template Known Secondary structure								T	T	T	T																			.	T	T																								T	T																								S
Template Predicted Secondary structure																														.
Template SS confidence
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.		.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
								686	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.				.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	R	I	W	S	S	P	Y	L	I	V	D	F	L	P	S	L	Y	Y	E	Q	N	T	E	H	D	T	P	Y	.	.	.	Y	N	P	I	K	T	F	D	I	V	P	A	F	E	A	S	H	L	L	W	R	S	Y	E	N	S	W	E	Q	I	F	S	A	G	V	G	A	S	W	Q	K	H	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																													.	.	.																.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.	.
Template Sequence		A	Q	Q	A	D	S	P	W	H	L	S	P	F	V	S	A	D	Y	A	R	V	E	V	D	G	Y	S	E	K	G	A	S	A	T	A	L	D	Y	D	D	Q	K	R	S	S	K	R	L	G	A	G	L	.	.	.	.	Q	G	K	Y	A	F	G	S	D	T	Q	L	F	A	E	Y	A	H	E	R	E	Y	E	D
Template Known Secondary structure			S		T	T		S																				B		S	S			T	T																			.	.	.	.						S	S	S	S													S
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.
Template SS confidence
		477	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.					.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.
		757	.	.	760	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	T	D	V	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Q	L	G	Y	G	Q	R	I	S	W	N	D	V	I	D	A	G	A	T	L	R	W	E	K	R	P	Y	D	G	D	R	E	H	N	L	Y	V	E	F	D	M	T	F	R	F
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.
Template Sequence		D	T	Q	D	L	T	M	S	L	N	S	L	P	G	N	R	F	T	L	E	G	Y	T	P	Q	D	H	L	N	R	V	S	L	G	F	S	Q	K	L	A	P	E	L	S	L	R	G	G	Y	N	W	R	K	.	.	.	.	G	E	D	D	T	Q	Q	S	V	S	L	A	L	S	L	D	F
Template Known Secondary structure											T	T															S															T	T												.	.	.	.		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.
Template SS confidence
		553	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.					.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
© Structural Bioinformatics Group, Imperial College, London Lawrence Kelley, Benjamin Jefferys   Disclaimer Terms and Conditions