Job Description P69434 Confidence 91.36% Date Thu Jan 5 12:11:38 GMT 2012 Rank 140 Aligned Residues 217 % Identity 18% Template c3bryB_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:tbux; PDBTitle: crystal structure of the ralstonia pickettii toluene2 transporter tbux Resolution 3.20 Å

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		522	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	A	G	S	T	G	I	D	A	E	G	P	D	S	G	K	H	D	V	D	L	T	T	I	V	Y	S	P	P	L	K	D	N	W	R	G	F	A	G	F	G	Y	A	D	G	Q	F	S	E	G	K	G	I	V	R	D	W	L	A	G	V	E	W	R	S	R	N	I	W	L	E	A	E	Y	A	E	R	V	F	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	A	F	G	A	G	I	F	A	E	G	G	L	G	T	Q	Y	G	G	S	S	F	L	S	R	T	S	N	G	V	D	T	G	L	D	Q	F	S	R	L	L	V	L	R	V	P	F	S	A	A	Y	H	V	T	D	K	L	T	V	G	A	S	V	D	A	V	W	T	S	L	N	L	G	T	L	L	D	V	S	Q
Template Known Secondary structure																				S	S	S	B	T	T	B		S	S	S				S	S																			S	S	S	S																						S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
																																				602	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	E	H	K	P	G	A	R	L	S	G	W	Y	D	F	N	D	N	W	R	I	G	S	Q	L	E	R	L	S	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	G	T	L	A	G	Q	G	R	V	S	G	T	L	V	P	T	L	L	G	V	P	G	L	S	G	G	Y	I	D	F	S	G	V	Q	A	W	G	I	G	G	R	L	G	L	T	Y	Q	V	T	P	D	T	R	I	G	A	A	Y	Q	A	K	T	H	V	G	D	L	T	G	Q	A	T	L	S	A	V	G	N	I
Template Known Secondary structure		S	S	S	T	T	T	S	S	S				T	T	T	T	T	T	T	S	S	S			S																										T	T											B	B											B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
													632	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.																										.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	P	L	R	A	M	K	N	G	V	T	G	N	S	A	Q	A	Y	V	R	W	Y	Q	N	E	R	R	K	Y	G	V	S	W	A	F	T	D	F	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	N	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	L	K	G	D	V	T	V	R	N	F	Q	M	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	T	V	G	I	S	H	Q	F	N	D	Q	L	S	V	S	A	D	Y	Q	R	V	F	W	S	S	V	M	K	D	M	N	V	G	F	V	Q	S	G	S	A	A	N	L	D	L	S	L	P	Q	N	Y	R	D
Template Known Secondary structure														B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S	S	S	S												G	G	G			S									S	S	S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.											280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
		676	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	H	E	V	S	L	E	G	Q	E	R	I	W	S	S	P	Y	L	I	V	D	F	L	P	S	L	Y	Y	E	Q	N	T	E	H	D	T	P	Y	Y	N	P	I	K	T	F	D	I	V	P	A	F	E	A	S	H	L	L	W	R	S	Y	E	N	S	W	E	Q	I	F	S	A	G	V	G	A	S	W	Q	K	H
Query Conservation
Alig confidence															.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	S	V	F	G	I	G	A	E	Y	R	Y	N	.	.	A	K	W	T	F	R	G	G	F	H	Y	A	Q	E	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure															.	.	T	T															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.			.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
		756	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	T	D	V	V	T	Q	L	G	Y	G	Q	R	I	S	W	N	D	V	I	D	A	G	A	T	L	R	W	E	K	R	P	Y	D	G	D	R	E	H	N	L	Y	V	E	F	D	M	T	F	R	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	S	L	T	G	G	V	S	Y	A	I	G	K	N	D	V	I	D	F	A	L	S	V	A	.	L	R	K	T	S	V	T	H	S	Q	V	N	A	V	I	A	Y	Q	K	R	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.										S	S	T	T											.			B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																								.
Template SS confidence
									379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.		.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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