Job Description P69434 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:11:38 GMT 2012 Rank 1 Aligned Residues 444 % Identity 12% Template c2xpiA_ PDB info PDB header:cell cycle Chain: A: PDB Molecule:anaphase-promoting complex subunit cut9; PDBTitle: crystal structure of apc/c hetero-tetramer cut9-hcn1 Resolution 2.60 Å

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		35	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.			.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.
Query SS confidence																														.	.
Query Sequence		N	N	A	Y	D	A	L	I	I	E	A	R	K	G	N	T	Q	P	A	L	S	W	F	A	L	K	S	A	.	.	L	S	N	N	Q	I	A	D	W	L	Q	I	A	L	W	A	G	Q	D	K	Q	V	I	T	V	Y	N	R	Y	R	H	Q	Q	L	P	A	R	G	Y	A	A	V	A	V	A	Y	R	N	L	Q
Query Conservation																														.	.
Alig confidence																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	Y	L	R	L	W	R	H	D	A	L	M	Q	Q	Q	Y	K	C	A	A	F	V	G	E	K	V	L	D	I	T	G	N	P	N	D	A	F	W	L	A	Q	V	Y	C	C	T	G	D	Y	A	R	A	K	C	L	L	T	K	E	D	L	Y	N	R	S	S	A	C	R	Y	L	A	A	F	C	L	V	K	L	Y
Template Known Secondary structure														T	T																																T	T												T		G	G	G	T															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.							.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	W	Q	N	S	L	T	L	W	Q	K	A	L	S	L	E	P	Q	N	.	.	.	.	.	.	K	D	Y	Q	R	G	Q	I	L	T	L	A	D	A	G	H	Y	D	T	A	L	V	K	L	K	Q	L	N	S	G	A	P	D	K	A	N	L	L	A	E	A	Y	I	Y	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	W	Q	G	A	L	N	L	L	G	E	T	N	P	F	R	M	Q	D	G	G	I	K	L	E	A	S	M	C	Y	L	R	G	Q	V	Y	T	N	L	S	N	F	D	R	A	K	E	C	Y	K	E	A	L	M	V	D	A	K	C	Y	E	A	F	D	Q	L	V	S	N	H	L	L	T	A	D	E	E	W	D	L
Template Known Secondary structure												S	S		T	T					S	S																		T	T																	T	T											T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
																															177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	G	R	H	Q	D	E	L	R	A	M	T	E	S	L	P	E	N	A	S	T	Q	Q	Y	P	T	E	Y	V	Q	A	L	R	N	N	Q	L	A	A	A	I	D	D	A	N	L	T	P	D	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	L	K	L	N	Y	S	T	Y	S	K	E	D	A	A	F	L	R	S	L	Y	M	L	K	L	N	K	T	S	H	E	D	E	L	R	R	A	E	D	Y	L	S	S	I	N	G	L	E	K	S	S	D	L	L	L	C	K	A	D	T	L	F	V	R	S	R	F	I	D	V	L	A	I	T	T	K	I	L	E	I
Template Known Secondary structure					S		T					G	G	G										T	T	S		T	T	T	T													T	S	T	T	G	G	G															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	D	I	H	A	E	L	V	R	L	S	F	M	P	T	R	S	E	S	E	R	Y	A	I	A	D	R	A	L	A	Q	Y	A	A	L	E	I	L	W	H	D	N	P	D	R	T	A	Q	Y	Q	R	I	Q	V	D	H	L	G	A	L	L	T	R	D	R	Y	K	D	V	I	S	H	Y	Q	R	L	K	K	T
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	P	Y	N	L	D	V	Y	P	L	H	L	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	H	E	S	G	E	K	N	K	L	Y	L	I	S	N	D	L	V	D	R	H	P	E	K	A	V	T	W	L	A	V	G	I	Y	Y	L	C	V	N	K	I	S	E	A	R	R	Y	F	S	K	S	S	T	M
Template Known Secondary structure			T	T			T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T																	T	T	S														T	T
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.													.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Q	I	I	P	P	W	G	Q	Y	W	V	A	S	A	Y	L	K	D	H	Q	P	K	K	A	Q	S	I	M	T	E	L	F	Y	H	K	E	T	I	A	P	D	L	S	D	E	E	L	A	D	L	F	Y	S	H	L	E	S	E	N	Y	P	G	A	L	T	V	T	Q	H	T	I	N	T	S	P	P	F	L	R
Query Conservation
Alig confidence						.																																	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Template Conservation						.																																	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Template Sequence		D	P	Q	F	.	G	P	A	W	I	G	F	A	H	S	F	A	I	E	G	E	H	D	Q	A	I	S	A	Y	T	T	A	A	R	L	F	Q	.	.	.	.	.	G	T	H	L	P	Y	L	F	L	G	M	Q	H	M	Q	L	G	N	I	L	L	A	N	E	Y	L	Q	S	S	Y	A	L	F	Q	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T		.															T															T	T	T	.	.	.	.	.	T		S														T																		.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure						.																																	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Template SS confidence
		403	.	.	.		.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.						.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
		388	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.								.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	M	G	T	P	T	S	I	P	N	D	T	W	L	Q	G	H	S	F	L	S	T	V	A	K	Y	S	N	D	L	P	Q	A	E	M	T	A	R	E	L	A	Y	N	A	P	G	N	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	L	R	I	D	Y	A	S	V	L	Q	A	R	G	W	P	R	A	A	E	N	E	L	K	K
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	P	L	L	L	N	E	L	G	V	V	A	F	N	K	S	D	M	Q	T	A	I	N	H	F	Q	N	A	L	L	L	V	K	K	T	Q	S	N	E	K	P	W	A	A	T	W	A	N	L	G	H	A	Y	R	K	L	K	M	Y	D	A	A	I	D	A	L	N	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T	T																			S				S	G	G	G														T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
													473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
		461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	V	I	E	P	R	N	I	N	L	E	V	E	Q	A	W	T	A	L	T	L	Q	E	W	Q	Q	A	A	V	L	T	H	D	V	V	E	R	E	P	Q	D	P	G	V	V	R	L	K	R	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	L	L	L	S	T	N	D	A	N	V	H	T	A	I	A	L	V	Y	L	H	K	K	I	P	G	L	A	I	T	H	L	H	E	S	L	A	I	S	P	N	E	I	M	A	S	D	L	L	K	R
Template Known Secondary structure						S	S																T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.