Job Description P69434 Confidence 99.83% Date Thu Jan 5 12:11:38 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 213 % Identity 25% Template c2vq2A_ PDB info PDB header:structural protein Chain: A: PDB Molecule:putative fimbrial biogenesis and twitching PDBTitle: crystal structure of pilw, widely conserved type iv pilus2 biogenesis factor Resolution 1.54 Å

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		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	G	Y	A	A	V	A	V	A	Y	R	N	L	Q	Q	W	Q	N	S	L	T	L	W	Q	K	A	L	S	L	E	P	Q	N	K	D	Y	Q	R	G	Q	I	L	T	L	A	D	A	G	H	Y	D	T	A	L	V	K	L	K	Q	L	N	S	G	A	P	D	K	A	N	L	L	A	E	A	Y	I	Y	K	L
Query Conservation
Alig confidence																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	N	I	K	T	Q	L	A	M	E	Y	M	R	G	Q	D	Y	R	Q	A	T	A	S	I	E	D	A	L	K	S	D	P	K	N	E	L	A	W	L	V	R	A	E	I	Y	Q	Y	L	K	V	N	D	K	A	Q	E	S	F	R	Q	A	L	S	I	K	P	D	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure															T	T																	T	T															T	T																	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		36	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	R	H	Q	D	E	L	R	A	M	T	E	S	L	P	E	N	A	S	T	Q	Q	Y	P	T	E	Y	V	Q	A	L	R	N	N	Q	L	A	A	A	I	D	D	A	N	L	T	P	D	I	R	A	D	I	H	A	E	L	V	R	L	S	F	M	P	T	R	S	E	S	E	R	Y	A	I	A	D	R	A	L
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Q	Y	A	A	L	E	I	L	W	H	D	N	P	D	R	T	A	Q	Y	Q	R	I	Q	V	D	H	L	G	A	L	L	T	R	D	R	Y	K	D	V	I	S	H	Y	Q	R	L	K	K	T	G	Q	I	I	P	P	W	G	Q	Y	W	V	A	S	A	Y	L	K	D	H	Q	P	K	K	A	Q	S	I	M	T
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	L	F	Y	H	K	E	T	I	A	P	D	L	S	D	E	E	L	A	D	L	F	Y	S	H	L	E	S	E	N	Y	P	G	A	L	T	V	T	Q	H	T	I	N	T	S	P	P	F	L	R	L	M	G	T	P	T	S	I	P	N	D	T	W	L	Q	G	H	S	F	L	S	T	V	A	K	Y	S	N	D	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	N	N	N	Y	G	W	F	L	C	G	R	L	N	R	P	A	E	S	M	A	Y	F	D	K	A	L	A	D	P	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	T	P	Y	I	A	N	L	N	K	G	I	C	S	A	K	Q	G	Q	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T	T															T	S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S																T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.														.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
		418	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.		.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.
Query SS confidence																																																													.
Query Sequence		P	Q	A	E	M	T	A	R	E	L	A	Y	N	A	P	G	N	Q	G	L	R	I	D	Y	A	S	V	L	Q	A	R	G	W	P	R	A	A	E	N	E	L	K	K	A	E	V	I	E	P	R	N	I	N	L	E	V	E	Q	A	.	W	T	A	L	T	L	Q	E	W	Q	Q	A	A	V	L	T	H	D	V	V
Query Conservation																																																													.
Alig confidence																																																													.
Template Conservation
Template Sequence		G	L	A	E	A	Y	L	K	R	S	L	A	A	Q	P	Q	F	P	P	A	F	K	E	L	A	R	T	K	M	L	A	G	Q	L	G	D	A	D	Y	Y	F	K	K	Y	Q	S	R	V	E	V	L	Q	A	D	D	L	L	L	G	W	K	I	A	K	A	L	G	N	A	Q	A	A	Y	E	Y	E	A	Q	L	Q
Template Known Secondary structure															S	T	T																T																		S																T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
		497	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	R	E	P	Q	D	P	G	V	V	R	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	N	F	P	Y	S	E	E	L	Q	T	V
Template Known Secondary structure					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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