Job Description P0A9U3 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:11:24 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 474 % Identity 17% Template c2r6fA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:excinuclease abc subunit a; PDBTitle: crystal structure of bacillus stearothermophilus uvra Resolution 3.20 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	V	S	S	N	V	T	M	Q	F	G	S	K	P	L	F	E	N	I	S	V	K	F	G	G	G	N	R	Y	G	L	I	G	A	N	G	S	G	K	S	T	F	M	K	I	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	L	E	P	T	L	G	N	V	S	L
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.
Template Sequence		I	I	V	K	G	A	.	.	.	.	.	R	A	H	N	L	K	N	I	D	V	E	I	P	R	G	K	L	V	V	L	T	G	L	S	G	S	G	K	S	S	L	A	F	D	T	I	Y	A	E	G	Q	R	R	Y	V	E	S	L	S	A	Y	A	R	Q	F	L	G	Q	X	E	K	P	D	V	D	A	I	E	G
Template Known Secondary structure								.	.	.	.	.		S	S	S			S							T	T	S							S	T	T	S	S						T	T	T											T	T	S										T	S				S						S
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.						10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
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Predicted Secondary structure								.	.	.																		.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.																		.	.	.	.	.
Query Sequence		D	P	N	E	R	I	.	.	.	G	K	L	R	Q	D	Q	F	A	F	E	E	F	T	V	L	D	.	.	.	.	.	T	V	I	M	G	H	K	E	L	W	E	V	K	Q	E	R	D	R	I	Y	A	L	P	E	M	S	E	E	D	G	Y	K	V	A	D	L	E	V	K	Y	G	E	M	D	G	Y	S	A	E
Query Conservation								.	.	.																		.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.													.					.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	S	P	A	I	S	I	D	Q	K	T	T	S	R	N	P	R	S	T	V	G	.	T	V	T	E	I	Y	D	Y	L	R	L	L	F	A	R	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	P	I	C	P	T	H	G	I	E	I	Q	S	Q	T	I	E
Template Known Secondary structure									S	S	T	T	S				T	T		B			.			T	S												T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				B		T	T	T			B
Template Predicted Secondary structure																							.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.
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Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.
Query Sequence		A	R	A	G	E	L	L	L	G	V	G	I	P	V	E	Q	H	Y	G	P	M	S	.	.	.	.	.	.	.	.	E	V	A	P	G	W	K	L	R	V	L	L	A	Q	A	L	F	A	D	P	D	I	L	L	L	D	E	P	T	N	N	L	D	I	D	T	I	R	W	L	E	Q	V	L	N	E	.	.	.	R
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	X	V	D	R	L	L	S	Y	P	E	R	T	K	X	Q	I	L	A	P	I	D	V	V	V	D	R	I	I	I	K	D	G	I	A	A	R	L	A	D	S	L	E	T	A	L	K	L	A	D	G	K	V	V	V	D	V	I	G	E	G	E	L	L	F	S	E	K	H	A	C	P	Y	C	G	F	S	I	G	E
Template Known Secondary structure									T	S		T	T																				S	T	T															T	T	S							T	T	T							S	S				T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		134	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
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Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	S	T	M	I	I	I	S	H	D	R	H	F	L	N	M	V	C	T	H	M	A	D	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	G	E	L	R	V	Y	P	G	N	Y	D	E	Y	M	T	A	A	T	Q	A	R	E	R	L	L	A	D	N	A	K	K	K	A	Q	I	A	E	L	Q	S	F	V	S	R	F
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	E	P	R	L	F	S	F	N	S	P	F	G	A	C	P	D	C	D	G	L	G	A	K	L	E	V	D	L	D	L	V	I	P	N	D	E	L	T	L	K	E	H	A	I	A	P	W	E	P	Y	Y	P	Q	L	L	E	A	V	C	R	H	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				G	G	G	G		S	S	S	T	T	T	B		T	T	T	T	S														S	S	S			B	G	G	G		S	S	S	S	S																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	A	N	A	S	K	S	R	Q	A	T	S	R	A	R	Q	I	D	K	I	K	L	E	E	V	K	A	S	S	R	Q	N	P	F	I	R	F	E	Q	D	K	K	L	F	R	N	A	L	E	V	E	G	L	T	K	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	I	P	X	D	V	P	V	K	D	L	P	K	E	Q	L	D	K	I	L	Y	G	S	G	G	E	P	I	Y	F	R	Y	T	N	D	F	G	Q	V	R	E	Q	Y	I	A	F	E	G	V	I	P	N	V	E	R	R	Y	R	E	T	S	S	D	Y	I	R	E	Q	X	E	K	Y	X	A	E	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.			S	S		B	G	G	G	S													T	T					B			B		S	S	S		B			B																					T	T						G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	C	P	T	C	Q	G	Y	R	L	K	K	E	S	L	A	V	L	V	G	G	K	H	I	G	E	V	T	A	X	S	V	T	E	A	L	A	F	F	D	G	L	E	L	T	E	K	E	A	Q	I	A	R	L	I	L	R	E	I	R	D	R	L	G	F	L	Q	N	V	G	L	D	Y	L	T	L	S	R	S	A
Template Known Secondary structure				T	T	T	T	T	S		B		T	T	T	T	T			S	S	S		B						T	S	B																					S																		T		T	T	S	B	S	S	S	B	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	T	L	S	G	G	E	A	Q	R	I	R	L	A	T	Q	I	G	S	R	L	T	G	V	L	Y	V	L	D	E	P	S	I	G	L	H	Q	R	D	N	D	R	L	I	A	T	L	K	S	X	R	D	L	G	N	T	L	I	V	V	E	H	D	E	D	T	X	L	A	A	D	Y	L	I	D	I	G	P	G	A
Template Known Secondary structure		G	G																T	T				S								T	T	T	T			G	G	G													T	T	T															S		S							S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		483	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	I	H	G	G	E	V	V	A	A	G	T	P	E	E	V	X	N	D	P	N	S	L	T	G	Q	Y	L	S	G	K	K	F	I	P	I	P	A	E	R	R	R	P	D	G	R	W	L	E	V	V	G	A	R	E	H	N	L	K	N	V	S	V	K	I	P	L	G	T	F	V	A	V	T	G	V	S	G	S	G
Template Known Secondary structure		G	G	G			S							T	T	T	T	T	T		T	T		T	T						T	S	S						S	S						S										S	S	S			S							S	S	S						B		T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		563	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.
																																																																	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	G	P	L	F	K	N	L	N	L	L	L	E	V	G	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	T	L	V	N	E	V	L	Y	K	A	L	A	Q	K	L	H	R	A	K	A	K	P	G	E	H	R	D	I	R	G	L	E	H	L	D	K	V	I	D	I	D	Q	S	P	I	G	R	T	P	R	S	N	P	A	T	Y	T	G	V	F	D	D	I	R	D	V	F	A	S	T	N	E	A	K	V	R	G	Y
Template Known Secondary structure							T	T	T																		S		S					G	G	G		S							S	S		S		S	S	T	T								T											T	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		643	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380					.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.								.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	A	V	L	G	T	N	G	V	G	K	S	T	L	L	K	T	L	V	G	D	L	Q	P	D	S	G	T	V	K	W	S	E	.	.	.	.	N	A	R	I	G	Y	Y	A	Q	D	H	E	Y	E	F	E	N	D	L	T	V	F	E	W	M	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	W	K	Q	E	G	D	D	E
Query Conservation																																				.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	K	G	R	F	S	F	N	V	K	G	G	R	C	E	A	C	H	G	D	G	I	I	K	I	E	X	H	F	L	P	D	V	Y	V	P	C	E	V	C	H	G	K	R	Y	N	R	E	T	L	E	V	T	Y	K	G	K	N	I	A	E	V	L	D	X	T	V	E	D	A	L	D	F	F	A	S	I	P	K	I
Template Known Secondary structure			T	T	T	T		T	T	S	T	T	T	B		T	T	T	T	T		S							S	S	S								T	T	T	T	T			B		T	T	G	G	G			B	T	T	B							T	S	B								T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		723	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.
		416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.				.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.				.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.																													.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.																													.	.	.
Query Sequence		Q	A	V	R	S	I	L	G	R	L	L	F	S	Q	D	D	I	K	K	P	A	K	V	L	S	G	G	E	K	G	R	M	L	F	G	K	L	M	M	Q	K	.	.	.	P	N	I	L	I	M	D	E	P	T	N	H	L	D	M	E	S	I	E	S	L	N	M	A	L	E	L	Y	.	.	.	Q	G	T	L	I
Query Conservation																																											.	.	.																													.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.																													.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	R	K	L	E	T	L	Y	D	V	G	L	G	Y	X	K	L	G	Q	P	A	T	T	L	S	G	G	E	A	Q	R	V	K	L	A	A	E	L	H	R	R	S	N	G	R	T	L	Y	I	L	D	E	P	T	T	G	L	H	V	D	D	I	A	R	L	L	D	V	L	H	R	L	V	D	N	G	D	T	V	L
Template Known Secondary structure											T	T		S	S	S	B	T	T			G	G	G																S	S				S									T	T	T	T																			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		803	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.							.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	V	S	H	D	R	E	F	V	S	S	L	A	T	R	I	L	E	I	.	.	.	.	.	.	T	P	E	R	V	I	D	F	S	G	N	Y	E	D	Y	L	R	S	K	G
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.								.	.	.	.	.	.								.
Template Conservation													.																					.
Template Sequence		V	I	E	H	N	L	D	V	I	K	T	.	A	D	Y	I	I	D	L	G	P	E	G	G	D	R	G	G	Q	I	V	A	.	V	G	T	P	E	E	V	A	E	V	K	E
Template Known Secondary structure											T	T	.		S							S	S	S	T	T	S			S				.			S						T		T	T
Template Predicted Secondary structure													.																					.
Template SS confidence
		883	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.		.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.		.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.