Job Description P0A9U3 Confidence 99.94% Date Thu Jan 5 11:11:24 GMT 2012 Rank 60 Aligned Residues 360 % Identity 11% Template c1u9iA_ PDB info PDB header:circadian clock protein Chain: A: PDB Molecule:kaic; PDBTitle: crystal structure of circadian clock protein kaic with phosphorylation2 sites Resolution 2.80 Å

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		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.			.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
Predicted Secondary structure																								.	.
Query SS confidence																								.	.
Query Sequence		F	G	G	G	N	R	Y	G	L	I	G	A	N	G	S	G	K	S	T	F	M	K	.	.	I	L	G	G	D	L	E	P	T	L	G	N	V	S	L	D	P	N	E	R	I	G	K	L	R	Q	D	Q	F	A	F	E	E	F	T	V	L	D	T	V	I	M	G	H	K	E	L	W	E	V	K	Q	E	R	D	R
Query Conservation																								.	.
Alig confidence																								.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	P	I	G	R	S	T	L	V	S	G	T	S	G	T	G	K	T	L	F	S	I	Q	F	L	Y	N	G	I	I	E	F	D	E	P	G	V	F	V	T	F	E	E	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	T	S							S	T	T	S	S																									S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		36	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	Y	A	L	P	E	M	S	E	E	D	G	Y	K	V	A	D	L	E	V	K	Y	G	E	M	D	G	Y	S	A	E	A	R	A	G	E	L	L	L	G	V	G	I	P	V	E	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	Y	G	P	M	S	E	V	A	P	G	W	K	L	R	V
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Q	D	I	I	K	N	A	R	S	F	G	W	D	L	A	K	L	V	D	E	G	K	L	F	I	L	D	A	S	P	D	P	E	G	Q	E	V	V	G	G	F	D	L	S	A	L	I	E	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									G	G	G	T									T	T	S										S	S			S			S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.									.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.			.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Query Sequence		L	L	A	Q	A	L	F	A	D	P	D	I	L	L	L	D	E	P	T	N	N	L	D	I	.	.	.	.	.	.	.	.	D	T	I	R	W	L	E	Q	V	L	N	E	R	D	S	T	M	I	I	I	S	H	D	R	H	F	L	N	M	V	C	T	H	M	A	D	.	.	L	D	Y	G	E	L	R	V	Y	P
Query Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.							.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		I	N	Y	A	I	Q	K	Y	R	A	R	R	V	S	I	D	S	V	T	S	V	F	Q	Q	Y	D	A	S	S	V	V	R	R	E	L	F	R	L	V	A	R	L	K	Q	I	G	A	T	T	V	M	T	T	E	R	I	E	E	Y	G	P	I	A	R	Y	G	V	E	E	F	V	S	D	N	V	V	.	.	.	.
Template Known Secondary structure										T		S							S	T	T	T	S	T	T	T																					T										S	S	S	S	S		S	S	T	T	S							S				.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	Y	D	E	Y	M	T	A	A	T	Q	A	R	E	R	L	L	A	D	N	A	K	K	K	A	Q	I	A	E	L	Q	S	F	V	S	R	F	S	A	N	A	S	K	S	R	Q	A	T	S	R	A	R	Q	I	D	K	I	K	L	E	E	V	K	A	S	S	R	Q	N	P	F	I	R	F	E	Q	D	K	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	L	R	N	V	L	E	G	E	R	R	R	R	T	L	E	I	L	K	L	R	G	T	S	H	M	K	G	E	Y	P	F	T	I	T	D	H	G	I	N	I	F	P	L	G	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	T	T												T	T	S					S								T	T							T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																				206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	F	R	N	A	L	E	V	E	G	L	T	K	G	F	D	N	G	P	L	F	K	N	L	N	L	L	L	E	V	G	E	K	L	A	V	L	G	T	N	G	V	G	K	S	T	L	L	K	T	L	V	G	D	L	Q	P	D	S	G	T	V	K	W	S	E	N	A	R	I	G	Y	Y	A	Q	D	H	E	Y	E
Query Conservation
Alig confidence							.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	R	L	T	Q	.	R	S	S	N	V	R	V	S	S	G	V	V	R	L	D	E	M	C	G	G	G	F	F	K	D	S	I	I	L	A	T	G	A	T	G	T	G	K	T	L	L	V	S	R	F	V	E	N	A	C	A	N	K	E	R	A	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S			.										S								T	T	S	S			S	S									T	T	S	S														T	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure							.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		252	.	.	.	.		.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.					.	.	.	470
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.	.
Query Sequence		F	E	N	D	L	T	V	F	E	W	M	S	Q	W	K	Q	E	G	D	D	E	Q	A	V	R	S	I	L	G	R	L	L	F	S	Q	D	D	I	K	K	P	A	K	V	L	S	G	G	E	K	G	R	M	L	F	G	K	L	M	M	Q	K	P	N	I	L	I	M	D	E	P	T	.	.	.	.	N	H	L	D
Query Conservation																																																																										.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.																																										.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.
Template Sequence		F	A	Y	E	E	S	R	A	Q	L	L	R	N	A	Y	S	W	G	M	D	F	E	E	M	E	R	.	.	.	.	.	Q	N	L	L	K	I	V	C	A	Y	P	E	S	A	G	L	E	D	H	L	Q	I	I	K	S	E	I	N	D	F	K	P	A	R	I	A	I	D	S	L	S	A	L	A	R	G	V	S	N
Template Known Secondary structure				S	S	S											T	T	S									.	.	.	.	.	T	T	S								G	G	G	S															T	T			S											T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340						.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		471	.	.	.	.				.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.									.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	E	S	I	E	.	.	.	S	L	N	M	A	L	E	L	Y	Q	G	T	L	I	F	V	S	H	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	E	F	V	S	S	L	A	T	R	I	L	E	I	T
Query Conservation							.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	A	F	R	Q	F	V	I	G	V	T	G	Y	A	K	Q	E	E	I	T	G	L	F	T	N	T	S	D	Q	F	M	G	A	H	S	I	T	D	S	H	I	I	T	D	T	I	I	L	L	Q
Template Known Secondary structure																		T	T										S	S	S	S				S	S		S	S					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.