Job Description P33570 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:13 GMT 2012 Rank 32 Aligned Residues 576 % Identity 13% Template c2jgdA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:2-oxoglutarate dehydrogenase e1 component; PDBTitle: e. coli 2-oxoglutarate dehydrogenase (e1o) Resolution 2.6 Å

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		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.											.	.	.	.	.			.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.
Query Sequence		N	A	I	R	A	L	S	M	D	A	V	Q	K	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	H	P	G	.	.	A	P	M	G	M	A	D	I	A	E	V	L	W	N	D	F	L	K	H	N	P	T	D	P	T	W	Y	D	R	D	R	F	I	L	S	N	G	H	A	S	M	L	L	Y	S	L	L	H
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Sequence		S	E	E	K	K	R	F	L	S	E	L	T	A	A	E	G	L	E	R	Y	L	G	A	K	F	P	G	R	F	S	L	E	G	G	D	A	L	I	P	M	L	K	E	M	I	R	H	A	G	N	S	G	T	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	V	V	L	G	M	A	H	R	G	.	R	L	N	V	L	V	N
Template Known Secondary structure																																	T	T		T	T														T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.									S	T	T	.
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template SS confidence
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.									250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260		.	.	.	.	.	.	.
		76	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.														.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	G	Y	D	L	P	L	E	E	L	K	N	F	R	Q	L	H	S	K	T	P	G	H	P	E	I	G	Y	T	P	G	V	E	T	T	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	G	Q	G	L	A	N	A	V	G	L	A	I	A	E	R	T	L	A	A	Q	F	N	Q	P	D	H	E
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.
Template Conservation					.																																																																									.	.	.	.
Template Sequence		V	L	G	.	K	K	P	Q	D	L	F	D	E	F	A	G	K	H	H	L	G	T	G	D	V	K	Y	H	M	G	F	S	S	D	F	Q	T	D	G	G	L	V	H	L	A	L	A	F	N	P	S	H	L	E	I	V	S	P	V	V	I	G	S	V	R	A	R	L	D	R	L	D	E	P	S	S	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T		.												T					S					G	G	G										T	T												S	S	T	T															T	T	S	S	S			G	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.																																																																									.	.	.	.
Template SS confidence
		270	.	.		.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.			.	.	.	.	.	.		.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.				.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.							.																				.	.	.
Query SS confidence												.	.							.																				.	.	.
Query Sequence		I	V	D	H	F	T	Y	V	F	M	.	.	G	D	G	C	L	M	.	E	G	I	S	H	E	V	C	S	L	A	G	T	L	G	L	G	K	L	.	.	.	I	G	F	Y	D	H	N	G	I	S	I	D	G	E	T	E	G	W	F	T	D	D	T	A	K	R	F	E	A	Y	H	W	H	V	I	H	E	I	D
Query Conservation												.	.							.																				.	.	.
Alig confidence		.	.	.								.	.							.																		.		.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Conservation		.	.	.																																		.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template Sequence		.	.	.	N	K	V	L	P	I	T	I	H	G	D	A	A	V	T	G	Q	G	V	V	Q	E	T	L	N	M	S	K	A	R	G	Y	E	.	V	G	G	T	V	R	I	V	I	N	N	Q	Y	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	I	G	K	M	V	Q	A	.	P	I	F	H	V	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	G	G																T									T	T	S	T	T	T		.		S												G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G	G	T	T	T		.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																		.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.
Template SS confidence
					347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.														.	.	.	.	.	.	400	.	.		.	.	.	.	.	.
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230				.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.
Query SS confidence																.	.	.
Query Sequence		G	H	D	P	Q	A	V	K	E	A	I	L	E	A	.	.	.	Q	S	V	K	D	K	P	S	L	I	I	C	R	T	V	I	G	F	G	S	P	N	K	A	G	K	E	E	A	H	G	A	P	L	G	E	E	E	V	A	L	A	R	Q	K	L	G	W	H	H	P	P	F	E	I	P	K	E	I	Y	H	A	W
Query Conservation																.	.	.
Alig confidence																.	.	.																								.	.	.
Template Conservation																																										.	.	.
Template Sequence		A	D	D	P	E	A	V	A	F	V	T	R	L	A	L	D	F	R	N	T	F	K	R	D	V	F	I	D	L	V	C	Y	R	R	H	Q	P	L	M	Y	.	.	.	Q	K	I	K	K	H	P	T	P	R	K	I	Y	A	D	K	L	E	Q	E	K	V	A	T	L	E	D	A	T	E	M	V	N	L	Y	R	D
Template Known Secondary structure		T	T																																				T	T		.	.	.					T	S													T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.
Template SS confidence
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.				.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	350	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	R	E	K	G	E	K	A	Q	Q	S	W	N	E	K	F	A	A	Y	K	K	A	H	P	Q	L	A	E	E	F	T	R	R	M	S	G	G	L	P	K	D	W	E	K	T	T	Q	K	Y	I	N	E	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	P	A	K	I
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	D	A	G	D	C	V	V	A	E	W	R	P	M	N	M	H	S	F	T	W	S	P	Y	L	N	H	E	W	D	E	E	Y	P	N	K	V	E	M	K	R	L	Q	E	L	A	K	R	I	S	T	V	P	E	A	V	E	M	Q	S	R	V	A	K	I	Y	G	D	R	Q	A	M	A	A	G	E	K	L	F
Template Known Secondary structure						T	S				T	T						G	G	G		T	T	G	G	G	S	S			T	T																			T	T				T	T	S																		T	T	S	S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		512	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.															.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	T	R	K	A	S	Q	N	T	L	N	A	Y	G	P	M	L	P	E	L	L	G	G	S	A	D	L	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	N	L	T	I	W	K	G	S	V	S	L	K	E	D	P	A	G	N	Y	I	H	Y	G	V	R	E	F	G	M	T	A	I	A	N	G	I
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	W	G	G	A	E	N	L	A	Y	A	T	L	V	D	E	G	I	P	V	R	L	S	G	E	D	S	G	R	G	T	F	F	H	R	H	A	V	I	H	N	Q	S	N	G	S	T	Y	T	P	L	Q	H	I	H	N	G	Q	G	A	F	R	V	W	D	S	V	L	S	E	E	A	V	L	A	F	E	Y	G	Y
Template Known Secondary structure																T	T	T								T	T	T	T	T		T	T	S					S				S	S	S	S					G	G	G		S		T	T											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		592	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.
		421	.	.	.	.	.	.	.	.			430	.	.	.	.	.	.	.				.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.					.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.			.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.									.	.	.												.	.	.	.																																		.	.
Query SS confidence											.	.									.	.	.												.	.	.	.																																		.	.
Query Sequence		A	H	H	G	G	F	V	P	Y	.	.	T	A	T	F	L	M	F	V	.	.	.	E	Y	A	R	N	A	A	R	M	A	A	.	.	.	.	L	M	K	A	R	Q	I	M	V	Y	T	H	D	S	I	G	L	G	E	D	G	P	T	H	Q	A	V	E	Q	L	A	S	L	.	.	R	L	T	P	N	F	S	T
Query Conservation											.	.									.	.	.												.	.	.	.																																		.	.
Alig confidence											.	.									.	.	.												.	.	.	.													.	.	.																			.	.
Template Conservation																																																			.	.	.
Template Sequence		A	T	A	E	P	R	T	L	T	I	W	E	A	Q	F	G	D	F	A	N	G	A	Q	V	V	I	D	Q	F	I	S	S	G	E	Q	K	W	G	R	M	C	G	L	V	M	L	L	P	H	.	.	.	G	Y	E	G	Q	G	P	E	H	S	S	A	R	L	E	R	Y	L	Q	L	C	A	E	Q	N	M	Q	V
Template Known Secondary structure						T	T	S							.		G	G	G	G	G	G	G							T	T	T	T																		.	.	.			S	S	S		T	T	S	S										T			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.
Template SS confidence
		672	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720				.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.		510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.					.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.																																							.	.	.	.
Query SS confidence																						.																																							.	.	.	.
Query Sequence		W	R	P	C	D	Q	V	E	A	A	V	G	W	K	L	A	V	E	R	H	.	N	G	P	T	A	L	I	L	S	R	Q	N	L	A	Q	V	E	R	T	P	D	Q	V	K	E	I	A	R	G	G	Y	V	L	K	D	S	G	G	.	.	.	.	K	P	D	I	I	L	I	A	T	G	S	E	M	E	I	T	L
Query Conservation																						.																																							.	.	.	.
Alig confidence																						.																																							.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		C	V	P	S	T	P	A	Q	V	Y	H	M	L	R	R	Q	A	L	R	G	M	R	R	P	L	V	V	M	S	P	K	S	L	L	R	H	P	L	A	V	S	S	L	E	E	L	A	N	G	T	F	L	P	A	I	G	E	I	D	E	L	D	P	K	G	V	K	R	V	V	M	C	S	G	K	V	Y	Y	D	L
Template Known Secondary structure						S														S	S											S	G	G	G	G		T	T			B												S						S				G	G	G									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		749	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.
		565	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.		.	.	.	.	.				.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.
Predicted Secondary structure																															.						.	.	.
Query SS confidence																															.						.	.	.
Query Sequence		Q	A	A	E	K	L	A	G	E	G	R	N	V	R	V	V	S	L	P	S	T	D	I	F	D	A	Q	D	E	.	E	Y	R	E	S	.	.	.	V	L	P	S	N	V	A	A	R	V	A	V	E	A	G	I	A	D	Y	W	Y	K	Y	V
Query Conservation																															.						.	.	.
Alig confidence		.																													.						.	.	.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	L	E	Q	R	R	K	N	N	Q	H	D	V	A	I	V	R	I	E	Q	L	Y	P	F	P	H	K	A	M	Q	E	V	L	Q	Q	F	A	H	V	K	D	F	V	W	C	Q	E	E	P	L	N	Q	G	A	W	Y	C	S	Q	H	H	F
Template Known Secondary structure		.							T	T			S											S											G	G	G	T	T												T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			829	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.