Job Description P33570 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:13 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 635 % Identity 24% Template c2g28A_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:pyruvate dehydrogenase e1 component; PDBTitle: e. coli pyruvate dehydrogenase h407a variant2 phosphonolactylthiamin diphosphate complex Resolution 1.85 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.							.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	D	L	A	N	A	I	R	A	L	S	M	D	A	V	Q	K	A	N	.	.	.	.	.	.	S	G	H	P	G	A	P	M	G	M	A	D	I	A	E	V	L	W	N	D	F	L	K	H	N	P	T	D	P	T	W	Y	D	R	D	R	F	I	L	S	N	G	H	A	S	M	L	L	Y	S	L	L	H	L	T
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.
Template Sequence		R	R	I	R	S	A	I	R	W	N	A	I	M	T	V	L	R	A	S	K	K	D	L	E	L	G	G	H	M	A	S	F	Q	S	S	A	T	I	Y	D	V	C	F	N	H	F	F	R	.	.	.	.	A	R	N	E	Q	D	G	G	D	L	V	Y	F	Q	G	H	I	S	P	G	V	Y	A	R	A	F	L	E
Template Known Secondary structure																					T	T		S						S																	T			.	.	.	.				S	S	S									G	G	G											T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.					.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.			.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.		.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.																.
Query SS confidence																	.	.																.
Query Sequence		G	Y	D	L	P	L	E	E	L	K	N	F	R	Q	L	.	.	H	S	K	T	P	G	H	P	E	I	G	Y	T	P	G	.	V	E	T	T	T	G	P	L	G	Q	G	L	A	N	A	V	G	L	A	I	A	E	R	T	L	A	A	Q	F	N	Q	P	D	H	E	I	V	D	H	F	T	Y	V	F	M	G	D
Query Conservation																	.	.																.
Alig confidence				.													.	.																.																																.	.	.
Template Conservation				.																																																														.	.	.
Template Sequence		G	R	.	L	T	Q	E	Q	L	D	N	F	R	Q	E	V	H	G	N	G	L	S	S	Y	P	H	P	K	L	M	P	E	F	W	Q	F	P	T	V	S	M	G	L	G	P	I	G	A	I	Y	Q	A	K	F	L	K	Y	L	E	H	R	G	L	K	.	.	.	D	T	S	K	Q	T	V	Y	A	F	L	G	D
Template Known Secondary structure		T	S	.	S						T	T	B	T			T	T	S	S		B		S	S			T	T	T	S	T	T	T							S	T	T																			T	T	S		.	.	.			T	T									T
Template Predicted Secondary structure				.																																																														.	.	.
Template SS confidence
		155	.		.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.				.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.			.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	C	L	M	E	G	I	S	H	E	V	C	S	L	A	G	T	L	G	L	G	K	L	I	G	F	Y	D	H	N	G	I	S	I	D	G	E	T	E	G	W	F	T	.	.	D	D	T	A	K	R	F	E	A	Y	H	W	H	V	I	H	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																													.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																													.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	E	M	D	E	P	E	S	K	G	A	I	T	I	A	T	R	E	K	L	D	N	L	V	F	V	I	N	C	N	L	Q	R	L	D	G	P	V	T	G	N	G	K	I	I	N	E	L	E	G	I	F	E	G	A	G	W	N	V	I	K	V	M	W	G	S	R	W	D	E	L	L	R	K	D	T	S	G	K	L
Template Known Secondary structure		G	G	G	G	S					T	T							T	T		T	T									S	B		S	S	S	B	S	S	T	T	S													T	T								B		G	G	G									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
																																																				215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	G	H	D	P	Q	A	V	K	E	A	I	L	E	A	Q	S	V	K	D	K	P	S	L	I	I	C	R	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	Q	L	M	N	E	T	V	D	G	D	Y	Q	T	F	K	S	K	D	G	A	Y	V	R	E	H	F	F	G	K	Y	P	E	T	A	A	L	V	A	D	W	T	D	E	Q	I	W	A	L	N	R	G	G	H	D	P	K	K	I	Y	A	A	F	K	K	A	Q	E	T	K	G	K	A	T	V	I	L	A	H	T
Template Known Secondary structure								S									T	T	S									T	G	G	G	S							T	T	T	S							T			B	G	G	G																	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	I	G	F	G	S	P	N	K	A	G	K	E	E	A	H	G	A	P	L	G	E	E	E	V	A	L	A	R	Q	K	L	G	W	H	H	P	P	F	E	I	P	K	E	I	Y	H	A	W	D	A	R	E	K	G	E	K	A	Q	Q	S	W	N	E	K	F	A	A	Y	K	K	A	H	P	Q	L	A	E	E	F
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.
Template Sequence		I	K	G	Y	G	M	G	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	M	D	G	V	R	H	I	R	D	R	F	N	V	P	V	S	D	A	D	I	E	K	L	P	Y	I	T	F	P	E	G	S	E	E	.	.	.	H	T	Y	L	H	A	Q	R	Q	K	L	H	G	Y	L	P	S	R	Q	P	N	F
Template Known Secondary structure			T	T	T	T		T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T		S							T	T								T	T	S			.	.	.											T	T	S		S	S				S	S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.
Template SS confidence
		391	.	.	.	.	.	.	.	.												400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.				.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.				.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.				.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.																					.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.																					.	.	.
Query Sequence		T	R	R	M	S	G	G	L	P	K	D	W	E	K	T	T	Q	K	Y	I	N	E	L	Q	A	N	P	A	K	I	A	T	R	K	A	S	Q	N	T	L	N	A	Y	.	.	.	G	P	M	L	P	E	L	L	G	G	S	A	D	L	A	P	S	N	L	T	.	.	.	I	W	K	G	S	V	S	L	K	E	D
Query Conservation																																													.	.	.																					.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.																					.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	E	K	L	E	L	P	S	L	Q	D	F	G	A	L	L	E	E	.	.	.	.	.	.	.	Q	S	K	E	I	S	T	T	I	A	F	V	R	A	L	N	V	M	L	K	N	K	S	I	K	D	R	L	V	P	I	I	A	D	E	A	R	T	F	G	M	E	G	L	F	R	Q	I	G	I	Y	S	P	E	D
Template Known Secondary structure			S							G	G	G	G					S		.	.	.	.	.	.	.		S	S		B														T	T		T	T	T	T	T	T						S	S		T	G	G	G	T										B	B				B
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.								.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.
		399	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.						.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.			.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.																								.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.																								.	.
Query Sequence		P	A	G	N	Y	I	H	Y	G	V	R	E	F	G	M	T	A	I	A	N	G	I	A	H	H	G	.	.	.	.	.	G	F	V	P	Y	T	A	T	F	L	M	F	V	E	Y	A	R	N	A	A	R	M	A	.	.	A	L	M	K	A	R	Q	I	M	V	Y	T	H	D	S	I	G	L	G	E	D	G	P	T
Query Conservation																												.	.	.	.	.																								.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	K	G	Q	I	L	Q	E	G	I	N	E	L	G	A	G	C	S	W	L	A	A	A	T	S	Y	S	T	N	N	L	P	M	I	P	F	Y	I	Y	Y	S	M	F	G	F	Q	R	I	G	D	L	C	W	A	A	G	D	Q	Q	A	R	G	F	L	I	G	G	T	S	G	R	T	T	L	N	G	E	G	L	Q
Template Known Secondary structure		T	T			B					S														T					T	S											G	G	G	S														T	T									S		S	T	T	T	S	T	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.					.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.			.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.																					.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.																					.	.
Query Sequence		H	Q	A	V	E	Q	L	A	S	L	R	L	T	P	N	F	S	T	W	R	P	C	D	Q	V	E	A	A	V	G	W	K	L	A	V	E	R	.	.	.	.	H	N	G	P	T	A	L	I	L	S	R	Q	N	L	A	Q	V	E	R	T	.	.	P	D	Q	V	K	E	I	A	R	G	G	Y	V	L	K	D	S
Query Conservation																																							.	.	.	.																					.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.																					.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	E	D	G	H	S	H	I	Q	S	L	T	I	P	N	C	I	S	Y	D	P	A	Y	A	Y	E	V	A	V	I	M	H	D	G	L	E	R	M	Y	G	E	K	Q	E	N	V	Y	Y	Y	I	T	T	L	N	E	N	Y	H	M	P	A	M	P	E	G	A	E	E	G	I	R	K	G	I	Y	K	L	E	T	I
Template Known Secondary structure		T			S							T	T	S	T	T								S																	S	T	T												S			B							T	T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.
			546	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.		.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600												.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
Predicted Secondary structure		.																													.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																													.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	G	G	K	P	D	I	I	L	I	A	T	G	S	E	M	E	I	T	L	Q	A	A	E	K	L	A	G	E	.	G	R	N	V	R	V	V	S	L	P	S	T	D	I	F	D	A	Q	D	E	E	Y	R	E	S	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	S	N	V	A	A	R	V	A	V	E	A
Query Conservation		.																													.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																													.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	G	S	K	G	K	V	Q	L	L	G	S	G	S	I	L	R	H	V	R	E	A	A	E	I	L	A	K	D	Y	G	V	G	S	D	V	Y	S	V	T	S	F	T	E	L	A	R	D	G	Q	D	C	E	R	W	N	M	L	H	P	L	E	T	P	R	V	P	Y	I	A	Q	V	M	N	D	A	P	A	V	A
Template Known Secondary structure				S	S									G	G	G																									S																				T	T	S													S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.
				613	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.						.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.													.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.													.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	G	I	A	D	Y	W	Y	K	Y	V	G	L	.	.	.	.	.	K	G	A	I	V	G	M	T	G	Y	G	E	S	A	P	A	D	K	L	F	P	F	F	G	F	T	A	E	N	I	V	A	K	A	H	K	V	L	G	V	K	G	A
Query Conservation		.	.													.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.													.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	T	D	Y	M	K	L	F	A	E	Q	V	R	T	Y	V	P	A	D	D	Y	R	V	L	G	T	D	G	F	G	R	S	D	S	R	E	N	L	R	H	H	F	E	V	D	A	S	Y	V	V	V	A	A	L	G	E	L	A	K	R	G	E
Template Known Secondary structure				S	S		T					T	T	G	G	G			S	S									S					S									T	T		S																T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.