Job Description P02921 Confidence 99.87% Date Thu Jan 5 10:57:37 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 387 % Identity 12% Template c3o7pA_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:l-fucose-proton symporter; PDBTitle: crystal structure of the e.coli fucose:proton symporter, fucp (n162a) Resolution 3.20 Å

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		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	G	F	G	A	F	G	K	D	F	A	I	G	I	V	Y	M	Y	L	M	Y	Y	Y	T	D	V	V	G	L	S	V	G	L	V	G	T	L	F	L	V	A	R	I	W	D	A	I	N	D	P	I	M	G	W	I	V	N	A	T	R	S	R	W	G	K	F	K	P	W	I	L	I	G	T	L	A	N	S	V	I
Query Conservation
Alig confidence																																																														.	.	.	.	.
Template Conservation																																																														.	.	.	.	.
Template Sequence		I	P	F	A	L	L	C	S	L	F	F	L	W	A	V	A	N	N	L	N	D	I	L	L	P	Q	F	Q	Q	A	F	F	Q	A	G	L	I	Q	S	A	F	Y	F	G	Y	F	I	I	P	I	P	A	G	I	L	M	K	K	L	S	.	.	.	.	.	Y	K	A	G	I	I	T	G	L	F	L	Y	A	L	G
Template Known Secondary structure																														T	T			T	T													T	T											S		.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.
Template SS confidence
		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.						.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	F	L	L	F	S	A	H	L	F	E	G	T	T	Q	I	V	F	V	C	V	T	Y	I	L	W	G	M	T	Y	T	I	M	D	I	P	F	W	S	L	V	P	T	I	T	L	D	K	R	E	R	E	Q	L	V	P	Y	P	R	F	F	A	S	L	A	G	F	V	T	A	G	V	T	L	P	F	V	N	Y	V
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.																																.
Template Conservation														.	.	.																																.
Template Sequence		A	A	L	F	W	P	A	A	E	I	M	N	.	.	.	Y	T	L	F	L	V	G	L	F	I	I	A	A	G	L	G	C	L	E	T	A	A	N	P	F	V	T	V	L	G	P	.	E	S	S	G	H	F	R	L	N	L	A	Q	T	F	A	S	F	G	A	I	I	A	V	V	F	G	Q	S	L	I	L	S	N
Template Known Secondary structure				T							T	T		.	.	.																													S	S		.	G	G	G																										T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.																																.
Template SS confidence
		105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.				.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.		.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	G	G	D	R	G	F	G	F	Q	M	F	T	L	V	L	I	A	F	F	I	V	S	T	I	I	T	L	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	H	E	V	F	S	S	D	N	Q	P	S	A	E	G	S	H	L	T	L	K	A	I	V	A	L	I	Y	K	N	D	Q	L
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	P	H	Q	S	Q	D	V	L	D	K	M	S	P	E	Q	L	S	A	Y	K	H	S	L	V	L	S	V	Q	T	P	Y	M	I	I	V	A	I	V	L	L	V	A	L	L	I	M	L	T	K	F	P	A	L	Q	S	D	N	H	S	D	A	K	Q	G	S	F	S	A	S	L	S	R	L	A	R	I	R	H	W
Template Known Secondary structure		S											S																	T	T																			S						T	T	T					S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.			.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
Predicted Secondary structure																														.	.
Query SS confidence																														.	.
Query Sequence		S	C	L	L	G	M	A	L	A	Y	N	V	A	S	N	I	I	T	G	F	A	I	Y	Y	F	S	Y	V	.	.	I	G	D	A	D	L	F	P	Y	Y	L	S	Y	A	G	A	A	N	L	V	T	L	V	F	F	P	R	L	V	K	S	L	S	R	R	I	L	W	A	G	A	S	I	L	P	V	L	S	C	G
Query Conservation																														.	.
Alig confidence																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	W	A	V	L	A	Q	F	C	Y	V	G	A	Q	T	A	C	W	S	Y	L	I	R	Y	A	V	E	E	I	P	G	M	T	A	G	F	A	A	N	Y	L	T	G	T	M	V	C	F	F	I	G	R	F	T	G	T	W	L	I	S	R	F	A	P	H	K	V	L	A	A	Y	A	L	I	A	M	A	L	C	L
Template Known Secondary structure																														S	T	T																															S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	L	L	M	A	L	M	S	Y	H	N	V	V	L	I	V	I	A	G	I	L	L	N	V	G	T	A	L	F	W	V	L	Q	V	I	M	V	A	D	I	V	D	Y	G	E	Y	K	L	H	V	R	C	E	S	I	A	Y	S	V	Q	T	M	V	V	K	G	G	S	A	F	A	A	F	F	I	A	V	V	L
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	S	A	F	.	.	.	.	.	.	A	G	G	H	V	G	L	I	A	L	T	L	C	S	A	F	M	S	I	Q	Y	P	T	I	F	S	L	G	I	K	N	L	G	Q	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	K	Y	G	S	S	F	I	V	M	T	I	I	G	G	G	I	V	T	P	V	M	G	F	V	S
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.	.	S																	T	T											S	S		G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.											G	G	G
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		341	.	.	.							.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.										380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.
		392	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	M	I	G	Y	V	P	N	V	E	Q	S	T	Q	A	L	L	G	M	Q	F	I	M	I	A	L	P	T	L	F	F	M	V	T	L	I	L	Y	F	R	F	Y	R	L	N
Query Conservation
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template Sequence		D	A	A	G	N	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	E	L	I	P	A	L	C	F	A	V	I	F	I	F	A	R	.	F	R	S	Q	T
Template Known Secondary structure					T	S	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G															T	.	S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.
Template SS confidence
		406	.	.	.	410	.	.															.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430		.	.	.	.	.