Job Description P0C7L2 Confidence 99.97% Date Thu Jan 5 11:30:04 GMT 2012 Rank 39 Aligned Residues 281 % Identity 21% Template c3hhdC_ PDB info PDB header:transferase, hydrolase Chain: C: PDB Molecule:fatty acid synthase; PDBTitle: structure of the human fatty acid synthase ks-mat didomain2 as a framework for inhibitor design. Resolution 2.15 Å

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		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.										.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50					.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	G	I	R	T	P	I	G	R	Y	G	G	A	L	S	S	V	R	A	D	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	A	I	P	L	R	E	L	L	V	R	N	P	R	L	D	A	E	C	I	D	.	.	.	.	D	V	I	L	G	C	A	N	Q	A	G	E	D	N	R	N	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.												.											.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.
Template Sequence		S	G	K	L	K	D	L	S	R	F	D	A	S	F	F	G	V	H	P	K	Q	A	H	T	M	D	P	Q	L	R	L	L	L	E	V	T	Y	E	A	I	V	.	D	G	G	I	N	P	D	S	L	R	G	T	H	T	G	V	W	V	G	V	S	G	S	E	T	S	E	A	L	S	R	D	P	E	T	L	V	G
Template Known Secondary structure						S		S					T	T	T	T	T								T	S																	.		T	T			G	G	G	G	T	T	S																		T	S		T	T	T			T
Template Predicted Secondary structure																																											.
Template SS confidence
		51	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.		.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
												67	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	R	M	A	T	L	L	A	G	L	P	Q	S	V	S	G	T	T	I	N	R	L	C	G	S	G	L	D	A	L	G	F	A	A	R	A	I	K	A	G	D	G	D	L	L	I	A	G	G	V	E	S	M	S	R	A	P	F	V	M	G	K	A	A	S	A	F	S	R
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.																																																								.	.
Template Conservation																							.	.																																																								.	.
Template Sequence		Y	S	M	V	G	C	Q	R	A	M	M	A	N	R	L	S	F	F	F	D	F	.	.	R	G	P	S	I	A	L	D	T	A	C	S	S	S	L	M	A	L	Q	N	A	Y	Q	A	I	H	S	G	Q	C	P	A	A	I	V	G	G	I	N	V	L	L	K	P	N	T	S	V	Q	F	L	R	L	G	M	.	.
Template Known Secondary structure								S	T	T											T		.	.		S								G	G	G															T	T	S		S																							T		.	.
Template Predicted Secondary structure																							.	.																																																								.	.
Template SS confidence
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150			.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	A	E	M	F	D	T	T	I	G	W	R	F	V	N	P	L	M	A	Q	Q	F	G	T	D	S	M	P	E	T	A	E	N	V	A	E	L	L	K	I	S	R	E	D	Q	D	S	F	A	L	R	S	Q	Q	R	T	A	K	A	Q	S	S	G	I	L	A	E	E	I	V	P	V	V	L	K	N	K	K	G	V
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		V	T	E	I	Q	H	D	E	H	L	R	P	E	T	T	L	E	Q	L	R	G	L	K	A	P	F	R	A	N	G	V	I	T	A	G	N	A	S	G	V	N	D	G	A	A	A	L	I	I	A	S	E	Q	M	A	A	A	Q	G	L	T	P	R	A	R	I	V	A	M	A	T	A	G	V	E	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.																	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	P	E	G	T	C	K	A	F	D	T	A	G	N	G	Y	C	R	S	E	G	V	V	A	V	L	L	T	K	K	S	L	A	.	.	.	.	R	R	V	Y	A	T	I	L	N	A	G	T	N	T	D	G	F	K	E	Q	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B		T	T	S				T	T	B	T	T				B		B	B											G	G	G		.	.	.	.	S	S		S															T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.	.	.
Template SS confidence
																							206	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.					240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
			292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.					.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.		.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																					.	.	.	.																												.
Query SS confidence		.																																					.	.	.	.																												.
Query Sequence		.	P	R	L	M	G	L	G	P	V	P	A	T	R	R	V	L	E	R	A	G	L	S	I	H	D	M	D	V	I	E	L	N	E	A	F	A	.	.	.	.	A	Q	A	L	G	V	L	R	E	L	G	L	P	D	D	A	P	H	V	N	P	N	G	G	A	I	A	.	L	G	H	P	L	G	M	S	G	A	R
Query Conservation		.																																					.	.	.	.																												.
Alig confidence		.																																					.	.	.	.																				.								.
Template Conservation																																																														.
Template Sequence		V	T	F	P	S	G	D	I	Q	E	Q	L	I	R	S	L	Y	Q	S	A	G	V	A	P	E	S	F	E	Y	I	E	A	H	G	T	G	T	K	V	G	D	P	Q	E	L	N	G	I	T	R	A	L	C	A	T	R	Q	E	P	L	.	L	I	G	S	T	K	S	N	M	G	H	P	E	P	A	S	G	L	A
Template Known Secondary structure		T	T	S																		T			G	G	G												T	T														S	S	S		S	S			.					T						B		G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																																														.
Template SS confidence
		261	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320		.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	L	A	A	S	H	E	L	H	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	R	Y	A	L	C	T	M	C	I	G	V	G	Q	G	I	A	M	I	L	E
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	A	K	V	L	L	S	L	E	H	G	L	W	A	P	N	L	H	F	H	S	P	N	P	E	I	P	A	L	L	D	G	R	L	Q	V	V	D	Q	P	L	P	V	R	G	G	N	V	G	I	N	S	F	G	F	G	G	S	N	V	H	I	I	L	R
Template Known Secondary structure													T	B					S	S			S	B		T	T							T	S						S			B			S										T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.