Job Description P14565 Confidence 99.97% Date Wed Jan 25 15:20:38 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 322 % Identity 19% Template c2xzlA_ PDB info PDB header:hydrolase/rna Chain: A: PDB Molecule:atp-dependent helicase nam7; PDBTitle: upf1-rna complex Resolution 2.40 Å

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		969	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	S	G	Q	R	A	A	T	R	M	I	L	E	T	S	D	R	F	T	V	V	Q	G	Y	A	G	V	G	K	T	T	Q	F	R	A	V	M	S	A	V	N	M	L	P	E	S	E	R	P	R	V	V	G	L	G	P	T	H	R	A	V	G	E	M	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.																										.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.																										.	.	.
Template Sequence		L	N	S	S	Q	S	N	A	V	S	H	V	L	Q	R	P	.	.	L	S	L	I	Q	G	P	P	G	T	G	K	T	V	T	S	A	T	I	V	Y	H	L	S	K	.	.	.	I	H	K	D	R	I	L	V	C	A	P	S	N	V	A	V	D	H	L	A	A	K	L	R	D	L	G	L	K	V	V	R	L	T
Template Known Secondary structure														T	T		S	.	.							S	T	T	S	S															.	.	.											S	S														T	T
Template Predicted Secondary structure																		.	.																										.	.	.
Template SS confidence
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.			.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.				450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
										1036	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	1060	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	V	D	A	Q	T	L	A	S	F	L	H	D	T	Q	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	R	S	G	E	T	P	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	S	R	E	D	V	E	S	S	V	S	N	L	A	L	H	N	L	V	G	R	G	A	K	G	E	L	K	N	L	L	K	L	K	D	E	V	G	E	L	S	A	S	D	T	K	R	F	V	K	L	V	R	K	T	E	A	E	I	L	N	K	A	D	V	V	C	C	T	C	V	G	A	G	D	K	R	L	D
Template Known Secondary structure			G	G	G	T	T	S			T	T	G	G	G	B							T	T			T													S																								T		S						T	T	G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.
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Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	S	N	T	L	F	L	L	D	E	S	S	M	V	G	N	T	D	M	A	R	A	Y	A	L	I	A	A	G	G	G	R	A	V	A	S	G	D	T	D	Q	L	Q	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	G	Q	P	F	R	L	Q	Q	T	R	S	A	A	D	V	A	I	M	K	E	I	V	R
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																					.	.	.																																															.
Template Sequence		T	K	F	R	T	V	L	I	D	E	S	T	Q	A	S	E	P	E	C	.	.	.	L	I	P	I	V	K	G	A	K	Q	V	I	L	V	G	D	H	Q	Q	L	G	P	V	I	L	E	R	K	A	A	D	A	G	L	K	Q	S	L	F	E	R	L	I	S	L	G	.	H	V	P	I	R	L	E	V	Q	Y	R
Template Known Secondary structure		S			S					T	T	G	G	G	S						.	.	.					T	T	T	B	S								T	T	S													T	T	T	T										T	T	.											S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.																																															.
Template SS confidence
		564	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.				.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.		.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		1132	.	.	.	.		.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210
Predicted Secondary structure							.
Query SS confidence							.
Query Sequence		Q	T	P	E	L	.	R	E	A	V	Y	S	L	I	N	R	D	V	E	R	A	L	S	G	L	E	S	V	K	P	S	Q	V	P	R	Q	E	G	A	W	A	P	E	H	S	V	T	E	F	S	H	S	Q	E	A	K	L	A	E	A	Q	Q	K	A	M	L	K	G	E	A	F	P	D	V	P	M	T	L	Y	E
Query Conservation							.
Alig confidence							.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	N	P	Y	L	S	E	F	P	S	N	M	F	Y	E	G	S	L	Q	N	G	V	T	I	E	Q	R	T	V	P	N	S	K	F	P	W	P	I	R	G	I	P	M	M	F	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	Y	G	R	E	E	I	S	A	N	G	T	S	F	L	N	R	I	E	A	M	N	C
Template Known Secondary structure		S													S	T	T					S	S		T	T	T	T			T	T						S	S	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.											.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		1211	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	I	V	R	D	Y	T	G	R	T	P	E	A	R	E	Q	T	L	I	V	T	H	L	N	E	D	R	R	V	L	N	S	M	I	H	D	V	R	E	K	A	G	E	L	G	K	E	Q	V	M	V	P	V	L	N	T	A	N	I	R	D	G	E	L	R	R	L	S	T	W	E	T	H	R	D	A	L	V	L	V
Query Conservation
Alig confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	R	I	I	T	K	L	F	R	D	G	V	K	P	E	Q	I	G	V	I	T	P	Y	E	G	Q	R	A	Y	I	L	Q	Y	M	Q	M	N	G	S	L	D	K	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											T	T			G	G	G						S																	S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.
		1291	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	N	V	Y	H	R	I	A	G	I	S	K	D	D	G	L	I	T	L	Q	D	A	E	G	N	T	R	L	I	S	P	R	E	A	V	A	E	G	V	T	L	Y	T	P	D	T	I	R	V	G	T	G	D	R	M	R	F	T	K	S	D	R	E	R	G	Y	V	A	N	S	V	W	T	V	T	A	V	S	G	D
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1371	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.				.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.
Query Sequence		S	V	T	L	S	D	G	Q	Q	T	R	E	I	R	P	G	Q	E	Q	A	E	Q	H	I	D	L	A	Y	A	I	T	A	H	G	A	Q	G	A	S	E	T	F	A	I	A	L	E	G	T	E	G	N	R	K	.	.	.	L	M	A	G	F	E	S	A	Y	V	A	L	S	R	M	K	Q	H	V	Q	V	Y	T
Query Conservation																																																								.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	I	K	V	E	V	A	S	V	D	A	F	Q	G	R	E	K	D	Y	I	I	L	S	C	V	R	A	N	E	Q	Q	A	I	G	F	L	R	D	P	R	R	L	N	V	G	L	T	R	A	K	Y	G	L	V	I	L	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	S									T	T															T	T				G	G	G	G										S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									754	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810
		1448
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		811