Job Description P14565 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:38 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 471 % Identity 18% Template c1w36G_ PDB info PDB header:recombination Chain: G: PDB Molecule:exodeoxyribonuclease v alpha chain; PDBTitle: recbcd:dna complex Resolution 3.1 Å

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		838	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.				.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.				.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.																																								.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.																																								.	.	.
Query Sequence		E	Q	I	K	T	R	A	G	E	T	S	L	E	T	A	I	S	H	.	.	.	Q	K	S	A	L	H	T	P	A	Q	Q	A	I	H	L	A	L	P	V	V	E	S	K	K	L	A	F	S	M	V	D	L	L	T	E	A	K	S	F	.	.	.	A	A	E	G	T	G	F	T	E	L	G	G	E	I	N	A	Q
Query Conservation																				.	.	.																																								.	.	.
Alig confidence																				.	.	.																																								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	L	L	E	A	V	E	H	K	Q	L	R	P	L	D	V	Q	F	A	L	T	V	A	G	D	E	H	P	A	V	T	L	A	A	A	L	L	S	H	D	A	G	E	G	H	V	C	L	P	L	S	R	L	E	N	N	E	A	S	H	P	L	L	A	T	C	V	S	E	I	G	E	L	Q	N	W	E	E	C	L
Template Known Secondary structure									T	T	S	S												S	S	S	S																	T	T						G	G	G	G	T	T	G	G	G	G	S	S	S					S	S			T	T		S	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
		912	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.			.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.						.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.																																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.																																										.	.	.	.	.
Query Sequence		I	K	R	G	D	L	L	Y	V	D	V	A	K	G	.	.	Y	G	T	G	L	L	V	S	R	A	S	Y	E	A	E	K	S	I	L	R	H	I	L	E	G	K	E	A	V	M	P	L	M	E	R	V	P	G	E	L	M	.	.	.	.	.	E	K	L	T	S	G	Q	R	A	A	T	R	M	I	L	E	T	S
Query Conservation																.	.																																										.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.																																										.	.	.	.	.																		.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		L	A	S	Q	A	V	S	R	G	D	E	P	T	P	M	I	L	C	G	D	R	L	Y	L	N	R	M	W	C	N	E	R	T	V	A	R	F	F	N	E	V	N	H	A	I	E	V	D	E	A	L	L	A	Q	T	L	D	K	L	F	P	V	S	D	E	I	N	W	Q	K	V	A	A	A	V	A	L	T	R	.
Template Known Secondary structure				S	T	T			S	S	S	S			S					S	S																		T	T	S			B															T	T				T	T	S													T	B	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		985	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.		.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	R	F	T	V	V	Q	G	Y	A	G	V	G	K	T	T	Q	F	R	A	V	M	S	A	V	N	M	L	P	E	S	E	R	P	R	V	V	G	L	G	P	T	H	R	A	V	G	E	M	R	S	.	A	G	V	D	A	Q	T	L	A	S	F	L	H	D	T	Q	L	Q	Q	R	S	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																					.																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																																																			.																						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	R	I	S	V	I	S	G	G	P	G	T	G	K	T	T	T	V	A	K	L	L	A	A	L	I	Q	M	A	D	G	E	R	C	R	I	R	L	A	A	P	T	G	K	A	A	A	R	L	T	E	S	L	G	K	A	L	R	Q	L	P	L	T	D	E	Q	K	K	R	I	P	E	D	A	S	T	L	H	R	L
Template Known Secondary structure		.	S								T	T	S	T															T		S	S	S								B	S	S												T					S	T	T			S					S		S				B	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
			1057	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.
Predicted Secondary structure		.																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	G	E	T	P	D	F	S	N	T	L	F	L	L	D	E	S	S	M	V	G	N	T	D	M	A	R	A	Y	A	L	I	A	A	G	G	G	R	A	V	A	S	G	D	T	D	Q	L	Q	A	I	A	P	G	Q	P	F	R	L	Q	Q	T	R	S	A	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																																		.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.
Template Sequence		L	H	A	G	N	P	L	H	L	D	V	L	V	V	D	E	A	S	M	I	D	L	P	M	M	S	R	L	I	D	A	L	P	D	.	H	A	R	V	I	F	L	G	D	R	D	Q	L	A	S	V	E	A	G	A	V	L	G	D	I	C	A	Y	A	N	A	G	F	T	A	E	R	A	R	Q	L	S	R	L	T
Template Known Secondary structure				T	T	S			S		S						S	G	G	G		B											S		T	.	T									T	T	S					S	T	T	B						G	G	G	G	G	G														T
Template Predicted Secondary structure																																				.
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.		.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
																				1123	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.			.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	I	M	K	E	I	V	R	Q	T	P	E	.	.	L	R	E	A	V	Y	S	L	I	N	R	D	V	E	R	A	L	S	G	L	E	S	V	K	P	S	Q	V	P	R	Q	E	G	A	W	A	P	E	H	S	V	T	E	F	S	H	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	T	H	V	P	A	G	T	G	T	E	A	A	S	L	R	D	S	L	C	L	L	Q	K	S	Y	R	F	G	S	D	S	G	I	G	Q	L	A	A	A	I	N	R	G	D	K	T	A	V	K	T	V	F	Q	Q	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	S						S	T	T	T	T					T	T			B							S	S			T	T									T	S							T	T	T	S	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		1183	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	E	A	K	L	A	E	A	Q	Q	K	A	M	L	K	G	E	A	F	P	D	V	P	M	T	L	Y	E	A	I	V	R	D	Y	T	G	R	T	P	E	A	R	E	Q	T	L	I	V	T	H	L	N	E	D	R	R	V	L	N	S	M	I	H	D	V	R	E	K	A	G	E	L	G	K	E	Q	V	M	V	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	T	D	I	E	K	R	L	L	Q	S	G	E	D	Y	I	A	M	L	E	E	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	B			B			S	T	T	T										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																									390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
		1263	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	N	T	A	N	I	R	D	G	E	L	R	R	L	S	T	W	E	T	H	R	D	A	L	V	L	V	D	N	V	Y	H	R	I	A	G	I	S	K	D	D	G	L	I	T	L	Q	D	A	E	G	N	T	R	L	I	S	P	R	E	A	V	A	E	G	V	T	L	Y	T	P	D	T	I	R	V	G	T	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	Y	G	R	Y	L	D	L	L	Q	A	R	A	E	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T									T				S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																		413	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
		1343	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.			.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420
Predicted Secondary structure														.	.
Query SS confidence														.	.
Query Sequence		D	R	M	R	F	T	K	S	D	R	E	R	.	.	G	Y	V	A	N	S	V	W	T	V	T	A	V	S	G	D	S	V	T	L	S	D	G	Q	Q	T	R	E	I	R	P	G	Q	E	Q	A	E	Q	H	I	D	L	A	Y	A	I	T	A	H	G	A	Q	G	A	S	E	T	F	A	I	A	L	E	G	T	E
Query Conservation														.	.
Alig confidence														.	.											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	L	I	I	Q	A	F	N	E	Y	Q	L	L	C	A	L	R	E	G	P	F	G	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	N	E	R	I	E	Q	F	M	Q	Q	K	R	Q	P	S	R	L	P	E	H	E	T	T	W	A	M	T	V	H	K	S	Q	G	S	E	F	D	H	A	A	L	I	L	P	S	Q
Template Known Secondary structure		S	T	T					T	T						S		S	S	S	S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.								G	G	G	T	S					S				S		S	S		S				T	T	T	T	T	T			B	S								S	S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.									.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		1421	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	R	K	L	M	A	G	F	E	S	A	Y	V	A	L	S	R	M	K	Q	H	V	Q	V	Y	T	D	N	R	Q	G	W	T	D	A	I	N	N	A	V	Q	K	G	T	A	H
Query Conservation
Alig confidence					.	.																							.
Template Conservation					.	.																							.
Template Sequence		R	T	P	.	.	V	V	T	R	E	L	V	Y	T	A	V	T	R	A	R	R	R	L	S	L	Y	A	.	D	E	R	I	L	S	A	A	I	A	T	R	T	E	R	R	S	G	L
Template Known Secondary structure				T	.	.	T	S										T	T	B	S	S							.		T	T															S
Template Predicted Secondary structure					.	.																							.
Template SS confidence
		557	.	.			560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.		.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600