Job Description P14565 Confidence 99.86% Date Wed Jan 25 15:20:38 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 409 % Identity 18% Template c1uaaB_ PDB info PDB header:hydrolase/dna Chain: B: PDB Molecule:protein (atp-dependent dna helicase rep.); PDBTitle: e. coli rep helicase/dna complex Resolution 3.00 Å

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		969	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.												.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	T	S	G	Q	R	A	A	T	R	M	I	L	E	T	S	D	R	F	T	V	V	Q	G	Y	A	G	V	G	K	T	T	Q	F	R	A	V	M	S	A	V	N	M	L	P	E	S	E	R	P	R	V	V	G	L	G	P	T	H	R	A	V	G	E	M	R	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Query Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.
Template Sequence		L	N	P	G	Q	Q	Q	A	V	E	.	.	.	.	F	V	T	G	P	C	L	V	L	A	G	A	G	S	G	K	T	R	V	I	T	N	K	I	A	H	L	I	R	G	C	G	Y	Q	A	R	H	I	A	A	V	T	F	T	N	K	A	A	R	E	M	K	E	R	V	G	Q	T	L	G	R	K	E	A	R	G
Template Known Secondary structure												.	.	.	.			S	S								T	T	S																					G	G	G						S	S															S		T	T	T	T		S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.					.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
		1038	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	D	A	Q	T	L	A	S	F	L	H	D	T	Q	L	Q	Q	R	S	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	M	I	S	T	F	H	T	L	G	L	D	I	I	K	R	E	Y	A	A	L	G	M	K	A	N	F	S	L	F	D	D	T	D	Q	L	A	L	L	K	E	L	T	E	G	L	I	E	D	D	K	V	L	L	Q	Q	L	I	S	T	I	S	N	W	K	N	D	L	K	T	P	S	Q	A	A	A	S	A	I	G
Template Known Secondary structure																				T	T	S	S							B		T	T											T	S	S	S	S		S																		T	T			T	T					T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
																																														1059	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	D	F	S	N	T	L	F	L	L	D	E	S	S	M	V	G	N	T	D	M	A	R	A	Y	A	L	I	A	A	G	G	G	R	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation																																																																													.
Template Sequence		E	R	D	R	I	F	A	H	C	Y	G	L	Y	D	A	H	L	K	A	C	N	V	L	D	F	D	D	L	I	L	L	P	T	L	L	L	Q	A	N	E	E	V	R	K	R	W	Q	N	K	I	R	Y	L	L	V	D	E	Y	Q	D	T	N	T	S	Q	Y	E	L	V	K	L	L	V	G	S	.	R	A	R	F
Template Known Secondary structure																						T		B		T	T					T																	T	T	S	S					S		G	G	G		B											S	S	S	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																																													.
Template SS confidence
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.		.	.	.	.
		1095	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.					.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.	.
Query Sequence		V	A	S	G	D	T	D	Q	L	Q	A	I	A	P	G	Q	P	F	R	L	Q	Q	T	R	.	.	.	.	S	A	A	D	V	A	I	M	K	E	I	V	R	Q	T	P	E	L	R	E	A	V	Y	S	L	I	N	R	D	V	E	R	A	L	S	G	L	E	S	V	K	P	S	Q	V	P	R	Q	E	G	A	W
Query Conservation																										.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	V	V	G	D	D	D	Q	S	I	Y	S	W	R	G	A	R	P	Q	N	L	V	L	L	S	Q	D	F	P	A	L	K	V	I	K	L	E	Q	N	Y	R	S	S	G	R	I	L	K	A	A	N	I	L	I	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							G	G	G			G	G	G	G	T	B		T	T								S		T	T										S	S	S												G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		238	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
		1171	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.				.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.
Query Sequence		A	P	E	H	S	V	T	E	F	S	H	S	Q	E	A	K	L	A	E	A	Q	Q	K	A	M	L	K	G	E	A	F	P	D	V	P	M	T	L	Y	E	A	I	V	R	D	Y	T	G	R	T	P	E	A	R	.	.	.	E	Q	T	L	I	V	T	H	L	N	E	D	R	R	V	L	N	S	M	I	H	D	V
Query Conservation																																																								.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	H	V	F	E	K	R	L	F	S	E	L	G	Y	G	A	E	L	K	V	L	S	A	N	N	E	E	H	E	A	E	R	V	T	G	E	L	I	A	H	H	F	V	N	K	T	Q	Y	K	D	Y	A	I	L	Y	R	G	N	H	Q	S	R	V	F	E	K	F	L	M	Q	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	S			S	S							S	S																																	T			G	G	G						S	S	S													T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
		1248	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	E	K	A	G	E	L	G	K	E	Q	V	M	V	P	V	L	N	T	A	N	I	R	D	G	E	L	R	R	L	S	T	W	E	T	H	R	D	A	L	V	L	V	D	N	V	Y	H	R	I	A	G	I	S	K	D	D	G	L	I	T	L	Q	D	A	E	G	N	T	R	L	I	S	P	R	E	A	V	A	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	I	P	Y	K	I	S	G	G	T	S	F	F	S	R	P	E	I	K	D	L	L	A	Y	L	R	V	L	T	N	P	D	D	D	S	A	F	L	R	I	V	N	T	P	K	R	E	I	G	P	A	T	L	K	K	L	G	E	W	A	M	T	R	N	K	S	M	F	T	A	S	F	D	M	G	L	S	Q	T	L
Template Known Secondary structure		T							S	S			G	G	G	S																T	T									T	T	T	T	T																		T	T	S						T	T		T	T	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
		1328	.	1330	.	.	.	.	.	.	.																																																															.	.	1340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	T	L	Y	T	P	D	T	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	V	G	T	G	D	R	M
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	G	R	G	Y	E	A	L	T	R	F	T	H	W	L	A	E	I	Q	R	L	A	E	R	E	P	I	A	A	V	R	D	L	I	H	G	M	D	Y	E	S	W	L	Y	E	T	S	P	S	P	K	A	A	E	M	R	M	K	N	V	N	Q	L	F	S	W	M	T	E	M	L	E	G	S	E	L	D	E	P	M
Template Known Secondary structure			T	T	S	T	T	T																T	T														T									S	S	S																										S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
		1346	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		R	F	T	K	S	D	R	E	R	G	Y	V	A	N	S	V	W	T	V	T	A	V	S	G	D	S	V	T	L	S	D	G	Q	Q	T	R	E	I	R	P	G	Q	E	Q	A	E	Q	H	I	D	L	A	Y	A	I	T	A	H	G	A	Q	G	A	S	E	T	F	A	I	A	L	E	G	T	E	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	L	T	Q	V	V	T	R	F	T	L	R	D	E	E	L	D	Q	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	M	T	L	H	A	S	K	G	L	E	F	P	Y	V	Y	M	V	G	M	E	E	G	F	L	P	H
Template Known Secondary structure												T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T												B	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		526	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.
						1421	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	G	N	R	K	L	M	A	G	F	E	S	A	Y	V	A	L	S	R	M	K	Q	H	V	Q	V	Y	T
Query Conservation		.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	S	S	I	D	E	D	N	I	D	E	E	R	R	L	A	Y	V	G	I	T	R	A	Q	K	E	L	T	F	T	L
Template Known Secondary structure						T	T	S															T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		581	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.