Job Description P63284 Confidence 99.51% Date Thu Jan 5 12:08:03 GMT 2012 Rank 88 Aligned Residues 360 % Identity 23% Template c3qmzA_ PDB info PDB header:motor protein Chain: A: PDB Molecule:cytoplasmic dynein heavy chain; PDBTitle: crystal structure of the cytoplasmic dynein heavy chain motor domain Resolution 6.00 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		201	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	P	V	L	I	G	E	P	G	V	G	K	T	A	I	V	E	G	L	A	Q	R	I	I	N	G	E	V	P	E	G	L	K	G	R	R	V	L	A	L	D	M	G	A	L	V	A	G	A	K	Y	R	G	E	F	E	E	R	L	K	G	V	L	N	D	L	A	K	Q	E	G	N	V	I	L	F	I	D	E	L
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	G	C	F	F	G	P	A	G	T	G	K	T	E	T	V	K	A	F	G	Q	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	V	V	V	V	F	N	C	D	D	S	F	.	.	.	.	D	Y	Q	V	L	S	R	L	L	V	G	I	T	.	.	.	.	.	.	Q	I	G	A	W	G	C	F	D	E	F
Template Known Secondary structure		T							T	T	S	S									T	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										S	S	S	S	.	.	.	.		S												.	.	.	.	.	.	T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.														.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1791	.	.	.	.	.	.	.	.	1800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1810	.	.	.											.	.	.	.	.	.	1820	.	.	.	.	.	.					.	.	.	1830	.	.	.	.	.	.	.	.	.							1840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1850
		281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.															.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	T	M	V	G	A	G	K	A	D	G	A	M	D	A	G	N	M	L	K	P	A	L	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	E	L	H	C	V	G	A	T	T	L	D	E	Y	R	Q	Y	I	E	K	D	A	A	L	E	R	R	F	Q	K	V	F	V	A	E	P	S	V	E	D	T
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.							.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.							.
Template Sequence		N	R	L	D	E	K	V	L	S	A	V	S	A	N	I	Q	Q	I	Q	N	G	L	Q	V	G	K	S	H	I	T	L	L	E	E	E	T	P	L	S	P	H	T	A	V	F	I	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	E	N	L	K	K	S	F	R	E	F	S	M	.	K	S	Q	S	G	T	.
Template Known Secondary structure		T	T	S	S																	T	S	T	T	S	S	S						S	S															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T	T						.							.
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.							.
Template SS confidence
		1851	.	.	.	.	.	.	.	.	1860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1890	.	.	.	.	.	.	.	.											.	1900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1910	.	.		.	.	.	.	.	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400							.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	A	I	L	R	G	L	K	E	R	Y	E	L	H	H	H	V	Q	I	T	D	P	A	I	V	A	A	A	T	L	S	H	R	Y	I	A	D	R	Q	L	P	D	K	A	I	D	L	I	D	E	A	A	S	S	.	.	.	.	.	.	I	R	M	Q	I	D	S	K	P	E	E	L	D	R	L	D	R	R	I	I
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	A	E	M	I	L	Q	I	M	G	F	E	D	S	K	S	L	A	S	K	I	V	H	F	L	E	L	L	S	S	K	C	S	S	M	N	H	Y	H	F	G	L	R	T	L	K	G	V	L	R	N	C	S	P	L	I	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	S	S																					S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									1929	1930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1980	.	.	.	.	.
		421	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	L	K	L	E	Q	Q	A	L	M	K	E	S	D	E	A	S	K	K	R	L	D	M	L	N	E	E	L	S	D	K	E	R	Q	Y	S	E	L	E	E	E	W	K	A	E	K	A	S	L	S	G	T	Q	T	I	K	A	E	L	E	Q	A	K	I	A	I	E	Q	A	R	R	V	G	D	L	A	R	M	S	E
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	F	G	E	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S	S		S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1986	.	.	.	1990	.
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	Q	Y	G	K	I	P	E	L	E	K	Q	L	E	A	A	T	Q	L	E	G	K	T	M	R	L	L	R	N	K	V	T	D	A	E	I	A	E	V	L	A	R	W	T	G	I	P	V	S	R	M	M	E	S	E	R	E	K	L	L	R	M	E	Q	E	L	H	H	R	V	I	G	Q	N	E	A	V	D	A	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	T	V	V	E	S	L	K	R	V	I	L	P	S	L	G	D	T	D	E	L	V	F	K	D	E	L	S	K	S	K	A	I	V	Q	C	L	K	D	A	G	E	E	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													S	S	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																						1992	.	.	.	.	.	.	.	2000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2030	.	.	.	.	.
		581	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.				.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.
Query Sequence		S	N	A	I	R	R	S	R	A	G	L	A	D	P	N	R	P	I	G	S	F	L	F	L	G	P	T	G	V	G	K	T	E	L	C	K	A	L	A	N	F	M	.	.	.	F	D	S	D	E	A	M	V	R	I	D	M	S	E	F	M	E	K	H	S	V	S	R	L	V	G	A	P	P	G	Y	V	G	Y	E
Query Conservation																																												.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.																								.	.	.																	.	.	.	.
Template Conservation																	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Template Sequence		L	K	K	C	M	Q	F	Y	Y	M	Q	K	T	Q	Q	.	.	.	.	A	L	I	L	V	G	K	A	G	C	G	K	T	A	T	W	K	T	V	I	D	A	M	A	I	F	D	G	H	A	N	V	V	Y	V	I	D	T	K	V	L	T	.	.	.	.	K	E	S	L	Y	G	S	M	L	K	A	T	L	E	W
Template Known Secondary structure													S	S			.	.	.	.								T	T	S	S	T	T													T	S	S										S	S	S		T	.	.	.	.	T	S	S	S	S	S	S				S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Template SS confidence
		2054	.	.	.	.	.	2060	.	.	.	.	.	.	.	.					.	2070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2110					.	.	.	.	.	.	.	.	.	2120	.	.	.	.	.
		658	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.											.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	G	G	Y	L	T	E	A	V	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	Y	S	V	I	L	L	D	E	V	E	K	A	H	P	D	V	F	N	I	L	L	Q	V	L	D	D	G	R	L	T	D	G	Q	G	R	T	V	D	F	R	N	T	V	V	I	M	T	S	N	L	G	S	D	L	I	Q	E
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.																			.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.																			.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	D	G	L	F	T	S	I	L	R	R	V	N	D	D	I	T	G	T	F	K	N	S	R	I	W	V	V	F	D	S	.	.	D	L	D	P	E	Y	V	E	A	M	N	S	V	L	D	D	N	K	.	.	.	G	E	R	L	P	I	P	P	N	F	R	I	L	F	E	T	D	N	L	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																S	S			S	S										S	S	.	.		S		S	T	T							T	T		B			.	.	.				B												S			S	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																	.	.																			.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2126	.	.	.	2130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2150	.	.	.	.	.	.			.	.	.	2160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2170	.	.	.	.				.	.	.	.	.	2180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2190	.	.	.
		728	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	F	G	E	L	D	Y	A	H	M	K	E	L	V	L	G	V	V	S	H	N	F	R	P	E	F	I	N	R	I	D	E	V	V	V	F	H	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	T	T	P	A	T	I	T	R	C	.	G	L	L	W	F	S	S
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T					T	T	S			.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template SS confidence
																					2200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2210		.	.	.	.	.	.	.