Job Description P63284 Confidence 99.03% Date Thu Jan 5 12:08:03 GMT 2012 Rank 103 Aligned Residues 306 % Identity 20% Template c3cmvG_ PDB info PDB header:recombination Chain: G: PDB Molecule:protein reca; PDBTitle: mechanism of homologous recombination from the reca-2 ssdna/dsdna structures Resolution 4.30 Å

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		198	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.		.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.									.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	K	N	N	P	V	L	I	G	E	P	G	V	G	K	T	A	I	V	.	E	G	L	A	Q	R	I	I	N	G	E	V	P	E	G	L	K	G	R	R	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	D	M	G	A	L	V	A	G	A	K	Y	R	G	E	F	E	E	R	L	K	G	V	L	N	D	L	A	K
Query Conservation																					.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.																							.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.
Template Conservation																																																																.	.	.
Template Sequence		M	G	R	I	V	E	I	Y	G	P	E	S	S	G	K	T	T	L	T	L	Q	V	I	A	A	A	Q	R	E	G	K	T	C	A	F	I	D	A	E	H	A	L	D	P	I	Y	A	R	K	L	G	V	D	I	D	N	L	L	C	S	Q	P	.	.	.	D	T	G	E	Q	A	L	E	I	C	D	A	L	A	R
Template Known Secondary structure		T	T	S							S	T	T	S	S														T	S	S								S	S												T			G	G	G							.	.	.	S														T
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.
Template SS confidence
		2058	.	2060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2110	.	.	.	.	.	.	.	.	.				2120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2130	.	.	.	.
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.						.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.																																																			.
Query SS confidence																										.	.	.	.	.																																																			.
Query Sequence		Q	E	G	N	V	I	L	F	I	D	E	L	H	T	M	V	G	A	G	K	A	D	G	A	.	.	.	.	.	M	D	A	G	N	M	L	K	P	A	L	A	R	G	E	L	H	C	V	G	A	T	T	L	D	E	Y	R	Q	Y	I	E	K	D	A	A	L	E	R	R	F	Q	K	V	F	V	A	E	P	S	.
Query Conservation																										.	.	.	.	.																																																			.
Alig confidence																										.	.	.	.	.																																																			.
Template Conservation
Template Sequence		S	G	A	V	D	V	I	V	V	D	S	V	A	A	L	T	P	K	A	E	I	E	G	L	A	A	R	M	M	S	Q	A	M	R	K	L	A	G	N	L	K	Q	S	N	T	L	L	I	F	I	N	Q	G	G	N	A	L	K	F	Y	A	S	V	R	L	D	I	R	R	I	G	A	V	K	E	G	E	N	V	V
Template Known Secondary structure		T	S										G	G	G																		T										T	T	T											T	T																			S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		2135	.	.	.	.	2140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2210	.	.	.	.
																																		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.								.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	E	D	T	I	A	I	L	R	G	L	K	.	.	.	.	.	.	.	E	R	Y	E	L	H	H	H	V	Q	I	T	D	P	A	I	V	A	A	A	T	L	S	H	R	Y	I	A	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	S	E	T	R	V	K	V	V	K	N	K	I	A	A	P	F	K	Q	A	E	F	Q	I	L	Y	G	E	G	I	N	F	Y	G	E	L	V	D	L	G	V	K	E	K	L	I	E	K	A	G	A	W	Y	S	Y	K	G	E	K	I	G	Q	G	K	A	N	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													S	S	S			S									T	T	T															T	T	S	S				T	T					T	T						S						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2239	2240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2300	.	.	.	.	.	.
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	Q	L	P	D	K	A	I	D	L	I	D	E	A	A	S	S	I	R	M	Q	I	D	S	K	P	E	E	L	D	R	L	D	R	R	I	I	Q	L	K	L	E	Q	Q	A	L	M	K	E	S	D	E	A	S	K	K	R	L	D	M	L	N	E	E	L	S	D	K	E	R	Q	Y	S	E	L	E	E	E	W	K
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	K	A	S	L	S	G	T	Q	T	I	K	A	E	L	E	Q	A	K	I	A	I	E	Q	A	R	R	V	G	D	L	A	R	M	S	E	L	Q	Y	G	K	I	P	E	L	E	K	Q	L	E	A	A	T	Q	L	E	G	K	T	M	R	L	L	R	N	K	V	T	D	A	E	I	A	E	V	L	A	R	W
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	590	.									.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	G	I	P	V	S	R	M	M	E	S	E	R	E	K	L	L	R	M	E	Q	E	L	H	H	R	V	I	G	Q	N	E	A	V	D	A	V	S	N	A	I	R	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	R	A	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	P	N	R
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	A	W	L	K	D	N	P	E	T	A	K	E	I	E	K	K	V	R	E	L	L	L	K	Q	K	A	L	A	A	A	L	G	Q	I	E	K	Q	F	G	K	G	S	I	M	R	L	G	E	D	R	S	M	D	V	E	T	I	S	T	G	S	L	S	L	D	I	A	L	G	A	G	G	L	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.				T	T																			T	T	T												S		T	T	S	S			S	S													S		S	S					S	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								2307	.	.	2310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2380
		597	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.							.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	I	G	S	F	L	F	L	G	P	T	G	V	G	K	T	E	L	C	K	A	L	A	N	F	M	F	D	S	D	E	A	M	V	R	I	D	M	S	E	F	M	E	K	H	S	V	S	R	L	V	G	A	P	P	G	Y	V	.	.	.	.	.	.	G	Y	E	E	G	G	Y	L	T	E	A	V	R	R	R	P
Query Conservation																																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	G	R	I	V	E	I	Y	G	P	E	S	S	G	K	T	T	L	T	L	Q	V	I	A	A	A	Q	R	E	G	K	T	C	A	F	I	D	A	E	H	A	L	D	P	I	Y	A	R	K	L	G	V	D	I	D	N	L	L	C	S	Q	P	D	T	G	E	Q	A	L	E	I	C	D	A	L	A	R	S	G	A
Template Known Secondary structure		T	T	S								T	T	S	S														T	T	S								T	T	S											T			G	G	G				B			S	S														S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3058	.	3060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	3070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	3080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	3090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	3100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	3110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	3120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	3130	.	.	.	.	.	.	.
		671	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	S	V	I	L	L	D	E	V	E	K	A	H	P
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	D	V	I	V	V	D	S	V	A	A	L	T	P
Template Known Secondary structure								T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3138	.	3140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	3150	.