Job Description P63284 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:08:03 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 464 % Identity 24% Template c3cf1C_ PDB info PDB header:transport protein Chain: C: PDB Molecule:transitional endoplasmic reticulum atpase; PDBTitle: structure of p97/vcp in complex with adp/adp.alfx Resolution 4.40 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.														.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	D	P	V	I	G	R	D	E	E	I	R	R	T	I	Q	V	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	R	R	T	K	N	N	P	V	L	I	G	E	P	G	V	G	K	T	A	I	V	E	G	L	A	Q	R	I	I	N	G	E	V	P	E	G	L	K	G	R	R	V	L	A	L	D	M
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	Y	D	D	I	G	G	C	R	K	Q	L	A	Q	I	K	E	M	V	E	L	P	L	R	H	P	A	L	F	K	A	I	G	V	K	P	P	R	G	I	L	L	Y	G	P	P	G	T	G	K	T	L	I	A	R	A	V	A	N	E	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	F	F	F	L	I	N	G
Template Known Secondary structure			G	G	G			S													T	T	T	T	T		T	T	T	T	T	T													S		T	T	S														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								T
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.											.	.	.	.	.	.	.	270	.
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.								.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	A	L	V	A	G	A	K	Y	R	G	E	F	E	E	R	L	K	G	V	L	N	D	L	A	K	Q	E	G	N	V	I	L	F	I	D	E	L	H	T	M	V	G	A	G	K	A	D	G	A	M	D	.	.	.	.	.	.	.	A	G	N	M	L	K	P	A	L	A	R	G	E	L	H	C	V	G	A	T	T
Query Conservation																																																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.																					.																								.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation								.	.																					.																																																			.
Template Sequence		P	E	I	M	S	K	.	.	L	A	G	E	S	E	S	N	L	R	K	A	F	E	E	A	E	K	N	A	.	P	A	I	I	F	I	D	E	L	D	A	I	A	P	K	R	E	K	T	H	G	E	V	E	R	R	I	V	S	Q	L	L	T	L	M	D	G	L	K	Q	R	A	H	V	I	V	M	A	A	T	.
Template Known Secondary structure		T					S	.	.		T	T																T		.	S							T	G	G	G	T				S	S				S															T	T	T	T	S	T	T									.
Template Predicted Secondary structure								.	.																					.																																																			.
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.			.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.		.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.			.	.	.	.		.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.					.
Query SS confidence																		.	.					.
Query Sequence		L	D	E	Y	R	Q	Y	I	E	K	D	A	A	L	E	R	.	.	R	F	Q	K	.	V	F	V	A	E	P	S	V	E	D	T	I	A	I	L	R	G	L	K	E	R	Y	E	L	H	H	H	V	Q	I	T	D	P	A	I	V	A	A	A	T	L	S	H	R	Y	I	A	D	R	Q	L	P	D	K	A	I	D
Query Conservation																		.	.					.
Alig confidence		.	.	.	.													.	.					.																														.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	N	R	P	N	S	I	D	P	A	L	R	R	F	G	R	F	D	R	E	V	D	I	G	I	P	D	A	T	G	R	L	E	I	L	Q	I	H	T	K	N	M	K	L	A	D	D	V	D	.	.	.	.	.	L	E	Q	V	A	N	E	T	H	G	H	V	G	A	D	L	A	A	L	C	S	E	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	S		T	T	T	S		G	G	G		S	T	T	S	S																						S	S	S	S				T	T			.	.	.	.	.						T	T		T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.
Template SS confidence
						348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.						.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	D	E	A	A	S	S	I	R	M	Q	I	D	S	K	P	E	E	L	D	R	L	D	R	R	I	I	Q	L	K	L	E	Q	Q	A	L	M	K	E	S	D	E	A	S	K	K	R	L	D	M	L	N	E	E	L	S	D	K	E	R	Q	Y	S	E	L	E	E	E	W	K	A	E	K	A	S	L	S	G	T
Query Conservation
Alig confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	L	Q	A	I	R	K	K	M	D	L	I	D	L	E	D	E	T	I	D	A	E	V	M	N	S	L	A	V	T	M	D	D	F	R	W	A	L	S	Q	S	N	P	S	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													T	T			S	S																												S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.
		473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	T	I	K	A	E	L	E	Q	A	K	I	A	I	E	Q	A	R	R	V	G	D	L	A	R	M	S	E	L	Q	Y	G	K	I	P	E	L	E	K	Q	L	E	A	A	T	Q	L	E	G	K	T	M	R	L	L	R	N	K	V	T	D	A	E	I	A	E	V	L	A	R	W	T	G	I	P	V	S	R	M	M
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	T	V	V	E	V	P	Q	V	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																							465	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
		553	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	S	E	R	E	K	L	L	R	M	E	Q	E	L	H	H	R	V	I	G	Q	N	E	A	V	D	A	V	S	N	A	I	R	R	S	R	A	G	L	A	D	P	N	R	P	I	G	S	F	L	F	L	G	P	T	G	V	G	K	T	E	L	C	K	A	L	A	N	F	M	F	D	S	D	E	A	M	V	R	I
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.
Template Sequence		W	E	D	I	G	G	L	E	D	V	K	R	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	E	L	V	Q	Y	P	V	E	H	P	D	K	F	L	K	F	G	M	T	P	S	K	G	V	L	F	Y	G	P	P	G	C	G	K	T	L	L	A	K	A	I	A	N	E	.	.	.	C	Q	A	N	F	I	S	I
Template Known Secondary structure		T	T	T	T		S									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T	S						S								T	T	S													.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.	.
Template SS confidence
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.											490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.				.	.	.	.	.	540	.	.
		633	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.															.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	M	S	E	F	M	E	K	H	S	V	S	R	L	V	G	A	P	P	G	Y	V	G	Y	E	E	G	G	Y	L	T	E	A	V	R	R	R	P	Y	S	V	I	L	L	D	E	V	E	K	A	H	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	F	N	I	L	L	Q	V	L	D	D	G	R
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Sequence		K	G	P	E	L	.	.	.	.	.	L	T	M	W	F	G	E	S	E	A	N	V	.	.	.	.	.	R	E	I	F	D	K	A	R	Q	A	A	P	C	V	L	F	F	D	E	L	D	S	I	A	K	A	R	G	G	N	I	G	D	G	G	G	A	A	D	R	V	I	N	Q	I	L	T	E	M	D	G	M	S
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.					T	T	T		T				.	.	.	.	.				T	T	T	T	T	T	T		S						S	S	G	G	G	G					T	T	T	T		S	S			S														S	S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		543	.	.	.	.						.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.						560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.
		699	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	T	D	G	Q	G	R	T	V	D	F	R	N	T	V	V	I	M	T	S	N	L	G	S	D	L	I	Q	E	R	F	G	E	L	D	Y	A	H	M	K	E	L	V	L	G	V	V	S	H	N	F	R	P	E	F	I	N	R	I	D	E	V	V	V	F	H	P	L	G	E	Q	H	I	A	S	I	A	Q	I	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.				.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.				.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	K	K	N	V	F	I	I	G	A	T	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	D	I	I	D	P	A	I	.	.	.	L	R	P	.	.	.	G	R	L	D	Q	L	I	Y	I	P	L	P	D	E	K	S	R	V	A	I	L	K	A	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S								S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		G	G	G			G	G	G	.	.	.	T	S	T	.	.	.	T	T	S											T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.				.	.	.
Template SS confidence
											613	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	630	.	.	.				.	.	.				.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660
		779	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.		800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.
Query SS confidence																							.
Query Sequence		L	K	R	L	Y	K	R	L	E	E	R	G	Y	E	I	H	I	S	D	E	A	.	L	K	L	L	S	E	N	G	Y	D	P	V	Y	G	A	R	P	L	K	R	A	I	Q	Q	Q	I	E	N	P	L	A	Q	Q	I
Query Conservation																							.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.								.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template Sequence		L	R	K	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	K	D	V	D	L	E	F	L	A	K	M	.	.	T	N	G	F	S	G	A	D	L	T	E	I	C	Q	R	A	C	K	L	A	I	R	E	S	I
Template Known Secondary structure		T	T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B		S	S							T	T	T	.	.		S	S															T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template SS confidence
		661	.	.	.	.												.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.			.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.