Job Description P0ABB4 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:15:05 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 372 % Identity 31% Template c1vdzA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:a-type atpase subunit a; PDBTitle: crystal structure of a-type atpase catalytic subunit a from2 pyrococcus horikoshii ot3 Resolution 2.55 Å

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		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	R	G	L	D	V	K	D	L	E	H	P	I	E	V	P	V	G	K	A	T	L	G	R	I	M	N	V	L	G	E	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	P	G	E	P	V	V	G	T	G	A	S	L	S	V	E	L	G	P	G	L	L	T	S	I	Y	D	G	I	Q	R	P	L	E	V	I	R	E	K	T	G	D	F	I	A	R	G	V	T	A	P	A	L	P	R	D	K	K	W	H	F	I	P	K	A	K	V	G	D	K	V	V	G	G	D	I	I	G	E	V
Template Known Secondary structure									S	S									S	T	T		T	T					T	T	S			S	S					B			S	S			B						S	S		S	S											T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																												97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	M	K	G	E	I	G	E	E	E	R	W	A	I	H	R	A	A	P	S	Y	E	E	L	S	N	S	Q	E	L	L	E	T	G	I	K	V	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Conservation																																																															.
Template Sequence		P	E	T	S	I	I	V	H	K	I	M	V	P	P	G	I	E	G	E	I	V	E	I	A	E	E	G	D	Y	T	I	E	E	V	I	A	K	V	K	T	P	S	G	E	I	K	E	L	K	M	Y	Q	R	W	P	V	R	V	K	R	P	.	Y	K	E	K	L	P	P	E	V	P	L	I	T	G	Q	R	V	I
Template Known Secondary structure				S	S	S									T	T											S					T	T	S								T	T	S							S						T	T	S				.		S					S		S	B				S
Template Predicted Secondary structure																																																															.
Template SS confidence
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200		.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.								.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	M	C	P	F	A	K	G	G	K	V	G	L	F	G	G	A	G	V	G	K	T	V	N	M	M	E	L	I	R	N	I	A	I	E	H	S	G	Y	S	V	F	A	G	V	G	E	R	T	R	E	G	N	D	F	Y	H	E	M	T	D	.	.	.	.	.	.	.	S	N	V	I	D	K	V	S	L	V	Y
Query Conservation																																																																.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.
Template Sequence		D	T	F	F	P	Q	A	K	G	G	T	A	A	I	P	G	P	F	G	S	G	K	T	V	T	Q	H	Q	L	A	K	W	.	.	.	S	D	A	Q	V	V	I	Y	I	G	C	G	E	R	G	N	E	M	T	D	V	L	E	E	F	P	K	L	K	D	P	K	T	G	K	P	L	M	E	R	T	V	L	I	A
Template Known Secondary structure					S			B	T	T							S		T	T		T	T											.	.	.	S	S		S								S			T	T	T	T					S	S	G	G	G		B		T	T	T	S	S	B	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.
Template SS confidence
		219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250				.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Query SS confidence																																																																																.	.
Query Sequence		G	Q	M	N	E	P	P	G	N	R	L	R	V	A	L	T	G	L	T	M	A	E	K	F	R	D	E	G	R	D	V	L	L	F	V	D	N	I	Y	R	Y	T	L	A	G	T	E	V	S	A	L	L	G	R	M	P	S	A	V	G	Y	Q	P	T	L	A	E	E	M	G	V	L	Q	E	R	I	T	S	.	.
Query Conservation																																																																																.	.
Alig confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	T	S	N	M	P	V	A	A	R	E	A	S	I	Y	T	G	I	T	I	A	E	Y	F	R	D	M	G	Y	D	V	A	L	M	A	D	S	T	S	R	W	A	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	A	Y	L	A	S	K	L	A	E	F	Y	E	R	A	G	R	V	V
Template Known Secondary structure				T	T	S																						T	T											S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	T
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
							286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.							350	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																																																	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																																																	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	T	K	T	G	S	I	T	S	V	Q	A	V	Y	V	P	A	D	D	L	T	D	P	S	P	A	T	T	F	A	H	L	D	A	T	V	V	L	S	R	Q	I	A	S	L	G	I	Y	P	A	V	D	P	L	D	S	T	S	R	Q	L	D	P	L	V	.	.	.	.	.	.	V	G	Q	E	H
Query Conservation		.	.	.	.	.																																																																	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																																	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	L	G	S	D	Y	R	V	G	S	V	S	V	I	G	A	V	S	P	P	G	G	D	F	S	E	P	V	V	Q	N	T	L	R	V	V	K	V	F	W	A	L	D	A	D	L	A	R	R	R	H	F	P	A	I	N	W	L	T	S	Y	S	L	Y	V	D	A	V	K	D	W	W	H	K	N	I	D	P	E	W
Template Known Secondary structure			S	S	S	S															S	S	S				T	T										S					B							T	T		S	S		B		T	T	T				T	T												T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410		.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure																																															.												.
Query SS confidence																																															.												.
Query Sequence		Y	D	T	A	R	G	V	Q	S	I	L	Q	R	Y	Q	E	L	K	D	I	I	A	I	L	G	M	D	E	L	S	E	E	D	K	L	V	V	A	R	A	R	K	I	Q	R	.	F	L	S	Q	P	F	F	V	A	E	V	.	F	T	G	S	P	G	K	Y	V	S	L	K	D	T	I	R	G	F	K	G	I	M
Query Conservation																																															.												.
Alig confidence																																															.												.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	M	R	D	K	A	M	A	L	L	Q	K	E	S	E	L	Q	E	I	V	R	I	V	G	P	D	A	L	P	E	R	E	R	A	I	L	L	V	A	R	M	L	R	E	D	Y	L	Q	Q	D	A	F	D	E	V	D	T	Y	C	P	P	E	K	Q	V	T	M	M	R	V	L	L	N	F	Y	D	K	T	M
Template Known Secondary structure																											S	T	T																			T	T				T	T	S	T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	G	E	Y	D	H	L	P	E	Q	A	F	Y	M	V	G	S	I	E	E	A	V	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	A	I	N	R	G	V	P	L	E	E	I	A	K	L	P	V	R	E	E	I	G	R
Template Known Secondary structure					T	T	T								T		T						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		536	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.