Job Description P0A9H3 Confidence 99.84% Date Thu Jan 5 11:10:12 GMT 2012 Rank 39 Aligned Residues 365 % Identity 17% Template c3hbxB_ PDB info PDB header:lyase Chain: B: PDB Molecule:glutamate decarboxylase 1; PDBTitle: crystal structure of gad1 from arabidopsis thaliana Resolution 2.67 Å

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		129	130	.								.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	P	P	.	.	.	.	.	.	.	L	T	K	A	L	F	K	Y	V	R	E	G	K	Y	T	F	C	T	P	G	H	M	G	G	T	A	F	Q	K	S	P	V	G	S	L	F	Y	D	F	F	G	P	N	T	M	K	S	D	I	S	I	S	V	S	E	L	G	S	L	L	D	H	S	G	P	H	K	E	A	E
Query Conservation					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.																															.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																										.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	P	E	N	S	I	P	K	E	A	A	Y	Q	I	I	N	D	E	L	M	L	D	G	N	P	R	L	N	L	A	S	F	V	T	T	W	M	E	P	E	.	C	D	K	L	I	M	S	S	I	N	K	N	Y	V	D	M	D	E	Y	P	V	T	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	N	R	C	V
Template Known Secondary structure				S	S															G	G	G	S			G	G	G	B	T	T			S								.								T	T	T		B	T	T		T	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																										.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		32	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.		.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.										.	.	.	.	100	.
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.							.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.														.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	Y	I	A	R	V	F	N	A	D	R	S	Y	.	.	.	.	.	.	M	V	T	N	G	T	S	T	A	N	K	I	V	G	M	Y	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	G	S	T	I	L	I	D	R	N	C	H	K	S	L	T	H	L	M	M	M	S	D	V	T	P	I	Y	F
Query Conservation															.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	M	I	A	H	L	F	N	A	P	L	E	E	A	E	T	A	V	G	V	G	T	V	G	S	S	E	A	I	M	L	A	G	L	A	F	K	R	K	W	Q	N	K	R	K	A	E	G	K	P	V	D	K	P	N	I	V	T	G	A	N	V	Q	V	C	W	E	K	F	A	R	Y	F	E	V	E	L	K	E	V
Template Known Secondary structure								T	T					T	T									S	S																							T	T				S								T	T												T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.		.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.									.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	P	T	R	N	A	Y	G	I	L	G	G	I	P	Q	S	E	F	Q	H	A	T	I	A	K	R	V	K	E	T	P	N	A	T	W	P	V	H	A	V	I	T	N	S	.	T	Y	D	G	L	L	Y	N	T	D	F	I	K	K	T	L	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	I	H	F	D	S	A	W
Query Conservation																																														.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.										.																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template Sequence		K	L	S	E	G	Y	Y	V	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	Q	Q	A	V	D	M	V	D	E	N	.	.	.	.	.	T	I	C	V	A	A	I	L	G	S	T	L	N	G	E	F	E	D	V	K	L	L	N	D	L	L	V	E	K	N	K	E	T	G	W	D	T	P	I	H	V	D	A	A	S
Template Known Secondary structure				B	T	T	B		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T	.	.	.	.	.								B	S		T	T	T			B																												T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		182	.	.	.	.	.	.	.	190										.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.						.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.									.	.	400	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	P	Y	T	N	F	S	P	I	Y	E	G	K	C	G	M	S	G	G	R	V	E	G	K	V	I	Y	E	T	Q	S	T	H	K	L	L	A	A	F	S	Q	A	S	M	I	H	V	K	G	D	V	N	E	E	T	F	N	E	A	Y	M	M	H	T	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	P	H	Y	G	I
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.
Template Sequence		G	G	F	I	A	P	F	L	Y	.	.	.	.	P	E	L	E	W	D	F	R	L	P	L	V	K	S	I	N	V	S	G	H	Y	G	L	V	Y	A	G	I	G	W	V	I	W	R	N	K	E	D	L	P	E	E	L	I	F	H	I	N	Y	L	G	A	D	Q	P	T	F	T	L	N	F	S	K	G	S	S	Q
Template Known Secondary structure		G	G	G	T						.	.	.	.	S	S				S	T	T	S	T	T															S	S							S	S	G	G	G	S		G	G	G						S	S	S	S							S			S		B	S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.
Template SS confidence
		248	.	250	.	.	.	.	.	.					.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	A	S	T	E	T	A	A	A	M	M	K	G	N	A	G	K	R	L	I	N	G	S	I	E	R	A	I	K	F	R	K	E	I	K	R	L	R	T	E	S	D	G	W	F	F	D	V	W	Q	P	D	H	I	D	T	T	E	C	W	P	L	R	S	D	S	T	W	H	G	F	K	N	I	D	N	E	H	M	Y
Query Conservation
Alig confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	I	A	Q	Y	Y	Q	L	I	R	L	G	H	E	G	Y	R	N	V	M	E	N	C	R	E	N	M	I	V	L	R	E	G	L	E	K	T	E	R	F	N	I	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																																					T	T	T						S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
		486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.								.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	D	P	I	K	V	T	L	L	T	P	G	M	E	K	D	G	T	M	S	D	F	G	I	P	A	S	I	V	A	K	Y	L	D	E	H	G	I	V	V	.	.	.	.	.	.	.	E	K	T	G	P	Y	N	L	L	F	L	F	S	I	G	I	D	K	T	K	A	L	S	L	L	R	A	L	T	D	F	K	R
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																.	.	.	.	.
Template Sequence		.	K	D	E	G	V	P	L	V	A	F	S	L	K	D	S	.	.	.	.	.	S	C	H	T	E	F	E	I	S	D	M	L	R	R	Y	G	W	I	V	P	A	Y	T	M	P	P	N	A	Q	H	I	T	V	L	R	V	V	I	R	E	D	F	S	R	T	L	A	E	R	L	V	I	D	I	E	K	V	M	R
Template Known Secondary structure		.		S	S	S	S	S							S	S		.	.	.	.	.	S	S												T	T	T		B								T	T		T	T										T	T
Template Predicted Secondary structure		.																.	.	.	.	.
Template SS confidence
			369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.						.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
		559	560	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	F	D	L	N
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	L	D	E	L
Template Known Secondary structure					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		443	.	.	.	.