Job Description P77488 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:29:48 GMT 2012 Rank 35 Aligned Residues 462 % Identity 16% Template c2xt6B_ PDB info PDB header:lyase Chain: B: PDB Molecule:2-oxoglutarate decarboxylase; PDBTitle: crystal structure of mycobacterium smegmatis alpha-ketoglutarate2 decarboxylase homodimer (orthorhombic form) Resolution 2.74 Å

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		128	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140											.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.		.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.				.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																			.	.	.																		.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																			.	.	.																		.	.
Query Sequence		S	A	G	I	G	I	A	V	A	A	E	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	N	R	R	T	V	C	V	I	G	D	G	A	I	T	.	A	G	M	A	F	E	A	M	N	H	A	G	D	I	R	P	D	M	.	.	.	L	V	I	L	N	D	N	E	M	S	I	S	E	N	V	G	A	.	.
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																			.	.	.																		.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																			.	.	.																		.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	V	L	E	G	L	V	R	A	K	Q	D	L	L	D	T	G	E	E	G	S	D	N	R	F	S	V	V	P	L	M	L	H	G	D	A	A	F	A	G	Q	G	V	V	A	E	T	L	N	L	A	L	L	R	G	Y	R	T	G	G	T	I	H	I	V	V	N	N	Q	I	G	F	T	T	A	P	T	D	S	R
Template Known Secondary structure															T	T	B	S	T	T	S	S	B	S																										T	T	T	T		T	T	T			S										S		B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	N	N	H	L	A	Q	L	L	S	G	K	L	Y	S	S	L	R	E	G	G	K	K	V	F	S	G	V	P	P	I	K	E	L	L	K	R	T	E	E	H	I	K	G	M	V	V	P	G	T	L	F	E	E	L	G	F	N	Y	I	G	P	V	D	G	H	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	S	E	Y	C	T	D	V	A	K	M	I	G	A	P	I	F	H	V	N	G	D	D	P	E	A	C	A	W	V	A	R	L	A	V	D	F	R	Q	A	F	K	K	D	V	V	I	D	M	L	C	Y	R	R	R	G	H	N	E	G	D	D	P	S	M	T	Q	P	Y	M	Y	D	V	I	D	T	K	R	G	S
Template Known Secondary structure		S	S	S	S	T	T	G	G	G	G	G	G	T								T	T																																	S		S	S	S	S			G	G	G	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		691	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770
																													260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	L	I	T	T	L	K	N	M	R	D	L	K	G	P	Q	F	L	H	I	M	T	K	K	G	R	G	Y	E	P	A	E	K	D	P	I	T	F	H	A	V	P	K	F	D	P	S	S	G	C	L	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	K	A	Y	T	E	A	L	I	G	R	G	D	I	S	M	K	E	A	E	D	A	L	R	D	Y	Q	G	Q	L	E	R	V	F	N	E	V	R	E	L	A	T	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	A	M	L	Q	R	I	G	D	A	H	L	A	L	P	E	G	F	T	V	H	P	R	V	R
Template Known Secondary structure													T	S	S																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T				T	T					T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		771	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.											.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840
		313									.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			350	.	.	.	.	.	.	.	.								.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	G	G	L	P	S	Y	S	K	I	F	G	D	W	L	C	E	T	A	A	K	D	N	K	L	M	A	I	T	P	A	M	R	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	M	V	E	F	S	R	K	.	.	.	.	.	.	.	F
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	V	L	E	K	R	R	E	M	A	Y	E	G	R	I	D	W	A	F	A	E	L	L	A	L	G	S	L	I	A	E	G	K	L	V	R	L	S	G	Q	D	T	Q	R	G	T	F	T	Q	R	H	A	V	I	V	D	R	K	T	G	E	E	F	T	P	L	Q	L	L	A	T	N	P	D	G	T	P	T	G	G
Template Known Secondary structure																B																T	T								T	T	T	T	T		T	T	S				S	S				T	T	T						G	G	G	G	G	G	B		T	T	S		B		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		862	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.			390	.		.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.							.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
Predicted Secondary structure																																.	.			.																		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.			.																		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	D	R	Y	F	D	V	A	I	A	E	Q	H	A	V	T	F	A	A	G	L	A	I	G	G	Y	K	P	I	V	.	.	A	I	.	Y	S	T	F	L	Q	R	A	Y	D	Q	V	L	H	D	V	A	.	.	.	.	.	.	I	Q	K	L	P	V	L	F	A	I	D	R	A	G	I	V	G	A	D	G	Q	T
Query Conservation																																.	.			.																		.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.			.																		.	.	.	.	.	.													.						.
Template Conservation																																																																								.						.
Template Sequence		K	F	L	V	Y	N	S	A	L	S	E	F	A	A	V	G	F	E	Y	G	Y	S	V	G	N	P	D	A	M	V	L	W	E	A	Q	F	G	D	F	V	N	G	A	Q	S	I	I	D	E	F	I	S	S	G	E	A	K	W	G	Q	L	S	D	V	V	L	L	L	P	H	.	G	H	E	G	Q	.	G	P	D
Template Known Secondary structure										S		S															T	T								S	S	G	G	G	G	G	G	G							T	T	T	T																		.			S	S	S	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																								.						.
Template SS confidence
		942	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.		.	.	.	.	.		.	.	.
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440			.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.			.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.		.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.
Predicted Secondary structure												.	.																													.	.																		.																	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.																													.	.																		.																	.	.	.	.
Query Sequence		H	Q	G	A	F	D	L	S	Y	L	.	.	R	C	I	P	E	M	V	I	M	T	P	S	D	E	N	E	C	R	Q	M	L	Y	T	G	Y	H	Y	N	.	.	D	G	P	S	A	V	R	Y	P	R	G	N	A	V	G	V	E	.	L	T	P	L	E	K	L	P	I	G	K	G	I	V	K	R	.	.	.	.
Query Conservation												.	.																													.	.																		.																	.	.	.	.
Alig confidence												.	.																													.	.		.																.																	.	.	.	.
Template Conservation																																													.
Template Sequence		H	T	S	G	R	I	E	R	F	L	Q	L	W	A	E	G	S	M	T	I	A	M	P	S	T	P	A	N	Y	F	H	L	L	R	R	H	G	K	D	G	I	Q	R	.	P	L	I	V	F	T	P	K	S	M	L	R	N	K	A	A	V	S	D	I	R	D	F	T	E	S	K	F	R	S	V	L	E	E	P	M
Template Known Secondary structure		S	S													T	T	S							S	S														S	S				.								S	G	G	G	S		S	S	S		B							S					S
Template Predicted Secondary structure																																													.
Template SS confidence
		1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.		.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.
										502	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.					.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.				550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.																									.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.																									.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	E	K	L	A	I	L	N	F	G	T	L	M	P	E	A	A	K	V	A	E	S	L	.	.	.	.	N	A	T	L	V	D	M	R	F	V	K	P	L	D	E	A	L	I	L	E	M	A	A	S	.	.	.	H	E	A	L	V	T	V	E	E	N	A	I	M	G	G	A	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.																									.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.												.													.	.	.	.																									.	.	.
Template Conservation																					.
Template Sequence		Y	T	D	G	E	G	D	R	N	K	V	T	R	L	L	L	T	S	G	.	K	I	Y	Y	E	L	A	A	R	K	A	K	E	N	R	E	D	V	A	I	V	R	I	E	Q	L	A	P	L	P	R	R	R	L	A	E	T	L	D	R	Y	P	N	V	K	E	K	F	W	V	Q	E	E	P	A	N	Q	G	A	W
Template Known Secondary structure				T	S				S	T	T									S	.	T													T		T	T							S				S											T	T		T	T												T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																					.
Template SS confidence
		1099	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.		.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.
		567	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.			580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.
Query SS confidence															.	.
Query Sequence		S	G	V	N	E	V	L	M	A	H	R	K	P	.	.	V	P	V	L	N	I	G	L	P	D	F	F	I	P	Q	G	T	Q	E	E	M	R	A	E
Query Conservation															.	.
Alig confidence															.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	S	F	G	L	T	L	P	E	I	L	P	D	H	F	T	G	L	K	R	I	S	R	R	A	M	S	A	P	S	S	G	S	S	K	V	H	A	V
Template Known Secondary structure																	T	T										S	S	S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1178	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.