Job Description P77488 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:29:48 GMT 2012 Rank 30 Aligned Residues 569 % Identity 14% Template c2jgdA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:2-oxoglutarate dehydrogenase e1 component; PDBTitle: e. coli 2-oxoglutarate dehydrogenase (e1o) Resolution 2.6 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.				.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.			.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.		.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.																	.	.														.																			.
Query SS confidence																												.	.	.																	.	.														.																			.
Query Sequence		T	L	A	L	V	D	S	T	Q	E	L	R	L	L	P	K	E	S	L	P	K	L	C	D	E	L	.	.	.	R	R	Y	L	L	D	S	V	S	R	S	S	G	H	F	A	.	.	S	G	L	G	T	V	E	L	T	V	A	L	H	.	Y	V	Y	N	T	P	F	D	Q	L	I	W	D	V	G	H	Q	A	.
Query Conservation																												.	.	.																	.	.														.																			.
Alig confidence											.	.	.															.	.	.																	.	.														.																			.
Template Conservation											.	.	.
Template Sequence		I	Q	Q	R	I	E	S	R	A	.	.	.	T	F	N	S	E	E	K	K	R	F	L	S	E	L	T	A	A	E	G	L	E	R	Y	L	G	A	K	F	P	G	R	F	S	L	E	G	G	D	A	L	I	P	M	L	K	E	M	I	R	H	A	G	N	S	G	T	R	E	V	V	L	G	M	A	H	R	G	R
Template Known Secondary structure											.	.	.																																			T	T		T	T														T	T	T										S	T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.
Template SS confidence
		184	.	.	.	.	.	190	.	.				.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260
			83	.	.	.	.	.	.	90	.			.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.									.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.							.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.										.	.															.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.																												.
Query SS confidence		.										.	.															.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.																												.
Query Sequence		.	Y	P	H	K	I	L	T	G	R	.	.	R	D	K	I	G	T	I	R	Q	K	G	G	L	H	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	P	W	R	G	E	S	E	Y	D	V	.	.	.	.	.	.	L	S	V	G	H	S	S	T	S	I	S	A	G	I	G	I	A	V	A	A	E	K	E	G	K	N	R	.
Query Conservation		.										.	.															.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.																												.
Alig confidence		.										.	.															.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.																												.
Template Conservation
Template Sequence		L	N	V	L	V	N	V	L	G	K	K	P	Q	D	L	F	D	E	F	A	G	K	H	H	L	G	T	G	D	V	K	Y	H	M	G	F	S	S	D	F	Q	T	D	G	G	L	V	H	L	A	L	A	F	N	P	S	H	L	E	I	V	S	P	V	V	I	G	S	V	R	A	R	L	D	R	L	D	E	P	S
Template Known Secondary structure								T	T													T					S					G	G	G										T	T												S	S	T	T															T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
						145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.		.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.				.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.													.																			.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.													.																			.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	R	T	V	C	V	I	G	D	G	A	I	T	.	A	G	M	A	F	E	A	M	N	H	A	G	D	I	R	P	D	M	.	.	.	L	V	I	L	N	D	N	E	M	S	I	S	E	N	V	G	A	L	N	N	H	L	A	Q	L	L	S	G	K	L	Y	S	S	L	R	E	G	G	K	K	V	F
Query Conservation		.	.	.	.													.																			.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.													.																			.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	N	K	V	L	P	I	T	I	H	G	D	A	A	V	T	G	Q	G	V	V	Q	E	T	L	N	M	S	K	A	R	G	Y	E	V	G	G	T	V	R	I	V	I	N	N	Q	Y	C	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	K	M	V	Q	A	P	I	F	H	V	N	A	D	D	P	E
Template Known Secondary structure		G	G	G																T									T	T	S	T	T	T			S												G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T	T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.													.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	G	V	P	P	I	K	E	L	L	K	R	T	E	E	H	I	K	G	M	V	V	P	G	T	L	F	E	E	L	G	F	N	Y	I	G	P	V	D	G	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	L	G	L	I	T	T	L	K	N	M	R	D	L	K	G	P	Q
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		A	V	A	F	V	T	R	L	A	L	D	F	R	N	T	F	K	R	D	V	F	I	D	L	V	C	Y	R	R	H	Q	P	L	M	Y	Q	K	I	K	K	H	P	T	P	R	K	I	Y	A	D	K	L	E	Q	E	K	V	A	T	L	E	D	A	T	E	M	V	N	L	Y	R	D	A	L	D	A	G	D	.	.
Template Known Secondary structure																																		T	T						T	S													T	T	T	S	S																			T	S	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.																																						.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	L	H	I	M	T	K	K	G	R	G	Y	E	P	A	E	K	D	P	I	T	F	H	A	V	P	K	F	D	P	S	S	G	C	L	P	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	G	G	L	P
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	C	V	V	A	E	W	R	P	M	N	M	H	S	F	T	W	S	P	Y	L	N	H	E	W	D	E	E	Y	P	N	K	V	E	M	K	R	L	Q	E	L	A	K	R	I	S	T	V	P	E	A	V	E	M	Q	S	R	V	A	K	I	Y	G	D	R	Q	A	M	A	A	G	E	K	L	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.				T	T						G	G	G		T	T	G	G	G	S	S			T	T																			T	T				T	T	S																		T	T	S	S		B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.																			.	.	.	.	.	.	.	.		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Query Sequence		S	Y	S	K	I	F	G	D	W	L	C	E	T	A	A	K	D	N	K	L	M	A	I	T	P	A	M	R	E	G	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	V	E	F	S	R	K	F	.	P	D	R	Y	F	D	V	A	I	A	E	Q	H	A	V	T	F	A	A	G	L
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Conservation
Template Sequence		D	W	G	G	A	E	N	L	A	Y	A	T	L	V	D	E	G	I	P	V	R	L	S	G	E	D	S	G	R	G	T	F	F	H	R	H	A	V	I	H	N	Q	S	N	G	S	T	Y	T	P	L	Q	H	I	H	N	G	Q	G	A	F	R	V	W	D	S	V	L	S	E	E	A	V	L	A	F	E	Y	G	Y
Template Known Secondary structure																T	T	T								T	T	T	T	T		T	T	S					S				S	S	S	S					G	G	G		S		T	T											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		592	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.
		381	.	.	.	.	.	.	.	.			390	.		.	.	.	.	.	.	.	.				400	.	.	.	.	.	.	.		.	.	410			.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.			.									.	.	.									.				.	.																															.	.
Query SS confidence											.	.			.									.	.	.									.				.	.																															.	.
Query Sequence		A	I	G	G	Y	K	P	I	V	.	.	A	I	.	Y	S	T	F	L	Q	R	A	.	.	.	Y	D	Q	V	L	H	D	V	.	A	I	Q	.	.	K	L	P	V	L	F	A	I	D	R	A	G	I	V	G	A	D	G	Q	T	H	Q	G	A	F	D	L	S	Y	L	.	.	R	C	I	P	E	M	V	I	M
Query Conservation											.	.			.									.	.	.									.				.	.																															.	.
Alig confidence											.	.			.									.	.	.									.				.	.											.						.														.	.
Template Conservation																																																			.						.
Template Sequence		A	T	A	E	P	R	T	L	T	I	W	E	A	Q	F	G	D	F	A	N	G	A	Q	V	V	I	D	Q	F	I	S	S	G	E	Q	K	W	G	R	M	C	G	L	V	M	L	L	P	H	.	G	Y	E	G	Q	.	G	P	E	H	S	S	A	R	L	E	R	Y	L	Q	L	C	A	E	Q	N	M	Q	V	C
Template Known Secondary structure						T	T	S							.		G	G	G	G	G	G	G							T	T	T	T																		.			S	S	S	.		T	T	S	S										T			T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.						.
Template SS confidence
		672	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720		.	.	.	.	.		.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.		.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.									490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520
Predicted Secondary structure																					.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	P	S	D	E	N	E	C	R	Q	M	L	Y	T	G	Y	H	Y	N	.	D	G	P	S	A	V	R	Y	P	R	G	N	A	V	G	V	E	L	T	P	L	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	L	P	I	G	K	G	I	V	K	R	R	G	E	K	L	A	I	L	N	F	G	T	L	M	P	E	A	A	K
Query Conservation																					.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	P	S	T	P	A	Q	V	Y	H	M	L	R	R	Q	A	L	R	G	M	R	R	P	L	V	V	M	S	P	K	S	L	L	R	H	P	L	A	V	S	S	L	E	E	L	A	N	G	T	F	L	P	A	I	G	E	I	D	E	L	D	P	K	G	V	K	R	V	V	M	C	S	G	K	V	Y	Y	D	L	L
Template Known Secondary structure					S														S	S											S	G	G	G	G		T	T			B												S						S				G	G	G									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		521	.	.	.	.					.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.				550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.		.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.																									.	.	.																												.
Query SS confidence							.	.	.	.																									.	.	.																												.
Query Sequence		V	A	E	S	L	.	.	.	.	N	A	T	L	V	D	M	R	F	V	K	P	L	D	E	A	L	I	L	E	M	A	A	S	.	.	.	H	E	A	L	V	T	V	E	E	N	A	I	M	G	G	A	G	S	G	V	N	E	V	L	M	A	H	.	R	K	P	V	P	V	L	N	I	G	L	P	D	F	F	I
Query Conservation							.	.	.	.																									.	.	.																												.
Alig confidence							.	.	.	.																									.	.	.																												.
Template Conservation
Template Sequence		E	Q	R	R	K	N	N	Q	H	D	V	A	I	V	R	I	E	Q	L	Y	P	F	P	H	K	A	M	Q	E	V	L	Q	Q	F	A	H	V	K	D	F	V	W	C	Q	E	E	P	L	N	Q	G	A	W	Y	C	S	Q	H	H	F	R	E	V	I	P	F	G	A	S	L	R	Y	A	G	R	P	A	S	A	S
Template Known Secondary structure							T	T			S											S											G	G	G	T	T												T	T	S	T	T										T	T	S		T	T												S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	Q	G	T	Q	E	E	M	R	A	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		P	A	V	G	H	M	S	V	H	Q	K
Template Known Secondary structure		S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920