Job Description P77488 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:29:48 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 596 % Identity 18% Template c2g28A_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:pyruvate dehydrogenase e1 component; PDBTitle: e. coli pyruvate dehydrogenase h407a variant2 phosphonolactylthiamin diphosphate complex Resolution 1.85 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.		.	.	.							.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.						.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.				.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.				.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.																.	.	.
Query SS confidence																						.				.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.																.	.	.
Query Sequence		P	K	E	S	L	P	K	L	C	D	E	L	R	R	Y	L	L	D	S	V	.	S	R	S	.	.	.	.	.	.	S	G	H	F	A	S	G	L	G	T	V	E	L	T	V	A	L	H	Y	V	Y	.	.	.	.	.	N	T	P	F	D	Q	L	I	W	D	V	G	H	Q	A	.	.	.	Y	P	H	K	I	L
Query Conservation																						.				.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.																.	.	.
Alig confidence																						.				.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.																.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	L	E	L	E	R	R	I	R	S	A	I	R	W	N	A	I	M	T	V	L	R	A	S	K	K	D	L	E	L	G	G	H	M	A	S	F	Q	S	S	A	T	I	Y	D	V	C	F	N	H	F	F	R	A	R	N	E	Q	D	G	G	D	L	V	Y	F	Q	G	H	I	S	P	G	V	Y	A	R	A	F	L
Template Known Secondary structure																										T	T		S						S																	T						S	S	S									G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		74	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
		89	90	.			.	.	.	.	.	.	.	.	100	.				.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.		.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.								140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.											.	.	.															.																									.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.											.	.	.															.																									.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	G	R	.	.	R	D	K	I	G	T	I	R	Q	K	.	.	.	G	G	L	H	P	F	P	W	R	G	E	S	E	Y	.	D	V	L	S	V	G	H	S	S	T	S	I	S	A	G	I	G	I	A	V	A	A	E	K	.	.	.	.	.	.	.	E	G	K	N	R	R	T	V	C	V	I	G	D	G	A	I
Query Conservation					.	.											.	.	.															.																									.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.											.	.	.															.																									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	G	R	L	T	Q	E	Q	L	D	N	F	R	Q	E	V	H	G	N	G	L	S	S	Y	P	H	P	K	L	M	P	E	F	W	Q	F	P	T	V	S	M	G	L	G	P	I	G	A	I	Y	Q	A	K	F	L	K	Y	L	E	H	R	G	L	K	D	T	S	K	Q	T	V	Y	A	F	L	G	D	G	E	M
Template Known Secondary structure		T	T	S	S						T	T	B	T			T	T	S	S		B		S	S			T	T	T	S	T	T	T							S	T	T																			T	T	S				T	T									T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.		.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.				190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.														.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.														.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	A	G	M	A	F	E	A	M	N	H	A	G	D	I	R	P	D	M	L	V	.	I	L	N	D	N	E	M	S	I	S	E	N	V	.	.	.	G	A	L	N	N	H	L	A	Q	L	L	S	G	K	L	Y	S	S	L	R	E	G	G	K	K	V	F	S	G	V	P	P	I	K	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																							.														.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.														.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	E	P	E	S	K	G	A	I	T	I	A	T	R	E	K	L	D	N	L	V	F	V	I	N	C	N	L	Q	R	L	D	G	P	V	T	G	N	G	K	I	I	N	E	L	E	G	I	F	E	G	A	G	W	N	V	I	K	V	M	W	G	S	R	W	D	E	L	L	R	K	D	T	S	G	K	L	I	Q	L
Template Known Secondary structure		G	S					T	T							T	T		T	T									S	B		S	S	S	B	S	S	T	T	S													T	T								B		G	G	G									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
																			224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.		.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	L	K	R	T	E	E	H	I	K	G	M	V	V	P	G	T	L	F	E	E	L	G	F	N	Y	I	G	P	V	D	G	H	D	V	L	G	L	I	T	T	L	K	N	M	R	D	L	K	.	G	P	Q	F	L	H	I	M	T	K	K	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.
Template Conservation
Template Sequence		M	N	E	T	V	D	G	D	Y	Q	T	F	K	S	K	D	G	A	Y	V	R	E	H	F	F	G	K	Y	P	E	T	A	A	L	V	A	D	W	T	D	E	Q	I	W	A	L	N	R	G	G	H	D	P	K	K	I	Y	A	A	F	K	K	A	Q	E	T	K	G	K	A	T	V	I	L	A	H	T	I	K	G
Template Known Secondary structure					S									T	T	S									T	G	G	G	S							T	T	T	S							T			B	G	G	G																	S	S										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
		286	.	.	.	290	.	.	.	.	.																																								.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	G	Y	E	P	A	E	K	D	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	T	F	H	A	V	P	K	F	D	P	S	S	G	C	L	P	K	S	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	M	G	D	A	A	M	D	G	V	R	H	I	R	D	R	F	N	V	P	V	S	D	A	D	I	E	K	L	P	Y	I	T	F	P	E	G	S	E	E	H	T	Y	L	H	A	Q	R	Q	K	L	H	G	Y	L	P	S	R	Q	P	N	F	T	E	K	L	E	L	P	S	L	Q	D	F	G	A	L	L	E
Template Known Secondary structure		T	T		T	T													T	T		S							T	T								T	T	S													T	T	S		S	S				S	S			S							G	G	G	G					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
					317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.				.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.									.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	G	L	P	S	Y	S	K	I	F	G	D	W	L	C	E	T	.	.	.	A	A	K	D	N	K	L	M	A	I	T	P	A	M	R	E	G	S	G	M	V	E	F	S	R	K	.	.	.	.	.	.	.	.	F	P	D	R	Y	F	D	V	A	I	A	E	Q	H	A	V	T	F	A	A	G	L	A	I
Query Conservation		.	.	.																	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	Q	S	K	E	I	S	T	T	I	A	F	V	R	A	L	N	V	M	L	K	N	K	S	I	K	D	R	L	V	P	I	I	A	D	E	A	R	T	F	G	M	E	G	L	F	R	Q	I	G	I	Y	S	P	E	D	E	K	G	Q	I	L	Q	E	G	I	N	E	L	G	A	G	C	S	W	L	A	A	A	T
Template Known Secondary structure				S	S		B														T	T		T	T	T	T	T	T						S	S		T	G	G	G	T										B	B				B	T	T			B					S														T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		487	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
								383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.		.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.		.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																								.																			.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																								.																			.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	G	G	Y	K	P	I	V	A	I	Y	S	T	F	L	Q	R	A	Y	D	Q	V	L	H	.	D	V	A	I	Q	K	L	P	V	L	F	A	I	D	R	A	G	I	.	V	G	A	D	G	Q	T	H	Q	G	A	F	D	L	S	Y	L	R	C	I	P	E	M	V	I	M	T	P	S	D	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																								.																			.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																								.																			.
Template Conservation
Template Sequence		S	Y	S	T	N	N	L	P	M	I	P	F	Y	I	Y	Y	S	M	F	G	F	Q	R	I	G	D	L	C	W	A	A	G	D	Q	Q	A	R	G	F	L	I	G	G	T	S	G	R	T	T	L	N	G	E	G	L	Q	H	E	D	G	H	S	H	I	Q	S	L	T	I	P	N	C	I	S	Y	D	P	A	Y	A
Template Known Secondary structure						T	S											G	G	G	S														T	T									S		S	T	T	T	S	T	T	T		T	T	T			S							T	T	S	T	T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		584	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.					.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480					.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.				.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.														.	.	.	.																						.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.														.	.	.	.																						.	.	.
Query Sequence		N	E	C	R	Q	M	L	Y	T	G	Y	H	Y	.	.	.	.	N	D	G	P	S	A	V	R	Y	P	R	G	N	.	.	.	.	A	V	G	V	E	L	T	P	L	E	K	L	P	I	G	K	G	I	V	K	R	.	.	.	R	G	E	K	L	A	I	L	N	F	G	T	L	M	P	E	A	A	K	V	A	E
Query Conservation															.	.	.	.														.	.	.	.																						.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.														.	.	.	.																						.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	E	V	A	V	I	M	H	D	G	L	E	R	M	Y	G	E	K	Q	E	N	V	Y	Y	Y	I	T	T	L	N	E	N	Y	H	M	P	A	M	P	E	G	A	E	E	G	I	R	K	G	I	Y	K	L	E	T	I	E	G	S	K	G	K	V	Q	L	L	G	S	G	S	I	L	R	H	V	R	E	A	A	E
Template Known Secondary structure																	S	T	T												S			B							T	T								T										S	S									G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		664	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.
		524	.	.	.	.		.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.																.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.			.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Query SS confidence							.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Query Sequence		S	L	N	A	T	.	L	V	D	M	R	F	V	K	P	L	D	E	A	L	I	L	E	M	A	A	S	H	E	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	T	V	E	E	N	A	I	M	G	.	.	G	A	G	S	G	V	N	E	V	L	M	A	H	R	K	P	V	P	V	L	N	I
Query Conservation							.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Alig confidence							.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	L	A	K	D	Y	G	V	G	S	D	V	Y	S	V	T	S	F	T	E	L	A	R	D	G	Q	D	C	E	R	W	N	M	L	H	P	L	E	T	P	R	V	P	Y	I	A	Q	V	M	N	D	A	P	A	V	A	S	T	D	Y	M	K	L	F	A	E	Q	V	R	T	Y	V	P	A	D	D	Y	R	V	L
Template Known Secondary structure																	S																				T	T	S													S	S							S	S		T					T	T	G	G	G			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		744	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.
		586	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	P	D	F	F	I	P	Q	G	T	Q	E	E	M	R	A	E	L	G	L	D	A	A	G	M	E	A	K	I	K	A	W	L	A
Query Conservation
Alig confidence				.
Template Conservation				.
Template Sequence		G	T	.	D	G	F	G	R	S	D	S	R	E	N	L	R	H	H	F	E	V	D	A	S	Y	V	V	V	A	A	L	G	E	L	A
Template Known Secondary structure				.		S					S									T	T		S
Template Predicted Secondary structure				.
Template SS confidence
		824	.		.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.