Job Description P0AFG3 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:33 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 447 % Identity 17% Template c2o1xA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:1-deoxy-d-xylulose-5-phosphate synthase; PDBTitle: 1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate synthase (dxs) from2 deinococcus radiodurans Resolution 2.90 Å

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		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	H	L	E	I	V	S	P	V	V	I	G	S	V	R	A	R	L	D	R	L	D	E	P	S	S	N	K	V	L	P	I	T	I	H	G	D	A	A	V	T	G	Q	G	V	V	Q	E	T	L	N	M	S	K	A	R	G	Y	E	V	G	G	T	V	R	I	V	I	N	N	Q	V	G	F	T	T	S	N	P	L
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.											.	.							.																			.	.	.														.	.
Template Conservation																						.	.	.											.	.							.																			.	.	.														.	.
Template Sequence		G	H	A	S	T	S	L	T	N	A	L	G	M	A	L	A	R	D	A	Q	.	.	.	G	K	D	F	H	V	A	A	V	I	.	.	G	D	G	S	L	T	.	G	G	M	A	L	A	A	L	N	T	I	G	D	M	G	R	K	M	.	.	.	L	I	V	L	N	D	N	E	M	S	I	S	E	.	.	N	V
Template Known Secondary structure		S	S	S	S																	.	.	.	T										.	.		T	T	G	G	G	.	S																S		.	.	.								S	B	S	S	S	B	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.											.	.							.																			.	.	.														.	.
Template SS confidence
		123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.				.	.	.	.	.	.	.	150	.	.			.	.	.	.	.	.		.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.				.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.			190	.
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.		.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.
Query SS confidence																							.
Query Sequence		D	A	R	S	T	P	Y	C	T	D	I	G	K	M	V	Q	A	P	I	F	H	.	V	N	A	D	D	P	E	A	V	A	F	V	T	R	L	A	L	D	F	R	N	T	F	K	R	D	V	F	I	D	L	V	C	Y	R	R	H	G	H	N	E	A	D	E	P	S	A	T	Q	P	L	M	Y	Q	K	I	K	K
Query Conservation																							.
Alig confidence																							.																	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	A	M	N	K	F	M	S	V	N	P	F	A	A	M	G	V	R	Y	V	G	P	V	D	G	H	N	V	Q	E	L	V	W	L	L	E	R	L	.	.	.	.	V	D	L	D	G	P	T	I	L	H	I	V	T	T	K	G	K	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	S									T	T	G	G	G	T									S	S													.	.	.	.	T	T	S	S	S										T	T	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.					230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	P	T	P	R	K	I	Y	A	D	K	L	E	Q	E	K	V	A	T	L	E	D	A	T	E	M	V	N	L	Y	R	D	A	L	D	A	G	D	C	V	V	A	E	W	R	P	M	N	M	H	S	F	T	W	S	P	Y	L	N	H	E	W	D	E	E	Y	P	N	K	V	E	M	K	R	L	Q	E	L	A	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	A	E	A	D	P	I	Y	W	H	G	P	A	K	F	D	P	A	T	G	E	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T	G	G	G	S			S	B		T	T	T			B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																														294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
		560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	I	S	T	V	P	E	A	V	E	M	Q	S	R	V	A	K	I	Y	G	D	R	Q	A	M	A	A	G	E	K	L	F	D	W	G	G	A	E	N	L	A	Y	A	T	L	V	D	E	G	I	P	V	R	L	S	G	E	D	S	G	R	G	T	F	F	H	R	H	A	V	I	H	N	Q	S	N	G	S	T	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	S	S	A	Y	S	W	S	A	A	F	G	E	A	V	T	E	W	A	K	T	D	P	R	T	F	V	V	T	P	A	M	R	E	G	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							B																	T	T						S	S		T	T	T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																												317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
		640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	P	L	Q	H	I	H	N	G	Q	G	A	F	R	V	W	D	S	V	L	S	E	E	A	V	L	A	F	E	Y	G	Y	A	T	A	E	P	R	T	L	T	I	W	E	A	Q	F	G	D	F	A	N	G	A	Q	V	V	I	D	Q	F	I	S	S	G	E	Q	K	W	G	R	M	C	G	L	V	M	L	L	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.									.																															.	.			.									.	.	.									.	.	.
Template Conservation		.	.									.																															.	.			.									.	.	.									.	.	.
Template Sequence		.	.	L	V	E	F	S	R	V	H	.	P	H	R	Y	L	D	V	G	I	A	E	E	V	A	V	T	T	A	A	G	M	A	L	Q	G	M	R	P	V	V	.	.	A	I	.	Y	S	T	F	L	Q	R	A	.	.	.	Y	D	Q	V	L	H	D	V	.	.	.	A	I	E	H	L	N	V	T	F	C	I	D
Template Known Secondary structure		.	.									.	G	G	G						S															T	T						.	.			.						G	G	G	.	.	.							T	T	.	.	.	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.									.																															.	.			.									.	.	.									.	.	.
Template SS confidence
				355	.	.	.	.	360	.	.		.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.			.	.		.	.	.	.	.	400	.	.				.	.	.	.	.	.	.	410				.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
		720		.	.	.	.	.		.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.						.
Query SS confidence			.						.
Query Sequence		H	.	G	Y	E	G	Q	.	G	P	E	H	S	S	A	R	L	E	R	Y	L	Q	L	C	A	E	Q	N	M	Q	V	C	V	P	S	T	P	A	Q	V	Y	H	M	L	R	R	Q	A	L	R	G	M	R	R	P	L	V	V	M	S	P	K	S	L	L	R	H	P	L	A	V	S	S	L	E	E	L	A	N	G
Query Conservation			.						.
Alig confidence			.						.														.	.																													.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.																													.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	A	G	I	V	G	A	D	G	A	T	H	N	G	V	F	D	L	S	F	L	.	.	R	S	I	P	G	V	R	I	G	L	P	K	D	A	A	E	L	R	G	M	L	K	Y	A	Q	T	H	D	.	.	G	P	F	A	I	R	Y	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	T	A	Q	V	P	A	G
Template Known Secondary structure		S	B	B				T	T		T	T	T		B		S					T	.	.	T	T	S	T	T							S	S														S	S	.	.	S								S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	B						T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.																													.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.			.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.			.	.	.	.	.	.	.	.	480										.	.	.	.	.	.	.	.	.
		798		.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.
Query SS confidence			.
Query Sequence		T	.	F	L	P	A	I	G	E	I	D	E	L	D	P	K	G	V	K	R	V	V	M	C	S	G	K	V	Y	Y	D	L	L	E	Q	R	R	K	N	N	Q	H	D	V	A	I	V	R	I	E	Q	L	Y	P	F	P	H	K	A	M	Q	E	V	L	Q	Q	F	A	H	V	K	D	F	V	W	C	Q	E	E	P
Query Conservation			.
Alig confidence			.																																		.	.	.																													.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.																													.	.	.
Template Sequence		T	W	P	D	L	K	W	G	E	W	E	R	L	K	G	G	D	D	V	V	I	L	A	G	G	K	A	L	D	Y	A	L	K	A	A	.	.	.	E	D	L	P	G	V	G	V	V	N	A	R	F	V	K	P	L	D	E	E	M	L	R	E	V	G	G	R	.	.	.	A	R	A	L	I	T	V	E	D	N	T
Template Known Secondary structure								T	T									S	S																		.	.	.	T	T		T	T											S													.	.	.		S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.																													.	.	.
Template SS confidence
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.				.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.				.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.
		877	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.				.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.
Query Sequence		L	N	Q	G	A	W	Y	C	S	Q	H	H	F	R	E	V	I	P	F	G	A	S	L	R	Y	A	G	R	P	A	S	A	S	P	A	V	G	Y	M	S	V	H	Q	K	Q	.	.	.	Q	Q	D	L	V	N	D	A	L	N	V
Query Conservation																																															.	.	.
Alig confidence																		.																													.	.	.
Template Conservation																		.
Template Sequence		V	V	G	G	F	G	G	A	V	L	E	A	L	N	S	M	.	N	L	H	P	T	V	R	V	L	G	I	P	D	E	F	Q	E	H	A	T	A	E	S	V	H	A	R	A	G	I	D	A	P	A	I	R	T	V	L	A	E	L
Template Known Secondary structure		S	S	S	S												T	.	T												S	S				S											T		S											T
Template Predicted Secondary structure																		.
Template SS confidence
		564	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.		580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.