Job Description P77468 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:29:32 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 459 % Identity 50% Template c3ohnA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:outer membrane usher protein fimd; PDBTitle: crystal structure of the fimd translocation domain Resolution 3.01 Å

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		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190						.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	L	L	N	Y	N	F	T	G	N	R	.	.	.	.	.	G	N	G	N	D	S	Y	F	F	S	E	L	S	G	I	N	I	G	P	W	R	L	R	N	N	G	S	W	N	Y	F	R	G	N	G	Y	H	S	E	Q	W	N	N	I	G	T	W	V	Q	R	A	I	I	P	L	K	S	E	L	V	M	G	D
Query Conservation														.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	L	L	N	Y	N	F	S	G	N	S	V	Q	N	R	I	G	G	N	S	H	Y	A	Y	L	N	L	Q	S	G	L	N	I	G	A	W	R	L	R	D	N	T	T	W	S	Y	N	S	.	.	.	.	.	S	N	K	W	Q	H	I	N	T	W	L	E	R	D	I	I	P	L	R	S	R	L	T	L	G	D
Template Known Secondary structure																	S	T	T																S	S	S														.	.	.	.	.																T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.						.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
		254	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	T	G	S	D	I	F	D	G	V	G	F	R	G	V	R	L	Y	S	S	D	N	M	Y	P	D	S	Q	Q	G	F	A	P	T	V	R	G	I	A	R	T	A	A	Q	L	T	I	R	Q	N	G	F	I	I	Y	Q	S	Y	V	S	P	G	A	F	E	I	T	D	L	H	P	T	S	S	N	G	D	L	D
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	Y	T	Q	G	D	I	F	D	G	I	N	F	R	G	A	Q	L	A	S	D	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	I	H	G	I	A	R	G	T	A	Q	V	T	I	K	Q	N	G	Y	D	I	Y	N	S	T	V	P	P	G	P	F	T	I	N	D	I	Y	A	A	G	N	S	G	D	L	Q
Template Known Secondary structure						T	T	S	S																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S	S	S								T	T										S											T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.											.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
		334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	T	I	D	E	R	D	G	N	Q	Q	N	Y	T	I	P	Y	S	T	V	P	I	L	Q	R	E	G	R	F	K	F	D	L	T	A	G	D	F	R	S	G	N	S	Q	Q	S	S	P	F	F	F	Q	G	T	A	L	G	G	L	P	Q	E	F	T	A	Y	G	G	T	Q	L	S	A	N	Y	T	A	F	L	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	T	I	K	E	A	D	G	S	T	Q	I	F	T	V	P	Y	S	S	V	P	L	L	Q	R	E	G	H	T	R	Y	S	I	T	A	G	E	Y	R	S	G	N	A	Q	Q	E	K	P	R	F	F	Q	S	T	L	L	H	G	L	P	A	G	W	T	I	Y	G	G	T	Q	L	A	D	R	Y	R	A	F	N	F
Template Known Secondary structure							S	S	S																		T	T															S	T	T																G	G	G											S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
		414	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	G	R	N	L	G	N	W	G	A	V	S	L	D	V	T	H	A	R	S	Q	L	A	D	A	S	R	H	E	G	D	S	I	R	F	L	Y	A	K	S	M	N	T	F	G	T	N	F	Q	L	M	G	Y	R	Y	S	T	Q	G	F	Y	T	L	D	D	V	A	Y	R	R	M	E	G	Y	E	Y	D	Y	D
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.																																	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.																																	.	.	.
Template Sequence		G	I	G	K	N	M	G	A	L	G	A	L	S	V	D	M	T	Q	A	N	S	T	L	P	D	D	S	Q	H	D	G	Q	S	V	R	F	L	Y	N	K	S	L	.	.	.	G	T	N	I	Q	L	V	G	Y	R	Y	S	T	S	G	Y	F	N	F	A	D	T	T	Y	S	R	M	N	G	T	D	Y	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T															T	T																		.	.	.														T	T								S	S		S							.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.																																	.	.	.
Template SS confidence
		381	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.				.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	H	R	D	E	P	I	I	V	N	Y	H	N	L	R	F	S	R	K	D	R	L	Q	L	N	V	S	Q	S	L	N	D	F	G	S	L	Y	I	S	G	T	H	Q	K	Y	W	N	T	S	D	S	D	T	W	Y	Q	V	G	Y	T	S	S	W	V	G	I	S	Y	S	L	S	F	S	W	N	E	S	V	G
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	N	L	A	Y	N	K	R	G	K	L	Q	L	T	V	T	Q	Q	L	G	R	T	S	T	L	Y	L	S	G	S	H	Q	T	Y	W	G	T	S	N	V	D	E	Q	F	Q	A	G	L	N	T	A	F	E	D	I	N	W	T	L	S	Y	S	L	T	K	N	A	W
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	S															T	T	T													S	S	S																S	S													T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.
		574	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.					.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																									.	.	.	.
Query SS confidence																																																																									.	.	.	.
Query Sequence		I	P	D	N	E	R	I	V	G	L	N	V	S	V	P	F	N	V	L	T	K	R	R	Y	T	R	E	N	A	L	D	R	A	Y	A	S	F	N	A	N	R	N	S	N	G	Q	N	S	W	L	A	G	V	G	G	T	L	L	E	G	H	N	L	S	Y	H	V	S	Q	G	D	.	.	.	.	T	S	N	N	G
Query Conservation																																																																									.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	K	G	R	D	Q	M	L	A	L	N	V	N	I	P	F	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	Y	S	M	S	H	D	L	N	G	R	M	T	N	L	A	G	V	Y	G	T	L	L	E	D	N	N	L	S	Y	S	V	Q	T	G	Y	A	G	G	G	D	G	N	S	G
Template Known Secondary structure		T																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	T													T	T	T	T												T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		542	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.
		650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	T	G	S	A	T	A	N	W	Q	A	A	Y	G	T	L	G	G	G	Y	N	Y	D	R	D	Q	H	D	V	N	W	Q	L	S	G	G	V
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	T	G	Y	A	T	L	N	Y	R	G	G	Y	G	N	A	N	I	G	Y	S	H	S	D	D	I	K	Q	L	Y	Y	G	V	S	G	G	V
Template Known Secondary structure												S	S	S											S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.