Job Description P09155 Confidence 99.81% Date Thu Jan 5 11:02:04 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 325 % Identity 18% Template c1tk0A_ PDB info PDB header:transferase/electron transport/dna Chain: A: PDB Molecule:dna polymerase; PDBTitle: t7 dna polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and2 ddctp at the insertion site Resolution 2.30 Å

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		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.			.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.		.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.		.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.																.																			.
Query SS confidence																											.	.																.																			.
Query Sequence		A	I	A	L	D	T	E	F	V	R	T	R	T	Y	Y	P	Q	L	G	L	I	Q	L	F	D	.	.	G	E	H	L	A	L	I	D	P	L	G	I	T	D	W	.	S	P	L	K	A	I	L	R	D	P	S	I	T	K	F	L	H	A	.	G	S	E	D	L	E	V	F	L	N	V	F	G	E	L	P	Q	P
Query Conservation																											.	.																.																			.
Alig confidence																											.	.																.														.					.
Template Conservation																																																										.
Template Sequence		M	I	V	S	D	I	E	A	N	A	L	L	E	S	V	T	K	F	H	C	G	V	I	Y	D	Y	S	T	A	E	Y	V	S	Y	R	P	S	D	F	G	A	Y	L	D	A	L	E	A	E	V	A	R	G	G	L	I	.	V	F	H	N	G	H	K	Y	D	V	P	A	L	T	K	L	A	K	L	Q	L	N	R
Template Known Secondary structure										S	S		G	G	G												T	T	T	T							G	G	G														T	T				.			S	S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																										.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.		.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		100									.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	T	Q	I	L	A	A	F	C	G	R	P	M	S	W	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	S	M	V	E	E	Y	S	G	V	T	L	D	K	S	E	S	R	T	D	W	L	A	R	P	L
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Template Conservation																																																																														.	.
Template Sequence		E	F	H	L	P	R	E	N	C	I	D	T	L	V	L	S	R	L	I	H	S	N	L	K	D	T	D	M	G	L	L	R	S	G	K	L	P	G	A	L	E	A	W	G	Y	R	L	G	E	M	K	G	E	Y	K	D	D	F	K	R	M	L	E	E	Q	G	E	E	Y	V	D	G	M	E	W	W	.	.	N	F
Template Known Secondary structure							G	G	G												T	T	T	S				T	T	T	T	S		G	G	G	S		S																										T	S	S					T	T	G	G	G	T	.	.	S
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.			.	.
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.															.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	E	R	Q	C	E	Y	A	A	A	D	V	W	Y	L	L	P	I	T	A	K	L	M	V	E	T	E	A	S	G	W	L	P	A	A	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	C	R	L	M	Q	M	R	R	Q	E	V	V	A	P	E	D	A	W	R	D	I	T	N	A	W	Q	L	R
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	E	E	M	M	D	Y	N	V	Q	D	V	V	V	T	K	A	L	L	E	K	L	L	S	D	K	H	Y	F	P	P	E	I	D	F	T	D	V	G	Y	T	T	F	W	S	E	S	L	E	A	V	D	I	E	H	R	A	A	W	L	L	A	K	Q	E	R	N	G	F	P	F	D	T	K	A	I	E	E	L	Y
Template Known Secondary structure																									T		T	T	T	S		T	T	S		T	T	S	S									S																								B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
		211	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	R	Q	L	A	C	L	Q	L	L	A	D	W	R	L	R	K	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	E	L	A	A	R	R	S	E	L	L	R	K	L	T	E	T	F	G	S	W	Y	Q	P	K	G	G	T	E	M	F	C	H	P	R	T	G	K	P	L	P	K	Y	P	R	I	K	T	P	K	V	G	G	I	F	K	K	P	E	G	R	E	P	C	E	L	D	T	R	E	Y	V	A	G	A	P	Y	T	P	V
Template Known Secondary structure																			S								S			B			B		T	T	T			B		T	T	S			B	B			S	S			S	B						S	S				B				S			T	T			B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		244	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
					230	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.				.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																												.	.
Query SS confidence		.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																												.	.
Query Sequence		.	.	.	E	R	D	L	A	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	F	V	V	R	E	E	H	L	W	S	V	A	R	Y	M	P	.	.	.	G	S	L	G	E	L	D	S	L	G	L	S	G	S	E	I	R	F	H	G	K	T	L	L	A	L	V	.	.
Query Conservation		.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																												.	.
Alig confidence		.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.																												.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	H	V	V	F	N	P	S	S	R	D	H	I	Q	K	K	L	Q	E	A	G	W	V	P	T	K	Y	T	D	K	G	A	P	V	V	D	D	E	V	L	E	G	V	R	V	D	D	P	E	K	Q	A	A	I	D	L	I	K	E	Y	L	M	I	Q	K	R	I	G	Q	S	A	E	G	D	K	A	W	L	R	Y
Template Known Secondary structure								T	T											T	T	T						B		T	T	S		B			S										S	S																								T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																			280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.		.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.									310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	A	Q	T	L	P	E	D	A	L	P	Q	P	M	.	L	N	L	M	D	M	P	G	Y	R	K	A	F	K	A	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	S	L	I	T	D	V	S	E	T	H	K	I	S	A	E	L	L	A	S	R	R	Q
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	A	E	D	G	K	I	H	G	S	V	N	P	N	G	A	V	T	G	R	A	T	H	A	F	P	N	L	A	Q	I	P	G	V	R	S	P	Y	G	E	Q	C	R	A	A	F	G	A	E	H	H	L	D	G	I	T	G	K	P	W	V	Q	A	G	I	D	A	S	G	L	E	L	R	C	L	A	H	F	M	A
Template Known Secondary structure		B		T	T	S								T	T		S	T	T	S						S	S		T	T					T	T	S	T	T							T	B	S	G	G	G		B		T	T	T			B									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
					334	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	I	N	Q	L	L	N	W	H	W	K	L	K	P	Q	N	N	L	P	E
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.												.
Template Conservation																.
Template Sequence		R	F	D	N	G	E	Y	A	H	E	I	L	N	G	.	D	I	H	T	K	N	Q
Template Known Secondary structure					T	T						T	T	S	S	.
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.		.	.	.	.	.	.	510