Job Description P25888 Confidence 99.91% Date Thu Jan 5 11:42:41 GMT 2012 Rank 87 Aligned Residues 312 % Identity 17% Template c3crw1_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: 1: PDB Molecule:xpd/rad3 related dna helicase; PDBTitle: "xpd_apo" Resolution 4.00 Å

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		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	Q	Q	Q	A	I	P	A	V	L	E	G	R	D	L	M	A	S	A	Q	T	G	T	G	K	T	A	G	F	T	L	P	L	L	Q	H	L	I	T	R	Q	P	H	A	K	G	R	R	P	V	R	A	L	I	L	T	P	T	R	E	L	A	A	Q	I	G	E	N	V	R	D	Y	S	K	Y	L	N	I	R	S
Query Conservation
Alig confidence																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Template Sequence		L	K	D	K	V	I	E	G	L	R	N	N	F	L	V	A	L	N	A	P	T	G	S	G	K	T	L	F	S	L	L	V	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	V	K	P	K	V	L	F	V	V	R	T	H	N	E	F	Y	P	I	Y	R	D	L	T	K	I	.	.	.	R	E	I	T	F
Template Known Secondary structure												T	T									S	S	S	S										T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T		S							S	S	S	G	G	G									S		.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Template SS confidence
		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.													.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70				.	.	.	.	.
		107	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	V	V	F	G	G	V	S	I	N	P	Q	M	M	K	L	R	G	G	V	D	V	L	V	A	T	P	G	R	L	L	D	L	E	H	Q	N	A	V	K	L	D	Q	V	E	I	L	V	L	D	E	A	D	R	M	L	D	M	G	F	I	H	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	F	L	V	G	K	P	S	S	C	L	E	S	E	N	S	L	Y	K	A	D	V	I	A	L	T	Y	P	Y	F	F	I	D	R	Y	R	E	F	I	D	I	D	L	R	E	Y	M	I	V	I	D	E	A	H	N	L	D	K	V	N	E	L	E	E	R	S	L	S	E	I	T	I	Q	M	A	I	K	Q	S	K
Template Known Secondary structure							S	T	T	T							T	T	T	T		S						T										T	T	S				S	T	T							T	G	G	G	S	G	G	G										T	T								S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	E	E	S	R	R	I	L	S	K	L	L	N	Q	L	R	E	V	V	L	P	D	E	K	Y	I	K	V	E	N	V	P	K	L	S	K	E	E	L	E	I	L	A	D	D	Y	E	D	I	R	K	D	S	L	K	Q	K	I	H	I	G	S	I	L	R	F	F	S	L	L	S	I	G	S	F	I	P	F	S	Y
Template Known Secondary structure		S	S	T														T	T					S	S					S	S														T									T	T					T	T	S												S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.
													170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	R	V	L	T	K	L	P	A	K	R	Q	N	L	L	F	S	A	T	F	S	D	D	I	K	A	L	A	E	K	L	L	H	N	P	L	E	I	E	V	A	R	R	N	T	A	S	D	Q	V	T	Q	H	V	H	F	V	D	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																														.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	K	R	L	V	I	K	N	P	E	I	S	Y	Y	L	N	L	L	N	D	N	E	L	S	I	I	L	M	S	G	T	L	P	P	R	E	Y	M	E	K	V	W	G	I	K	R	N	M	L	Y	L	D	V	E	R	E	I	Q	K	R	V	S	G	S	Y	E	C	Y	I	G	V	D	V	T	S	K	Y	D	M	R
Template Known Secondary structure		T	T									S	T	T	T	S	G	G	G	G		T	T								S	S										T	T				S											S	S	S			S										S					T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
							231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.			300	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																																																																						.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.																																																																						.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	R	K	R	E	L	L	S	H	M	I	G	K	G	N	W	Q	Q	V	L	V	F	T	R	T	K	H	G	A	N	H	L	A	E	Q	L	N	K	D	G	I	R	S	A	A	I	H	G	N	K	S	Q	G	A	R	T	R	A	L	A	D	F	K	S	G	D	I	R	V	L	.	.	V	A	T	D
Query Conservation		.	.	.	.	.																																																																						.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation																																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	D	N	M	W	K	R	Y	A	D	Y	L	L	K	I	Y	F	Q	A	K	A	N	V	L	V	V	F	P	S	Y	E	I	M	D	R	V	M	S	R	I	.	.	.	.	.	.	S	L	P	K	Y	V	E	S	E	D	S	S	V	E	D	L	Y	S	A	I	S	A	N	N	K	V	L	I	G	S	V	G	K	G
Template Known Secondary structure																			T	S	S	S							S	S									T	T		.	.	.	.	.	.		S							S									T	T	S	S	S			S							S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.							.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
		304	.	.	.	.	.	310	.	.	.						.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	A	A	R	G	L	D	I	E	E	.	.	.	.	.	L	P	H	V	V	N	Y	E	L	P	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	D	Y	V	H	R	I	G	R	T	G	R	A	A	A	T	G	E	A	L	S	L
Query Conservation												.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	L	A	E	G	I	E	L	R	N	N	D	R	S	L	I	S	D	V	V	I	V	G	I	P	Y	P	P	P	D	D	Y	L	K	I	L	A	Q	R	V	S	L	K	M	N	R	E	N	E	E	F	L	F	K	I	P	A	L	V	T	I	K	Q	A	I	G	R	A	I	R	D	V	N	D	K	C	N	V	W	L
Template Known Secondary structure		S	S		S	S					S	S	S	S		S								S							S									T	T	T			S	S	S	T	T					T														T	T			S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		448	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.
		349	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	C	V	D	E	H	K	L	L	R	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	D	K	R	F	E	S	L	Y	W	K
Template Known Secondary structure			S	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		528	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.