Job Description P25888 Confidence 99.78% Date Thu Jan 5 11:42:41 GMT 2012 Rank 110 Aligned Residues 295 % Identity 19% Template c2vl7A_ PDB info PDB header:unknown function Chain: A: PDB Molecule:xpd; PDBTitle: structure of s. tokodaii xpd4 Resolution 2.25 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		25	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.					.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
Predicted Secondary structure														.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.
Query Sequence		T	P	I	Q	Q	Q	A	I	P	A	V	L	.	.	.	.	E	G	R	D	L	M	A	S	A	Q	T	G	T	G	K	T	A	G	F	T	L	P	L	L	Q	H	L	I	T	R	Q	P	H	A	K	G	R	R	P	V	R	A	L	I	L	T	P	T	R	E	L	A	A	Q	I	G	E	N	V	R	D	Y	S	K
Query Conservation														.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	Q	W	Q	A	E	K	L	G	E	A	I	N	A	L	K	H	G	K	T	L	L	L	N	A	K	P	G	L	G	K	T	V	F	V	E	V	L	G	M	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	K	V	L	I	F	T	R	T	H	S	Q	L	D	S	I	Y	K	N	A	K	L	L	G	L
Template Known Secondary structure																		T	T									T	T	S														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								S													G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50													.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.								140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Query Sequence		Y	L	N	I	R	S	L	V	V	F	G	G	V	S	I	N	P	Q	M	M	K	L	R	G	G	V	D	V	L	V	A	T	P	G	R	L	L	D	L	.	.	.	.	.	.	.	E	H	Q	N	A	V	K	L	D	Q	V	E	I	L	V	L	D	E	A	D	R	M	L	D	M	G	F	I	H	D	.	.	.	.
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	T	G	F	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	N	L	K	D	K	D	V	I	A	M	T	Y	P	Y	L	F	Q	K	P	I	R	N	S	V	F	C	N	K	D	D	C	L	K	L	E	D	Y	L	I	V	I	D	E	A	H	N	L	L	E	A	D	K	W	F	T	R	K	I	S
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	G	G	G		S						T					S								S		S	S	T	T	S			G	G	G						T	T	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		77	.	.	80	.															.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	K	M	L	E	R	A	L	K	E	I	E	I	V	E	R	L	N	R	I	D	A	K	K	V	K	D	Y	I	N	L	L	I	D	Y	M	S	K	L	I	K	D	G	R	C	H	E	L	S	L	M	P	L	P	D	R	E	T	N	G	E	L	I	V	V	T	R	A	Y	L	N	I	D	E	G	P	V	K	K	S
Template Known Secondary structure																		T	T																				T	S			S	S	S					S																						T	T			S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																															170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	R	R	V	L	T	K	L	P	A	K	R	Q	N	L	L	F	S	A	T	F	S	D	D	I	K	A	L	A	E	K	L	L	H	N	P	L	E	I	E	V	A	R	R	N	T	A	S	D	Q	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	L	K	S	L	L	K	F	V	E	M	K	G	D	L	Y	N	C	N	G	S	L	V	K	V	P	S	D	V	N	Q	L	I	E	D	A	L	N	V	K	T	F	K	V	L	M	S	G	T	L	P	E	S	L	T	L	T	N	S	Y	K	I	V	V	N	E	S	G	R	G	E	Y	Y	Y	C	P	N	V	T	S
Template Known Secondary structure												S								T	T							S										T			S	S							S	S			T	T				T	T																		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	Q	H	V	H	F	V	D	K	K	R	K	R	E	L	L	S	H	M	I	G	K	G	N	W	Q	Q	V	L	V	F	T	R	T	K	H	G	A	N	H	L	A	E	Q	L	N	K	D	G	I	R	S	A	A	I	H	G	N	K	S	Q	G	A	R	T	R	A	L	A	D	F	K	S	G	D	I	R	V	L	V
Query Conservation
Alig confidence																											.																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	L	R	K	R	N	S	N	I	P	I	Y	S	I	L	L	K	R	I	Y	E	N	S	S	K	.	S	V	L	V	F	F	P	S	Y	E	M	L	E	S	V	R	I	H	L	S	G	I	P	V	I	E	E	.	.	.	.	.	.	N	K	K	T	R	H	E	E	V	L	E	L	M	K	T	G	K	Y	L	V	M
Template Known Secondary structure			G	G	G																		T		S	S	.							S										T	T		T	T	S					S	.	.	.	.	.	.	T	T	T												T	S
Template Predicted Secondary structure																											.																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.		.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.							.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
		301	.	.	.	.	.	.					.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	T	D	I	A	A	R	.	.	.	.	G	L	D	I	E	E	L	P	H	V	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	Y	E	L	P	N	V	P	E	D	Y	V	H	R	I	G	R	T	G	R	A	A	A	T	G	E	A	L	S	L	V	C	V	D
Query Conservation									.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	M	L	F	E	S	L	V	L	A	G	L	P	Y	P	N	V	S	D	D	M	V	R	K	R	I	E	R	L	S	K	L	T	G	K	D	E	D	S	I	I	H	D	L	T	A	I	V	I	K	Q	T	I	G	R	A	F	R	D	P	N	D	Y	V	K	I	Y	L	C	D	S	R
Template Known Secondary structure													S						T	T	S															T																									S	T	T									S	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.