Job Description P25888 Confidence 99.82% Date Thu Jan 5 11:42:41 GMT 2012 Rank 104 Aligned Residues 328 % Identity 26% Template c1nl3B_ PDB info PDB header:protein transport Chain: B: PDB Molecule:preprotein translocase seca 1 subunit; PDBTitle: crystal structure of the seca protein translocation atpase2 from mycobacterium tuberculosis in apo form Resolution 2.80 Å

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		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	P	T	P	I	Q	Q	Q	A	I	P	A	V	L	E	G	R	D	L	M	A	S	A	Q	T	G	T	G	K	T	A	G	F	T	L	P	L	L	Q	H	L	I	T	R	Q	P	H	A	K	G	R	R	P	V	R	A	L	I	L	T	P	T	R	E	L	A	A	Q	I	G	E	N	V	R	D	Y	S	K	Y	L
Query Conservation
Alig confidence																			.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	P	F	D	V	Q	V	M	G	A	A	A	L	H	L	G	N	.	.	V	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	T	C	V	L	P	A	Y	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	A	G	N	G	V	H	I	V	T	V	N	D	Y	L	A	K	R	D	S	E	W	M	G	R	V	H	R	F	L
Template Known Secondary structure																T	T		.	.						T	T	S						T								.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S	S							S	S																		T
Template Predicted Secondary structure																			.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.			.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.										.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.							.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	I	R	S	L	V	V	F	G	G	V	S	I	N	P	Q	M	M	K	L	R	G	G	V	D	V	L	V	A	T	P	G	R	L	L	D	L	E	H	Q	N	A	V	K	L	.	.	.	.	.	.	D	Q	V	E	I	L	V	L	D	E	A	D	R	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.																						.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.
Template Sequence		G	L	Q	V	G	V	I	L	A	T	M	T	P	D	E	R	R	V	A	Y	N	A	D	.	I	T	Y	G	T	N	N	E	F	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	A	H	S	L	D	D	L	V	Q	R	G	H	H	Y	A	I	V	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	P	A
Template Known Secondary structure		T								T	T												S	S	.																	T	T		S	S	T	T	T												T	T						T	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																									.
Template SS confidence
		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.		.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
				163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.
Predicted Secondary structure		.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	D	M	G	F	I	H	D	I	R	R	V	L	T	K	L	P	A	K	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	G	A	S	N	W	Y	T	E	F	A	R	L	A	P	L	M	E	K	D	V	H	Y	E	V	D	L	R	K	R	T	V	G	V	H	E	K	G	V	E	F	V	E	D	Q	L	G	I	D	N	L	Y	E	A	A	N	S	P	L	V	S	Y	L	N	N	A	L	K	A	K	E	L	F	S	R	D	K	D	Y	I
Template Known Secondary structure			S												G	G	G	S		B	T	T	T					T	T	T	T																T	T		S		T	T		S	T	T																			B	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																												182	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	N	L	L	F	S	A	T	F	S	D	D	I	K	A	L	A	E	K	L	L	H
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	R	D	G	E	V	L	I	V	D	E	F	T	G	R	V	L	I	G	R	R	Y	N	E	G	M	H	Q	A	I	E	A	K	E	H	V	E	I	K	A	E	N	Q	T	L	A	T	I	T	L	Q	N	Y	F	R	L	Y	D	K	L	A	G	M	T	G	T	A	Q	T	E	A	A	E	L	H	E	I	Y	K	L
Template Known Secondary structure			S	S	S					B		S	S	S			B		T	T				S	T	T									T	T																				T	T		S							S			G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	P	L	E	I	E	V	A	R	R	N	T	A	S	D	Q	V	T	Q	H	V	H	F	V	D	K	K	R	K	R	E	L	L	S	H	M	I	G	K	G	N	W	Q	Q	V	L	V	F	T	R	T	K	H	G	A	N	H	L	A	E	Q	L	N	K	D	G	I	R	S	A	A	I	H	G	N	K	S	Q	G	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	V	V	S	I	P	T	N	M	P	M	I	R	E	D	Q	S	D	L	I	Y	K	T	E	E	A	K	Y	I	A	V	V	D	D	V	A	E	R	Y	A	K	G	Q	P	V	L	I	G	T	T	S	V	E	R	S	E	Y	L	S	R	Q	F	T	K	R	R	I	P	H	N	V	L	N	A	K	Y	H	E	Q	E
Template Known Secondary structure									S	S													S	S																			T								S														T	T	T								S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	T	R	A	L	A	D	F	K	S	G	D	I	R	V	L	V	A	T	D	I	A	A	R	G	L	D	I	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.
Template Sequence		A	T	I	I	A	V	A	G	R	R	G	G	.	.	V	T	V	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	V	L	G	G	N	V	D	F	L	T	D	Q	R	L	R	E	R	G	L	D	P	V	E	T	P	E	E	Y	E	A	A	W	H	S	E	L	P	I	V	K	E	E	A	S	K	E	A	K	E	V	I	E
Template Known Secondary structure							T	T	T	S	T	T		.	.						T	T		S	T	T	S				T	T														T	T			T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure														.	.
Template SS confidence
		469	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480			.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
				313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.								.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	E	L	P	H	V	V	N	Y	E	L	P	N	V	P	E	D	Y	V	H	R	I	G	R	T	G	R	A	A	A	T	G	E	A	L	S	L	V	C	V	D	E	.	.	.	.	.	.	.	H	K	L	L	R	D	I	E	K	L	L	K
Query Conservation		.	.																																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.			.																																							.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.
Template Sequence		A	G	G	L	.	Y	V	L	G	T	E	R	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	P	G	E	S	R	F	Y	L	S	L	G	D	E	L	M	R	R	F	N	G	A	A	L	E	T	L	L	T	R	L	N
Template Known Secondary structure		T	T	S		.					S	S			S	S									T	T	S	S	G	G	G											T	T	S					T	T	T											T	T
Template Predicted Secondary structure						.
Template SS confidence
		547	.	.	550		.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.