Job Description P0AC41 Confidence 99.93% Date Thu Jan 5 11:17:07 GMT 2012 Rank 33 Aligned Residues 359 % Identity 19% Template c2zxiC_ PDB info PDB header:fad-binding protein Chain: C: PDB Molecule:trna uridine 5-carboxymethylaminomethyl PDBTitle: structure of aquifex aeolicus gida in the form ii crystal Resolution 2.30 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	K	L	P	V	R	E	F	D	A	V	V	I	G	A	G	G	A	G	M	R	A	A	L	Q	I	S	Q	S	G	Q	T	C	A	L	L	S	K	V	F	P	T	R	S	H	T	V	S	A	Q	G	G	I	T	V	A	L	G	N	T	H	E	D	N	W	E	W	H	M	Y	D	T	V	K	G	S	D	Y	I	G
Query Conservation
Alig confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	A	W	V	V	D	E	F	D	V	V	V	I	G	G	G	H	A	G	I	E	A	A	L	A	A	A	R	M	G	A	K	T	A	M	F	V	L	N	A	D	T	I	G	Q	M	S	C	N	P	A	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	I	A
Template Known Secondary structure		B			G	G	G			S						S	S													T	T								S		G	G	G	T	T				S		S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.																									.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	Q	D	A	I	E	Y	M	C	K	T	G	P	E	A	I	L	E	L	E	H	M	G	L	P	F	S	R	L	D	D	G	R	I	Y	Q	R	P	F	G	G	Q	S	K	N	F	G	G	E	Q	A	A	R	T	A	A	A	A	D	R	T	G	H	A	L	L	H	T	L	Y	Q	Q	N	L	K	N	H	T	T	I
Query Conservation
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	G	I	V	V	R	E	I	D	A	L	G	G	E	M	G	K	A	I	D	Q	T	G	I	Q	F	K	M	L	N	T	R	K	G	K	A	V	Q	S	P	R	A	Q	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	R	Y	R	E	Y	M	K	K	V	C	E	N	Q	E	N	L	Y
Template Known Secondary structure													T		S																S	T	T	S		G	G	G									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.										.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	S	E	W	Y	A	L	D	L	V	K	N	Q	D	G	A	V	V	G	C	T	A	L	C	I	E	T	G	E	V	V	Y	F	K	A	R	A	T	V	L	A	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	G	R	I	Y	Q	S	T	T	N	A	H	I	N	T	G	D	G	V	G	M	A	I	R	A	G	V
Query Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.														.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Conservation														.														.	.	.	.	.																																												.
Template Sequence		I	K	Q	E	E	V	V	D	I	I	V	K	.	N	N	Q	V	V	G	V	R	T	N	L	G	V	.	.	.	.	.	E	Y	K	T	K	A	V	V	V	T	T	G	T	F	L	N	G	V	I	Y	I	G	D	K	M	I	P	G	G	R	L	G	E	P	R	S	E	G	L	S	D	F	Y	.	R	R	F	D	F
Template Known Secondary structure					S								S	.	S	S	B							T	T	S		.	.	.	.	.					S							T	T		B	T						T	T						S	B	T	T	B			B		T						.			T	T
Template Predicted Secondary structure														.														.	.	.	.	.																																												.
Template SS confidence
		121	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.		.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.						.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.		.	190	.	.	.
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.						.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.	.	.
Query Sequence		P	V	Q	D	M	E	M	W	Q	F	H	P	T	G	I	A	G	A	G	V	L	V	T	E	G	C	R	G	E	G	G	Y	L	L	N	K	H	G	E	R	F	M	E	R	Y	A	P	N	A	K	D	L	A	G	R	.	.	.	.	.	D	V	V	A	R	S	I	M	I	E	I	R	E	G	R	G	C	D	G	P
Query Conservation																																																									.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.																																																					.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.
Template Sequence		P	.	.	L	I	R	F	K	T	G	T	P	A	R	L	D	K	R	T	I	D	F	S	A	L	E	V	A	P	G	D	D	P	P	P	K	F	S	F	W	T	E	P	V	G	S	Y	W	F	P	K	G	K	E	Q	V	N	C	W	I	T	Y	T	T	P	K	T	H	E	I	I	R	K	N	L	H	R	T	A	R
Template Known Secondary structure			.	.														G	G	G				T	T	S							S	S		B		S		S	S	S	S	S	T	T		S	B			T	T																						T
Template Predicted Secondary structure			.	.
Template SS confidence
		194			.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.			360	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.
Query Sequence		W	G	P	H	A	K	L	K	L	D	H	L	G	K	E	V	L	E	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	P	G	I	L	E	L	S	R	T	F	A	H	V	D	P	V	K	E	P	I	P	V	I	P	T	C	H	Y	M	M	G	G	.	.	I	P	T
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	C	P	S	I	E	D	K	I	V	K	F	P	D	K	E	R	H	Q	I	F	L	E	P	E	G	L	D	T	I	E	I	Y	P	N	G	L	S	T	S	L	P	E	E	V	Q	W	E	M	Y	R	S	I	P	G	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	V	L	I	R	P	A	Y	A	I	E	Y
Template Known Secondary structure					S	T	T	T	T	T	T	S		T	T		S									S		S	S								T					S										T	T	S	T	T		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.											340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	V	T	G	Q	A	L	T	V	N	E	K	G	E	D	V	V	V	P	G	L	F	A	V	G	E	I	A	C	V	S	V	H	G	A	N	R	L	G	G	N	S	L	L	D	L	V	V	F	G	R	A	A	G	L	H	L	Q	E	S	I	A	E	Q	G	A	L
Query Conservation
Alig confidence								.																							.	.				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.																							.	.				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	V	V	P	P	T	.	E	L	Y	P	T	L	E	T	K	K	I	R	G	L	F	H	A	G	N	F	N	G	.	.	T	T	G	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	E	E	A	A	G	Q	G	I	V	A	G	I	N	A	A	L	R	A	F	G	K	E	P	I
Template Known Secondary structure						G	G	.	G	B		T	T	S	B	B	S	S	S	B	T					G	G	G	G	T	.	.	B		S	.	.	.	.	.	.	.	.																				T	T
Template Predicted Secondary structure								.																							.	.				.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		353	.	.	.	.	.		.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380			.	.	.									.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.