Job Description P37024 Confidence 99.97% Date Thu Jan 5 11:54:32 GMT 2012 Rank 48 Aligned Residues 301 % Identity 22% Template c3dl8B_ PDB info PDB header:protein transport Chain: B: PDB Molecule:protein translocase subunit seca; PDBTitle: structure of the complex of aquifex aeolicus secyeg and2 bacillus subtilis seca Resolution 7.50 Å

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		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.				70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.	.
Query SS confidence																																																												.	.	.
Query Sequence		E	L	L	T	A	L	D	C	A	P	Q	V	L	L	S	A	P	T	G	A	G	K	S	T	W	L	P	L	Q	L	L	A	H	P	G	I	N	G	K	I	I	L	L	E	P	R	R	L	A	A	R	N	V	A	Q	R	L	A	.	.	.	E	L	L	N	E	K	P	G	D	T	V	G	Y	R	M	R	A	Q	N
Query Conservation																																																												.	.	.
Alig confidence																																																												.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	L	M	G	G	V	A	L	H	D	G	N	I	A	E	M	K	T	G	E	G	K	T	L	T	S	T	L	P	V	Y	L	N	A	L	T	G	K	G	V	H	V	V	T	V	N	E	Y	L	A	S	R	D	A	E	Q	M	G	K	I	F	E	F	L	G	L	T	V	G	L	N	L	N	S	M	S	K	D	E	K
Template Known Secondary structure		T										S	S					S	S	S	S		T													T	T	S	S							S												T							T	T					B			S	S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.		.	.	.	.	.								110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.															.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.						.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.						.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	V	G	P	N	T	R	L	E	V	V	T	E	G	V	L	.	T	R	M	I	Q	.	.	.	.	.	.	.	R	D	P	E	L	S	G	V	G	L	V	I	L	D	E	F	H	E	R	S	L	Q	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	A	L	A	L	L	L	D	V	Q	Q	G	L
Query Conservation																		.						.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.						.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	E	A	Y	A	A	D	I	T	Y	S	T	N	N	E	L	G	F	D	Y	L	R	D	N	M	V	L	Y	K	E	Q	M	V	Q	R	P	L	H	F	A	V	I	D	E	V	D	S	I	L	I	D	E	A	R	T	P	L	I	I	S	G	Q	A	A	K	S	T	K	L	Y	V	Q	A	N	A	F	V	R	T	L
Template Known Secondary structure							S	S																T	T	T		S		S															T	T	T	T	T	T	T			S				B							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		147	.	.	150
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	D	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	E	K	D	Y	T	Y	D	I	K	T	K	A	V	Q	L	T	E	E	G	M	T	K	A	E	K	A	F	G	I	D	N	L	F	D	V	K	H	V	A	L	N	H	H	I	N	Q	A	L	K	A	H	V	A	M	Q	K	D	V	D	Y	V	V	E	D	G	Q	V	V	I	V	D	S	F	T	G	R	L	M
Template Known Secondary structure				S		S	T	T				S	S	S															S	S				S				T	T	T																	S		T	T	T	S		B		T	T	T			B		B		T	T	T		S		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
																																											151	.	.	.	.	.	.	.	.			160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	L	I	M	S	A	T	L	.	.	D	N	D	R	L	Q	Q	M	L	P	E	A	P	V	V	I	S	E	G	R	S	F	P	V	E	R	R	Y
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.											.									.
Template Conservation																																																																.									.
Template Sequence		K	G	R	R	Y	S	E	G	L	H	Q	A	I	E	A	K	E	G	L	E	I	Q	N	E	S	M	T	L	A	T	I	T	F	Q	N	Y	F	R	M	Y	E	K	L	A	G	M	T	G	T	A	K	T	E	E	E	E	F	R	N	I	Y	N	.	M	Q	V	V	T	I	P	T	.	N	R	P	V	V	R	D	D
Template Known Secondary structure			S			S		T	T										S										B										T	T	S	S						S				S									T	T		.									.	S	S	T	T		S
Template Predicted Secondary structure																																																																.									.
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.		.	.	.	390	.	.	.	.		.	.	.	.	.	400	.	.
		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.			.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.
Query SS confidence																										.	.
Query Sequence		L	P	L	P	A	H	Q	R	F	D	D	A	V	A	V	A	T	A	E	M	L	R	Q	E	.	.	S	G	S	L	L	L	F	L	P	G	V	G	E	I	Q	R	V	Q	E	Q	L	A	S	R	I	G	S	D	V	L	L	C	P	L	Y	G	A	L	S	L	N	D	Q	R	K	A	I	L	P	A	P	Q	G	M
Query Conservation																										.	.
Alig confidence																										.	.																									.	.	.																											.
Template Conservation																																																				.	.	.																											.
Template Sequence		R	P	D	L	I	Y	R	T	M	E	G	K	F	K	A	V	A	E	D	V	A	Q	R	Y	M	T	G	Q	P	V	L	V	G	T	V	A	V	E	T	S	E	L	I	S	K	L	L	K	N	K	.	.	.	G	I	P	H	Q	V	L	N	A	K	N	H	E	R	E	A	Q	I	I	E	E	A	G	Q	K	G	.
Template Known Secondary structure									S	S	T																	T								S	S															.	.	.	T							S	S	S												S	S	S	S	S	.
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.																											.
Template SS confidence
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.				.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.				.	.	.	.						.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.		.	.	330	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.					.	.	.	.	.																																											.
Query SS confidence																		.	.	.					.	.	.	.	.																																											.
Query Sequence		R	K	V	V	L	A	T	N	I	A	E	T	S	L	T	I	.	.	.	E	G	I	R	.	.	.	.	.	L	V	V	D	C	A	Q	E	R	V	A	R	F	D	P	R	T	G	L	T	R	L	I	T	Q	R	V	S	Q	A	S	M	T	Q	R	A	G	R	A	G	R	L	.	E	P	G	I	S	L	H	L	I
Query Conservation																		.	.	.					.	.	.	.	.																																											.
Alig confidence		.																.	.	.					.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation		.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	A	V	T	I	A	T	N	M	A	G	R	G	T	D	I	K	L	G	E	G	V	K	E	L	G	G	L	A	V	V	G	T	E	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	E	S	R	R	I	D	N	Q	L	R	G	R	S	G	R	Q	G	D	P	G	I	T	Q	F	Y	L
Template Known Secondary structure		.							T	T	T	S	S								S	S	G	G	G	S	S	S						S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S										T	S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			479	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		337
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		540