Job Description P37024 Confidence 99.84% Date Thu Jan 5 11:54:32 GMT 2012 Rank 65 Aligned Residues 306 % Identity 23% Template c2vl7A_ PDB info PDB header:unknown function Chain: A: PDB Molecule:xpd; PDBTitle: structure of s. tokodaii xpd4 Resolution 2.25 Å

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		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	L	P	E	L	L	T	A	L	D	C	A	P	Q	V	L	L	S	A	P	T	G	A	G	K	S	T	W	L	P	L	Q	L	L	A	H	P	G	I	N	G	K	I	I	L	L	E	P	R	R	L	A	A	R	N	V	A	Q	R	L	A	E	L	L	N	E	K	P	G	D	T	V	G	Y	R	M	R	A	Q
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	K	L	G	E	A	I	N	A	L	K	H	G	K	T	L	L	L	N	A	K	P	G	L	G	K	T	V	F	V	E	V	L	G	M	Q	L	.	.	.	K	K	K	V	L	I	F	T	R	T	H	S	Q	L	D	S	I	Y	K	N	A	K	L	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	K	T	G	F	L
Template Known Secondary structure													T	T									T	T	S														.	.	.	T								S													G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50				.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.										.	.	.	.	.	80	.
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110									.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.						.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	C	V	G	P	N	T	R	L	E	V	V	T	E	G	V	L	T	R	M	I	Q	R	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	E	L	S	G	V	G	L	V	I	L	D	E	F	H	.	.	.	.	.	E	R	S	L	Q	A	D	L	A	L	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	A	N	L	K	D	K	D	V	I	A	M	T	Y	P	Y	L	F	Q	K	P	I	R	N	S	V	F	C	N	K	D	D	C	L	K	L	E	D	Y	L	I	V	I	D	E	A	H	N	L	L	E	A	D	K	W	F	T	R	K	I	S	R	K	M	L	E	R	A	L	K	E	I	E	I	V	E	R	L	N	R
Template Known Secondary structure			T	T	G	G	G		S						T					S								S		S	S	T	T	S			G	G	G						T	T	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G																						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	D	A	K	K	V	K	D	Y	I	N	L	L	I	D	Y	M	S	K	L	I	K	D	G	R	C	H	E	L	S	L	M	P	L	P	D	R	E	T	N	G	E	L	I	V	V	T	R	A	Y	L	N	I	D	E	G	P	V	K	K	S	S	L	K	S	L	L	K	F	V	E	M	K	G	D	L	Y	N	C	N
Template Known Secondary structure																				T	S			S	S	S					S																						T	T			S	S	S														S								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
												139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	L	D	V	Q	Q	G	L	R	D	D	L	K	L	L	I	M	S	A	T	L	.	D	N	D	R	L	Q	Q	M	L	P	E	A	P	V	V	I	S	E	G	R	S	F	P	V	E	R	R	Y	L	P	L	P	A	H	Q	R	F	D	D	A	V	A	V	A	T	A	E	M
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation
Template Sequence		G	S	L	V	K	V	P	S	D	V	N	Q	L	I	E	D	A	L	N	V	K	T	F	K	V	L	M	S	G	T	L	P	E	S	L	T	L	T	N	S	Y	K	I	V	V	N	E	S	G	R	G	E	Y	Y	Y	C	P	N	V	T	S	E	L	R	K	R	N	S	N	I	P	I	Y	S	I	L	L	K	R	I
Template Known Secondary structure		T							S										T			S	S							S	S			T	T				T	T																		T	T					G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	R	Q	E	S	G	S	L	L	L	F	L	P	G	V	G	E	I	Q	R	V	Q	E	Q	L	A	S	R	I	G	S	D	V	L	L	C	P	L	Y	G	A	L	S	L	N	D	Q	R	K	A	I	L	P	A	P	Q	G	M	R	K	V	V	L	A	T	N	I	A	E	T	S	L	T	I	E	G	I	R	L	V
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.	.	.																.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.																.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	E	N	S	S	K	S	V	L	V	F	F	P	S	Y	E	M	L	E	S	V	R	I	H	L	S	.	.	.	.	.	G	I	P	V	I	E	E	N	K	K	T	R	H	E	E	.	.	.	.	V	L	E	L	M	K	T	G	K	Y	L	V	M	L	V	M	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	E	S	L
Template Known Secondary structure				T		S	S							S										T	T		T	.	.	.	.	.	T	S					S	T	T	T						.	.	.	.							T	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.																.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.						.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420					.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.										.	.	440	.
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.														.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	D	C	A	Q	E	R	V	A	R	F	D	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	L	T	R	L	I	T	Q	R	V	S	Q	A	S	M	T	Q	R	A	G	R	A	G	R	L	E	P	G	I	S	L	H	L	I	A	K	E	Q	A	E	R	A
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																																										.
Template Sequence		V	L	A	G	L	P	Y	P	N	V	S	D	D	M	V	R	K	R	I	E	R	L	S	K	L	T	G	K	D	E	D	S	I	I	H	D	L	T	A	I	.	V	I	K	Q	T	I	G	R	A	F	R	D	P	N	D	Y	V	K	I	Y	L	C	D	S	R	Y	R	E	Y
Template Known Secondary structure					S						T	T	S															T														.												S	T	T									S	G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																										.
Template SS confidence
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.		.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.