Job Description P09980 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:02:33 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 595 % Identity 15% Template c1w36F_ PDB info PDB header:recombination Chain: F: PDB Molecule:exodeoxyribonuclease v gamma chain; PDBTitle: recbcd:dna complex Resolution 3.1 Å

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		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.			.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.
Query SS confidence																								.	.
Query Sequence		S	G	K	T	R	V	I	T	N	K	I	A	H	L	I	R	G	C	G	Y	Q	A	.	.	R	H	I	A	A	V	T	F	T	N	K	A	A	R	E	M	K	E	R	V	G	Q	T	L	G	R	K	E	A	R	G	L	M	I	S	T	F	H	T	L	G	L	D	I	I	K	R	E	Y	A	A	L	G	M	K	A
Query Conservation																								.	.
Alig confidence																								.	.																										.	.																						.	.	.
Template Conservation																																																			.	.																						.	.	.
Template Sequence		S	N	R	L	D	V	L	E	A	L	M	E	F	I	V	E	R	E	R	L	D	D	P	F	E	P	E	M	I	L	V	Q	S	T	G	M	A	Q	W	L	Q	M	T	L	S	Q	K	F	G	.	.	I	A	A	N	I	D	F	P	L	P	A	S	F	I	W	D	M	F	V	R	V	.	.	.	L	P	E	I	P
Template Known Secondary structure			S															S	S					S	S				B				S	S														T	T	S	.	.						B																.	.	.	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																			.	.																						.	.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.			.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.				.	.	.	80	.
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.								.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	F	S	L	F	D	D	T	D	Q	L	A	L	L	K	E	L	T	E	G	L	I	E	D	D	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	L	L	Q	Q	L	I	S	T	I	S	N	W	K	N	D	L	K	T	P	S	Q	A	A	A	S	A	I	.	.	.	.	.	.	.	G
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.										.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.
Template Sequence		K	E	S	A	F	N	K	Q	S	M	S	W	K	L	M	T	L	L	P	Q	L	L	E	R	E	D	F	T	L	L	R	H	Y	L	T	D	D	S	D	K	R	K	L	F	Q	L	S	S	K	A	A	D	L	F	D	Q	Y	L	V	Y	R	.	.	P	D	W	L	A	Q	W	E	T	G	H	L	V	E	G	L	G
Template Known Secondary structure		S	S		T	T																		S	S	S	T	T							S	S	S	S		S	S																		T	T	S	S	.	.								T	T	T				T	T
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.			.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.			180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.
Query SS confidence																							.	.
Query Sequence		E	R	D	R	I	F	A	H	C	Y	G	L	Y	D	A	H	L	K	A	C	N	.	.	V	L	D	F	D	D	L	I	L	L	P	T	L	L	L	Q	R	N	E	E	V	R	K	R	W	Q	N	K	I	R	Y	L	L	V	D	E	Y	Q	D	T	N	T	S	Q	Y	E	L	V	K	L	L	V	G	S	R	A	R
Query Conservation																							.	.
Alig confidence																							.	.																										.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.
Template Sequence		E	A	Q	A	W	Q	A	P	L	W	K	A	L	V	E	Y	T	H	Q	L	G	Q	P	R	W	H	R	A	N	L	Y	Q	R	F	I	E	T	L	E	S	A	T	T	C	P	P	G	L	.	.	.	P	S	R	V	F	I	C	G	I	S	A	L	P	P	V	Y	L	Q	A	L	Q	A	L	G	K	H	I	E	I
Template Known Secondary structure		T	T																		T	T						S													S		T	T				S		.	.	.		S						S																T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.				.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		237	.	.	240									.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	T	V	V	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	D	D	Q	S	I	Y	S	W	R	G	A	R	P	Q	N	L	V	L	L	S	Q	D	F	P	A	L	K	V	I	K	L	E	Q	N	Y	R	S	S	G	R	I	L	K	A	A	N	I	L	I	A	N	N	P	H	V	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	L	L	F	T	N	P	C	R	Y	Y	W	G	D	V	G	N	P	L	L	A	S	W	G	K	L	G	R	D	Y	I	Y	L	L	S	D	L	E	S	S	Q	E	L	D	A	F	V	D	V	T	P	D	N	L	L	H	N	I	Q	S	D	I	L	E	L	E	N	R	A	V	A	G	V	N	I	E	E	F	S	R
Template Known Secondary structure								S		S	S						S								T											T	T		S	S												S		S												T									S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.		.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.		.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.					.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure																																										.														.												.	.	.	.
Query SS confidence																																										.														.												.	.	.	.
Query Sequence		E	K	R	L	F	S	E	L	G	Y	G	A	E	L	K	V	L	S	A	N	N	E	E	H	E	A	E	R	V	T	G	E	L	I	A	H	H	F	V	N	.	K	T	Q	Y	K	D	Y	A	I	L	Y	R	G	.	N	H	Q	S	R	V	F	E	K	F	L	.	.	.	.	M	Q	N	R	I	P	Y	K	I	S
Query Conservation																																										.														.												.	.	.	.
Alig confidence																																										.														.												.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	D	N	K	R	P	L	D	P	L	D	S	S	I	T	F	H	V	C	H	S	P	Q	R	E	V	E	V	L	H	D	R	L	L	A	M	L	E	E	D	P	T	L	T	P	R	D	I	I	V	M	V	A	D	I	D	S	Y	S	P	F	I	Q	A	V	F	G	S	A	P	A	D	R	Y	L	P	Y	A	I	S
Template Known Secondary structure			T	T	S					T	T			S	S						S	S																			S	T	T			G	G	G						T	T												T	S			S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410					.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	G	T	S	F	F	S	R	P	E	I	K	D	L	L	A	Y	L	R	V	L	T	N	P	D	D	D	S	A	F	L	R	I	V	N	T	P	K	.	.	.	.	R	E	I	G	P	A	T	L	K	K	L	G	E	W	A	M	T	R	N	K	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																								.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	R	R	A	R	Q	S	H	P	V	L	E	A	F	I	S	L	L	S	L	P	D	S	R	F	V	S	E	D	V	L	A	L	L	D	V	P	V	L	A	A	R	F	D	I	T	E	E	G	L	R	Y	L	R	Q	W	V	N	E	S	G	I	R	W	G	I	D	D	D	N	V	R	E	L	E	L	P	A	T	G
Template Known Secondary structure		S			T	T	T	T											T	T	G	G	G												T	T	S							T	T																	T			S		S								T	T					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520
																					432	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	F	T	A	S	F	D	M	G	L	S	Q	T	L	S	G	R	G	Y	E	A	L	T	R	F	T	H	W	L	A	E	I	Q	R	L	A	E	R	E	P	I	A	A	V	R	D	L	I	H	G	M	D	Y	E	S	W	L	Y	E	T	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Template Conservation																																																																								.
Template Sequence		Q	H	T	W	R	F	G	L	T	R	M	L	L	G	Y	A	M	E	S	A	Q	G	E	W	Q	S	V	L	P	Y	D	E	S	S	G	L	I	A	E	L	V	G	H	L	A	S	L	L	M	Q	L	N	I	W	R	R	G	L	A	Q	E	R	P	L	E	E	W	L	P	V	.	C	R	D	M	L	N	A	F	F
Template Known Secondary structure		S	S	S													S	S		S	T	T			S	S	S					T	T	S		S	S	T																					S	S	S								T	T		.
Template Predicted Secondary structure																																																																								.
Template SS confidence
		521	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590		.	.	.	.	.	.	.	.	.
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	S	P	K	A	A	E	M	R	M	K	N	V	N	Q	L	F	S	W	M	T	E	M	L	E	G	S	E	L	D	E	P	M	T	L	T	Q	V	V	T	R	F	T	L	R	D	M	M	E	R	G	E	S	E	E	E	L	D	Q	V	Q	L	M	T	L	H	A	S	K	G	L	E	F	P	Y	V	Y	M	V	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	P	D	A	E	T	E	A	A	M	T	L	I	E	Q	Q	W	Q	A	I	I	A	E	G	L	G	A	Q	Y	G	D	A	V	P	L	S	L	L	R	D	E	L	A	Q	R	L	D	Q	E	R	I	S	Q	R	F	L	A	G	P	V	N	I	C	T	L	M	P	M	R	S	I	P	F	K	V	V	C	L	L	G
Template Known Secondary structure					S																							T	T			S																						T	T	T	T	S	S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.														.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	E	E	G	F	L	P	H	Q	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	D	E	D	N	I	D	E	E	R	R	L	A	Y	V	G	I	T	R	A	Q	K	E	L	T	F	T	L	C	K	E	R	R	Q	Y	G	E	L	V	R	P	E	P	S	R	F	L	L	E	L
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.
Template Conservation																																																															.	.
Template Sequence		M	N	D	G	V	Y	P	R	Q	L	A	P	L	G	F	D	L	M	S	Q	K	P	K	R	G	D	R	S	R	R	D	D	D	R	Y	L	F	L	E	A	L	I	S	A	Q	Q	K	L	Y	I	S	Y	I	G	R	S	I	Q	D	N	S	.	.	E	R	F	P	S	V	L	V	Q	E	L
Template Known Secondary structure			B	T	T	T	S	S							S	S						S			T	T																														B		S	S	S			.	.	B			B
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.
Template SS confidence
		680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740			.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.