Job Description P13033 Confidence 99.60% Date Thu Jan 5 11:33:29 GMT 2012 Rank 135 Aligned Residues 368 % Identity 13% Template c2jb1B_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: B: PDB Molecule:l-amino acid oxidase; PDBTitle: the l-amino acid oxidase from rhodococcus opacus in complex2 with l-alanine Resolution 1.55 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.			.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.
Query SS confidence																																			.	.
Query Sequence		R	F	D	T	V	I	M	G	G	G	L	A	G	L	L	C	G	L	Q	L	Q	K	H	G	L	R	C	A	I	V	T	R	G	.	.	Q	S	A	L	H	F	S	S	G	S	L	D	L	L	S	H	L	P	D	G	Q	P	V	T	D	I	H	S	G	L	E	S	L	R	Q	Q	A	P	A	H	P	Y	S	L	L
Query Conservation																																			.	.
Alig confidence																																			.	.									.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	H	S	V	V	V	L	G	G	G	P	A	G	L	C	S	A	F	E	L	Q	K	A	G	Y	K	V	T	V	L	E	A	R	T	R	P	G	G	R	V	W	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	G	S	E	E	T	D	L	S	G	E	T	Q	K	C	T	F	S	E	G	H	F	Y	N	V	G	A	T
Template Known Secondary structure											S													T	T								S	S	S	S	S		T	T					.	.	.	.	.	.	.	.		T	T						T	T	S									T	T					S	S
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.									.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Query SS confidence																																																																																.	.
Query Sequence		E	P	Q	R	V	L	D	L	A	C	Q	A	Q	A	L	I	A	E	S	G	A	Q	L	Q	G	S	V	E	L	A	H	Q	R	V	T	P	L	G	T	L	R	S	T	W	L	S	S	P	E	V	P	V	W	P	L	P	A	K	K	I	C	V	V	G	I	S	G	L	M	D	F	Q	A	H	L	A	A	A	.	.
Query Conservation																																																																																.	.
Alig confidence																																																																																.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	I	P	Q	S	H	I	T	L	D	Y	C	R	E	L	G	V	E	I	Q	G	F	G	N	Q	N	A	N	T	F	V	N	Y	Q	S	D	T	S	L	S	G	Q	S	V	T	Y	R	A	A	K	A	D	T	F	G	Y	M	S	E	L	L	K	K	A	T	D	Q	G	A	L	D	Q	V	L	S	R	E	D	K	D
Template Known Secondary structure					T	T											T											T	T	S							S	S	T	T	T	T																										T	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
												158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	R	E	L	G	L	A	V	E	T	A	E	I	E	L	P	E	L	D	V	L	R	N	N	A	T	E	F	R	A	V	N	I	A	R	F	L	D	N	E	E	N	W	P	L	L	L	D	A	L	I	P	V	A	N	T	C	E	M	I	L	M	P	A	C	F	G	L	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																			.	.	.	.
Template Conservation																																																																														.	.	.	.
Template Sequence		A	L	S	E	F	L	S	D	F	G	D	L	S	D	D	G	R	Y	L	G	S	S	R	R	G	Y	D	S	E	P	G	A	G	L	N	F	G	T	E	K	K	P	F	A	M	Q	E	V	I	R	S	G	I	G	R	N	F	S	F	D	F	G	Y	D	Q	A	M	M	M	F	T	P	V	G	G	M	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												T			T	T	S						G	G	G								S	T	T																		T	T	T	T	T	G	G	G	G	G		T	T	T	S	S	S					T	T		T	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	D	K	L	W	R	W	L	N	E	K	L	P	C	S	L	M	L	L	P	T	L	P	P	S	V	L	G	I	R	L	Q	N	Q	L	Q	R	Q	F	V	R	Q	G	G	V	W	M	P	G	D	E	V	K	K	V	T	C	K	N	G	V	V	N	E	I	W	T	R	N	H	A	D	I	P	L	R	P	R	F	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	R	I	Y	Y	A	F	Q	D	R	I	G	T	.	.	D	N	I	V	F	G	A	E	V	T	S	M	K	N	V	S	E	G	V	T	V	E	Y	T	A	G	G	S	K	K	S	I	T	A	D	Y	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T												G	.	.	G	G			S	S										T	T									T	T								S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template SS confidence
																														240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.			.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		308	.	310	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	A	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	C	T	I	P	P	H	L	V	G	R	L	Q	N	N	L	P	G	D	V	L	T	A	L	K	A	A	K	P	S	S	S	G	K	L	G	I	E	Y	S	R	R	W	W	E	T	E	D	R	I	Y	G	G	A	S	N	T	D	K	D	I	S	Q	I	M	F	P	Y	D	H	Y	N	S	D	R	G	V	V	V	A
Template Known Secondary structure					S						T	T	S													T	T														S	S						T	T				S						S	S	T	T							S	S	S	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
											313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.			.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	F	F	S	G	G	L	V	A	E	R	N	G	I	R	E	P	I	L	G	L	D	V	L	Q	T	A	T	R	G	E	W	Y	K	G	D	F	F	A	P	Q	P	W	Q	Q	F	G	V	T	T	D	E	T	L	R	P	S	Q	A	.	.	G	Q	T	I	E	N	L	F	A	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																												.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	Y	S	S	G	K	R	Q	E	A	F	E	S	L	T	H	R	Q	R	L	A	K	A	I	A	E	G	S	E	I	H	G	E	K	Y	T	R	D	I	S	S	S	F	S	G	S	W	R	R	T	K	Y	S	E	S	A	W	A	N	W	A	G	A	T	P	E	Y	E	K	L	L	E	P	V	D	K	I	Y	F	A
Template Known Secondary structure						T								T	S																			G	G	G	G	S	S									G	G	G	S	T	T	T	S	S	S	S														T	S		B	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		382	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	S	V	L	G	G	F	D	P	I	A	Q	G	C	G	G	G	V	C	A	V	S	A	L	H	A	A	Q	Q	I	A	Q	R	A	G
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	H	L	S	N	A	I	A	W	Q	H	G	.	.	.	.	.	A	L	T	S	A	R	D	V	V	T	H	I	H	E	R	V	A
Template Known Secondary structure		S	G	G	G	S	S	S	T	T	S				.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.
Template SS confidence
		458	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470						.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.