Job Description P13033 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:33:29 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 294 % Identity 21% Template c1yq4A_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:succinate dehydrogenase flavoprotein subunit; PDBTitle: avian respiratory complex ii with 3-nitropropionate and ubiquinone Resolution 2.33 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.				.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.
Query Sequence		R	F	D	T	V	I	M	G	G	G	L	A	G	L	L	C	G	L	Q	L	Q	K	H	G	L	R	C	A	I	V	T	R	G	Q	.	.	.	S	A	L	H	F	S	S	G	S	L	D	L	L	S	H	L	P	D	G	Q	P	V	T	D	I	H	S	G	L	E	S	L	R	Q	Q	A	P	A	H	P	Y	S	L
Query Conservation																																				.	.	.
Alig confidence																																				.	.	.																																										.	.
Template Conservation																																																																																.	.
Template Sequence		E	F	D	A	V	V	V	G	A	G	G	A	G	L	R	A	A	F	G	L	S	E	A	G	F	N	T	A	C	V	T	K	L	F	P	T	R	S	H	T	V	A	A	Q	G	G	I	N	A	A	L	G	N	M	E	D	D	N	W	R	W	H	F	Y	D	T	V	K	G	S	D	W	L	G	D	Q	D	A	.	.
Template Known Secondary structure				S							S													T	T								S	S		G	G	G	S	G	G	G	G			S								S	S	S															T	T	T		S					.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Template SS confidence
		18	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	E	P	Q	R	V	L	D	L	A	C	Q	A	Q	A	L	I	A	E	S	G	A	Q	L	Q	G	S	V	E	L	A	H	Q	R	V	T	P	L	G	T	L	R	S	T	W	L	S	S	P	E	V	P	V	W	P	L	P	A	K	K	I	C	V	V	G	I	S	G	L	M	D	F	Q	A	H	L	A	A	A	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	I	H	Y	M	T	E	Q	A	P	A	A	V	I	E	L	E	N	Y	G	M	P	F	S	R	T	E	E	G	K	I	Y	Q	R	A	F	G	G	Q	S	L	Q	F	G	K	G	G	Q	A	H	R	C	C	C	V	A	D	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.																		T	T					B		T	T	S	S	B						T	T		B	S	G	G	G	T	S		B							S	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	R	E	L	G	L	A	V	E	T	A	E	I	E	L	P	E	L	D	V	L	R	N	N	A	T	E	F	R	A	V	N	I	A	R	F	L	D	N	E	E	N	W	P	L	L	L	D	A	L	I	P	V	A	N	T	C	E	M	I	L	M	P	A	C	F	G	L	A	D	D	K	L	W	R	W	L	N	E	K
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.				.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.																			.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.																			.	.	.
Query Sequence		L	P	C	S	L	M	L	L	P	T	L	P	P	S	V	L	G	I	R	L	Q	N	Q	L	Q	R	Q	F	V	R	Q	G	G	V	W	M	P	G	D	E	V	K	K	V	T	C	K	N	G	V	V	N	E	I	W	T	.	.	.	R	N	H	A	D	I	P	L	R	P	R	F	A	V	L	A	S	G	.	.	.
Query Conservation																																																										.	.	.																			.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.																			.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	H	S	L	L	H	T	L	Y	G	R	S	L	R	Y	D	T	S	Y	F	V	E	Y	F	A	L	D	L	L	M	E	N	G	E	C	R	G	V	I	A	L	C	I	E	D	G	T	I	H	R	F	R	A	K	N	T	V	I	A	T	G	G	Y	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	T	S							T										T	T										T	T	T	T								S										G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	T	Y	F	S	C	T	S	A	H	T	S	T	G	D	G	T	A	M	V	T	R	A	G	L	P	C	Q	D	L	E	F	V	Q	F	H	P	T	G	I	Y	G	A	G	C	L	I	T	E	G	C	R	G	E	G	G	I	L	I	N	S	Q	G	E	R	F	M	E	R	Y	A	P	V	A	K	D	L	A	S	R
Template Known Secondary structure		G	G	S	S	S	B	S	S		T	T													T						T	T										T	T	T			B			T					T	T						T	T	S			T					S	T	T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		218	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.
																															313	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	F	F	S	G	G	L	V	A	E	R	N	G	I	R	E	P	I	L	G	L	D	V	L	Q	T	A	T	R	G	E	W	Y	K	G	D	F	F	A	P	Q	P	W	Q	Q	F	G	V	T	T	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.
Template Conservation																																																													.	.	.	.
Template Sequence		D	V	V	S	R	S	M	T	I	E	I	R	E	G	R	G	C	G	P	E	K	D	H	V	Y	L	Q	L	H	H	L	P	P	Q	Q	L	A	T	R	L	P	G	I	S	E	T	A	M	I	F	A	G	V	D	V	T	K	E	P	.	.	.	.	I	P	V	L	P	T	V	H	Y	N	M	G	G	I	P	T	N
Template Known Secondary structure														T	T	T		B	T	T	T	T		B						T	T	S																								T	T	T	S		.	.	.	.											S		B			B
Template Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.
Template SS confidence
		298	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.					.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
		364	.	.	.	.					.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.		.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.			400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.																		.															.	.
Query SS confidence							.	.	.	.																		.															.	.
Query Sequence		E	T	L	R	P	.	.	.	.	S	Q	A	G	Q	T	I	E	N	L	F	A	I	G	S	V	L	.	G	G	F	D	P	I	A	Q	G	C	G	G	G	V	.	.	C	A	V	S	A	L	H	A	A	Q	Q	I	A	Q	R	A	G	G	Q	Q
Query Conservation							.	.	.	.																		.															.	.
Alig confidence							.	.	.	.																		.															.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	K	G	Q	V	I	T	H	V	N	G	E	D	K	V	V	P	G	L	Y	A	C	G	E	A	A	S	A	S	V	H	G	A	N	R	L	G	A	N	S	L	L	D	L	V	V	F	G	R	A	C	A	L	T	I	A	E	T	C	K	P	G	E
Template Known Secondary structure		T	T	S							T	T												G	G	G				S	S	S	T	T	S			T	T	S																						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.