Job Description P00893 Confidence 99.87% Date Thu Jan 5 10:57:03 GMT 2012 Rank 58 Aligned Residues 490 % Identity 12% Template c2c3yA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:pyruvate-ferredoxin oxidoreductase; PDBTitle: crystal structure of the radical form of2 pyruvate:ferredoxin oxidoreductase from desulfovibrio3 africanus Resolution 1.93 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40											.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	E	M	L	S	G	A	E	M	V	V	R	S	L	I	D	Q	G	V	K	Q	V	F	G	Y	P	G	G	A	V	L	D	I	Y	D	A	L	H	T	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	I	D	H	V	L	V	R	H	E	Q	A	A	V	H	M	A	D	G	L	A	R	A	T	G	E	V	G	V
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation																	.																																																														.	.
Template Sequence		M	M	T	T	D	G	N	T	A	T	A	H	V	A	Y	.	A	M	S	E	V	A	A	I	Y	P	I	T	P	S	S	T	M	G	E	E	A	D	D	W	A	A	Q	G	R	K	N	I	F	G	Q	T	L	T	I	R	E	M	Q	S	E	A	G	A	A	G	A	V	H	G	A	L	A	A	G	A	L	.	.	T
Template Known Secondary structure																	.				S								T	T	T														T				T	T	S									S	S														T	T			.	.
Template Predicted Secondary structure																	.																																																														.	.
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.		20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80			.
		71	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	V	T	S	G	P	G	A	T	N	A	I	T	G	I	A	T	A	Y	M	D	S	I	P	L	V	V	L	S	G	Q	V	A	T	S	L	I	G	Y	D	A	F	Q	E	C	D	M	V	G	I	S	R	P	V	V	K	H	S	F	L	V	K	Q	T	E	D	I	P	Q	V	L	K	K	A	F	W	L	A	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		T	T	F	T	A	S	Q	G	L	L	L	M	I	P	N	M	Y	K	I	S	G	E	L	L	P	G	V	F	H	V	T	A	R	A	I	A	A	H	A	L	S	I	F	G	D	H	Q	D	I	Y	A	A	R	Q	T	G	F	A	M	L	A	S	S	S	V	Q	E	A	H	D	M	A	L	V	A	H	L	A	A	I
Template Known Secondary structure																							T	T										B				S	S	S				S	B		S						T	T	T	S	S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	G	R	P	G	P	V	V	V	D	L	P	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	L	N	P	A	N	K	L	P	Y	V	W	P	E	S	V	S	M	R	S	Y	N	P	T	T	T	G	H	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.
Template Sequence		E	S	N	V	.	P	F	M	H	F	F	D	G	F	R	T	S	H	E	I	Q	K	I	E	V	L	D	Y	A	D	M	A	S	L	V	N	Q	K	A	L	A	E	F	R	A	K	S	M	N	P	E	H	P	H	V	R	G	T	A	Q	N	P	D	I	Y	F	Q	G	R	E	A	A	N	P	Y	Y	L	K	V	P
Template Known Secondary structure						.								T	T	T	T	T	S																	S												S			T	T	S					S					T	T	T							T	T
Template Predicted Secondary structure						.
Template SS confidence
		162	.	.	.		.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.															.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	Q	I	K	R	A	L	Q	T	L	V	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	K	P	V	V	Y	V	G	G	G	A	I	T	A	G	C	H	Q	Q	L	K	E	T	V	E	A	L	N	L	P	V	V	C	S	L	M	G	L	G	A	F	P	A	T	H	R	Q	A	L	G	M	L	G
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																							.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	I	V	A	E	Y	M	Q	K	V	A	S	L	T	G	R	S	Y	K	L	F	D	Y	V	G	A	P	D	A	E	R	V	I	V	S	M	G	S	S	C	E	T	I	E	E	V	I	N	H	L	A	A	K	.	G	E	K	I	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	K	V	R	L	Y	R
Template Known Secondary structure																S					S							T	T		S							T	T														T	T	.	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				S
Template Predicted Secondary structure																																																							.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.		.	.	.	.	.	.														300	.	.	.	.	.	.
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270		.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.											.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.								.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
Predicted Secondary structure													.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	H	G	T	Y	E	A	N	M	T	M	.	H	N	A	D	V	I	F	A	V	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	F	D	D	R	T	T	N	N	L	A	K	Y	C	P	N	A	T	V	L	H	I	.	.	.	.	.	.	.	D	I	D	P	T	S	I	S	K	T	V	T	A	D	I	P	I	V
Query Conservation													.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	F	V	S	E	A	F	F	A	A	L	P	A	S	A	K	V	I	T	V	L	D	R	T	K	E	P	G	A	P	G	D	P	L	Y	L	D	V	C	S	A	F	V	E	R	G	E	A	M	P	K	I	L	A	G	R	Y	G	L	G	S	K	E	F	S	P	A	M	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S									S	S		T	T									S	S			T	T		S	S															T	S												G	G	G									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	D	A	R	Q	V	L	E	Q	M	L	E	L	L	S	Q	E	S	A	H	Q	P	L	D	E	I	R	D	W	W	Q	Q	I	E	Q	W	R	A	R	Q	C	L	K	Y	D	T	H	S	E	K	I	K	P	Q	A	V	I	E	T	L	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	K	S	V	Y	D	N	M	S	G	A	K	K	N	H	F	T	V	G	I	E	D	D	V	T	.	.	.	.	.	.	.	G	T	S	L	P	V	D	N	A	F	A	D	T	T	P	K	G	T	I	Q	C	Q	F	W	G	L	G	A	D	G	T	V	G	A	N	K	Q	A	I	K	I	I	G	D	N	T
Template Known Secondary structure		.	.	.									T	T			S	S				S	S			T	T	T	.	.	.	.	.	.	.			B					T	T					S		T	T										T	T	S	S																S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.								400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
												383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	T	K	G	D	A	Y	V	T	S	D	V	G	Q	H	Q	M	F	A	A	L	Y	Y	P	F	D	K	P	R	R	W	I	N	S	G	G	L	G	T	M	G	F	G	L	P	A	A	L	G	V	K	M	A	L	P	E	E	.	.	.	T	V	V	C	V	T	G	D	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.																				.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	L	F	A	Q	G	Y	F	S	Y	D	S	K	K	S	G	G	I	T	I	S	H	L	R	F	G	E	K	P	I	Q	S	T	Y	L	V	N	R	A	D	Y	V	A	.	.	.	.	.	.	C	H	N	P	A	Y	V	G	I	Y	D	I	L	E	G	I	K	D	G	G	T	F	V	L	N	S	P	W	S	S	L
Template Known Secondary structure		S											S		S	S	S											S	S						S			S	S		S				.	.	.	.	.	.		S		G	G	G	G	G	T	S		T	T	T	T			T	T								S			S
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.							.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		450	.	.	.	.		.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.										.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	I	Q	M	N	.	I	Q	E	L	S	T	A	L	Q	Y	E	L	P	V	L	V	V	N	L	N	N	R	Y	L	G	M	V	K	Q	W	Q	D	M	I	Y	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	H	S	Q	S	Y	M	Q	S	L	P	D	F	V	R	L	A	E	A	Y	G	H	V	G	I	Q	I	S
Query Conservation							.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	M	D	K	H	L	P	S	G	I	K	R	T	I	A	N	K	K	L	K	F	Y	N	I	D	A	V	K	I	A	T	D	V	G	L	G	G	R	I	N	M	I	M	Q	T	A	F	F	K	L	A	G	V	L	P	F	E	K	A	V	D	L	L	K	K	S	I	H	K	A	Y	G	K	K	G	E	K	I	V
Template Known Secondary structure								S		T	T	T		.		T	T	T	T	T																T	S	T	T														S		S	S																S			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	P	H	E	L	E	S	K	L	S	E	A	L	E	Q	V	R	N
Query Conservation
Alig confidence					.	.
Template Conservation					.	.
Template Sequence		K	M	N	.	.	T	D	A	V	D	Q	A	V	T	S	L	Q	E
Template Known Secondary structure			.		.	.													B
Template Predicted Secondary structure					.	.
Template SS confidence
		600	.	.			.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.