Job Description P23847 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:39:55 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 459 % Identity 21% Template c3ry3B_ PDB info PDB header:transport protein Chain: B: PDB Molecule:putative solute-binding protein; PDBTitle: putative solute-binding protein from yersinia pestis. Resolution 2.43 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.		40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.
Query SS confidence												.
Query Sequence		T	L	V	Y	C	S	E	G	S	P	.	E	G	F	N	P	Q	L	F	T	S	G	T	T	Y	D	A	S	S	V	P	L	Y	N	R	L	V	E	F	K	I	G	T	T	E	V	I	P	G	L	A	E	K	W	E	V	S	E	D	G	K	T	Y	T	F	H	L	R	K	G	V	K	W	H	D	N	K	E	F	K
Query Conservation												.
Alig confidence												.																	.	.	.	.										.																																					.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.										.																																					.	.	.
Template Sequence		T	L	Q	L	A	I	G	D	E	P	T	E	G	F	D	P	X	L	G	W	S	H	G	S	Y	L	L	.	.	.	.	L	H	S	P	L	L	K	Q	N	.	E	D	F	S	W	D	S	L	L	L	S	Q	Y	Q	P	S	D	D	G	K	T	W	L	L	T	L	K	P	D	L	K	F	S	D	G	S	.	.	.
Template Known Secondary structure								S				S	S				G	G	G		S	S	S	S	T				.	.	.	.					S					.	T	T	S					S	S								T	T	S	S								T	T		B		T	T	S		.	.	.
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.										.																																					.	.	.
Template SS confidence
		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.					.	.	.	60	.	.	.	.	.		.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
		109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	T	R	E	L	N	A	D	D	V	V	F	S	F	D	R	Q	K	N	A	Q	N	P	Y	H	K	V	S	G	G	S	Y	E	Y	F	E	G	M	G	L	P	E	L	I	S	E	V	K	K	V	D	D	N	T	V	Q	F	V	L	T	R	P	E	A	P	F	L	A	D	L	A	M	D	F	A	S	I	L	S	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	P	L	T	A	K	D	V	A	F	T	Y	N	N	A	A	A	G	K	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	X	G	N	F	L	S	A	E	V	I	D	P	L	N	V	R	I	H	L	K	A	P	Q	S	T	F	V	N	V	L	G	S	L	G	I	V	S	A	D	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	B														T				S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S									T	T							S	S			T	T						T	T	S					S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
					102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	Y	A	D	A	M	M	K	A	G	T	P	E	K	L	D	L	N	P	I	G	T	G	P	F	Q	L	Q	Q	Y	Q	K	D	S	R	I	R	Y	K	A	F	D	G	Y	W	G	T	K	P	Q	I	D	T	L	V	F	S	I	T	P	D	A	S	V	R	Y	A	K	L	Q	K	N	E	C	Q	V	M	P	Y	P
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Template Sequence		Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	K	T	Y	A	Q	K	P	I	G	A	G	P	Y	R	L	V	S	F	Q	P	G	Q	Q	X	I	V	E	A	N	P	Y	Y	A	G	N	K	N	D	F	D	K	L	I	F	V	F	L	D	E	.	D	S	A	F	A	A	A	Q	S	G	Q	L	G	V	V	R	I	P
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	T	T	T	S				S	S	S								T	T	T								T	T		S	S				S		S										.									T	T			S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Template SS confidence
		164										.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.		.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
		269	270	.	.	.	.	.	.	.											.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	P	A	D	I	A	R	M	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	K	S	I	N	L	M	E	M	P	G	L	N	V	G	Y	L	S	Y	N	V	Q	K	K	P	L	D	D	V	K	V	R	Q	A	L	T	Y	A	V	N	K	D	A	I	I	K	A	V	Y	Q	G	A	G	V	S	A	K	N	L	I
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	S	X	A	V	G	S	V	N	N	X	K	L	W	V	R	P	S	V	E	N	R	G	I	V	F	P	T	T	P	A	G	K	K	D	A	H	G	Y	P	I	G	N	D	V	T	A	D	V	A	I	R	R	A	I	N	Y	A	I	N	R	Q	L	L	A	D	Q	I	X	E	G	H	A	I	P	A	Y	T	G	V
Template Known Secondary structure		T	T	S						T	T								B											S		S					T	T	S						T	T	T	T	S																					S	T	T						S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.								.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	P	T	M	W	G	Y	N	D	D	V	Q	D	Y	T	Y	D	P	E	K	A	K	A	L	L	K	E	A	G	L	E	K	G	F	S	I	D	L	.	.	.	.	.	.	.	W	A	M	P	V	Q	R	P	Y	N	P	N	A	R	R	M	A	E	M	I	Q	A	D	W	A	K	V	G	V	Q	A	K	I	V	T
Query Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.																																			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.
Template Sequence		Q	G	L	.	P	W	N	N	P	D	S	A	I	K	D	G	D	I	D	K	A	K	Q	I	L	E	Q	A	G	W	Q	L	N	S	Q	G	T	R	E	K	N	G	L	P	A	K	I	T	L	W	Y	T	S	G	D	T	T	R	R	D	L	A	Q	A	L	R	S	X	L	K	P	I	G	I	D	V	D	L	K	S
Template Known Secondary structure		T	T	S	.	T	T	S		T	T						S												T	T					T	T	S	S				T	T											S	S																G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure					.
Template SS confidence
		314	.	.		.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	E	W	G	E	Y	L	K	R	A	K	D	G	E	H	Q	T	V	M	M	G	W	T	G	D	N	G	D	P	D	N	F	F	A	T	L	F	S	C	A	A	S	E	Q	G	S	N	Y	S	K	W	C	Y	K	P	F	E	D	L	I	Q	P	A	R	A	T	D	D	H	N	K	R	V	E	L	Y	K	Q	A	Q
Query Conservation
Alig confidence											.	.	.														.	.
Template Conservation											.	.	.														.	.
Template Sequence		G	S	W	E	T	V	E	R	N	.	.	.	X	H	A	N	P	T	L	F	G	W	G	S	L	.	.	D	P	X	E	L	Y	H	H	Y	S	S	N	A	A	G	V	E	Y	Y	N	P	G	Y	Y	K	N	P	X	V	D	K	H	L	Q	Q	A	L	D	A	P	T	W	Q	Q	A	V	P	F	W	Q	Q	V	D
Template Known Secondary structure											.	.	.	T	T	T	S									S	.	.	S	T									G	G	G	T	T	S	T	T	S	S	T	T																		S	S										T	T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.														.	.
Template SS confidence
		393	.	.	.	.	.	.	400	.				.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.			.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
								492	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.				.	.	.	.	.	530	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	V	V	M	H	D	Q	A	P	A	L	I	I	A	H	S	T	V	F	E	P	V	R	K	E	V	K	G	Y	V	V	D	P	L	.	.	.	G	K	H	H	F	E	N	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																		.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																		.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	D	G	T	T	G	A	G	I	R	G	D	A	A	W	A	W	L	L	N	I	Q	H	T	Y	L	A	N	N	C	V	D	L	G	K	G	T	P	E	I	H	G	S	W	S	L	L	N	S	I
Template Known Secondary structure				S	S			S	S	T	T	T	T																	T	T							S		B		S	S	T	T	G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.