Job Description P23847 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:39:55 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 487 % Identity 21% Template c2d5wA_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: A: PDB Molecule:peptide abc transporter, peptide-binding protein; PDBTitle: the crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus2 thermophilus hb8 complexed with pentapeptide Resolution 1.30 Å

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		25	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.				.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.														.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	V	Q	A	K	T	L	V	Y	C	S	E	G	S	P	E	G	F	N	P	Q	.	.	.	L	F	T	S	G	T	T	Y	D	A	S	S	V	P	L	Y	N	R	L	V	E	F	K	I	G	T	T	E	V	I	P	G	L	A	E	K	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	V	S	E	D	G
Query Conservation																							.	.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.																										.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																			.
Template Sequence		G	P	Q	D	N	S	L	V	I	G	A	S	Q	E	P	R	V	L	A	G	D	F	L	R	V	I	S	N	Q	A	I	K	S	E	I	E	Q	Y	L	F	A	P	F	I	G	F	N	A	D	.	S	Q	N	F	P	V	L	A	T	E	V	P	T	L	E	N	G	R	L	R	V	T	D	I	G	G	G	K	K	R
Template Known Secondary structure						T							S				S	S		S	S		T	T		S	S	B																S					T	T	.	S					S	S	B	S	S				T	T	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50		.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	T	Y	T	F	H	L	R	K	G	V	K	W	H	D	N	K	E	F	K	P	T	R	E	L	N	A	D	D	V	V	F	S	F	D	R	Q	K	N	A	Q	N	P	Y	H	K	V	S	G	G	S	Y	E	Y	F	E	G	M	G	L	P	E	L	I	S	E	V	K	K	V	D	D	N	T	V	Q	F	V	L	T
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	E	M	D	I	T	I	R	P	D	A	K	W	S	D	G	R	.	.	.	.	.	.	P	I	T	T	E	D	V	A	F	Y	F	E	V	G	K	A	K	G	M	P	V	L	N	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	F	W	E	R	V	N	V	R	I	K	D	A	R	N	F	T	L	I	F	E
Template Known Secondary structure								B		T	T		B		T	T	S		.	.	.	.	.	.	B															S	T	T				S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												S	S	S							S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.							.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.													.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	P	E	A	P	F	L	A	D	L	A	M	D	F	A	S	I	L	S	K	E	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	M	M	K	A	G	T	P	E	K	L	D	L	N	P	I	G	T	G	P	F	Q	L	Q	Q	Y	Q
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.
Template Sequence		P	A	Y	Y	Y	D	T	Y	G	P	.	.	.	I	N	T	Y	A	P	K	H	I	M	G	P	E	W	E	R	V	K	A	A	A	R	G	L	D	P	D	K	D	A	E	K	L	N	E	L	Y	R	N	F	F	L	K	F	A	T	P	Q	A	L	N	R	G	A	M	V	Y	S	G	P	F	K	L	K	R	W	V
Template Known Secondary structure		S			T	T	T	T		S		.	.	.	B																					T	T			T	T	T	T														T	T	T	S						T	T						S	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.
Template SS confidence
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.				.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.						.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.							.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	D	S	R	I	R	Y	K	A	F	D	G	Y	W	.	.	.	.	.	G	T	K	P	Q	I	D	T	L	V	F	S	I	T	P	D	A	S	V	R	Y	A	K	L	Q	K	N	E	C	Q	V	M	P	Y	P	N	P	A	D	I	.	.	.	.	.	.	A	R	M	K	Q	D	K	S	I	N	L	M	E	M	P
Query Conservation																.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	G	N	S	I	E	M	E	R	N	P	N	F	P	I	K	P	E	G	G	E	S	K	Y	V	Q	K	V	V	Y	R	F	I	Q	N	T	N	S	L	L	V	A	V	I	G	G	S	I	D	A	T	S	S	V	S	L	T	F	D	Q	G	R	S	P	Q	L	V	R	R	A	P	G	R	F	D	I	W	F	V	P
Template Known Secondary structure		T	T	T								T	T						T	T		G	G	G	S		S								S	S											T			S				S	S	S							T						T	T		T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.								.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	L	N	V	G	Y	L	S	Y	N	V	Q	K	K	P	.	.	.	.	.	.	.	L	D	D	V	K	V	R	Q	A	L	T	Y	A	V	N	K	D	A	I	I	K	A	V	Y	Q	G	A	G	V	S	A	K	N	L	I	P	P	T	M	W	G	Y	N	D	D	V	Q	D	Y	T	Y	D	P	E	K	A	K	A
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	A	I	W	E	H	I	D	I	N	K	F	E	N	C	Q	V	V	K	D	L	G	L	N	D	K	R	T	R	Q	A	I	L	H	A	L	N	R	E	G	L	V	K	A	F	F	D	G	L	Q	P	V	A	H	T	W	I	A	P	V	N	P	L	F	N	P	N	V	K	K	Y	E	F	D	L	K	K	A	E	A
Template Known Secondary structure														T	T	S							T	T	T	S										T	S											T	T	S	S		B		S	S	S	S		T	T	S	T	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		362	.	.	.	.	.	.	.	370												.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.							.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	L	K	E	A	G	L	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	F	S	I	D	L	W	A	M	P	V	Q	R	P	Y	N	P	N	A	R	R	M	A	E	M	I	Q	A	D	W	A	K	V	G	V	Q	A	K	I	V	T	Y	E	W	G	E	Y	L	K	R	A	.	.	.	.	.	.	K	D	G
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	L	A	E	M	G	W	R	K	G	P	D	G	I	L	Q	R	T	V	N	G	R	T	V	R	F	E	I	E	Y	V	T	T	A	G	N	V	V	R	E	R	T	Q	Q	F	F	A	E	D	L	K	K	I	G	I	A	V	K	I	N	N	A	P	S	A	V	V	F	A	D	E	F	I	Q	R	A	S	E	C	K
Template Known Secondary structure						T	T					T	T	S							T	T												B	T	T																		T	T								B						T	B					T		G	G	G	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		425	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.		.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.									.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	H	Q	T	V	M	M	G	W	T	G	D	N	.	G	D	P	D	N	F	F	A	T	L	F	S	C	A	A	S	E	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	S	N	Y	S	K	W	C	Y	K	P	F	E	D	L	I	Q	P	A	R	A	T	D	D	H	N	K	R	V	E	L	Y	K	Q	A	Q	V	V	M	H
Query Conservation															.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	T	G	M	F	E	F	A	W	V	S	N	L	Q	E	D	G	S	L	F	Q	Y	K	N	L	N	T	G	A	I	M	V	P	T	K	E	N	N	Y	Q	G	Q	N	I	G	G	W	R	N	D	E	F	D	R	L	T	S	Q	A	V	L	E	F	D	P	E	R	R	K	Q	L	F	W	R	A	Q	E	I	W	A
Template Known Secondary structure		S		S										S					G	G	G		S	B		T	T	T			B		S		S	G	G	G	T	T		S	S		T	T															T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		496	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.				.	.	.	.	530	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.
Query Sequence		D	Q	A	P	A	L	I	I	A	H	S	T	V	F	E	P	V	R	K	E	V	K	G	Y	V	V	D	P	L	G	.	.	.	K	H	H	F	E	N	V	S
Query Conservation																																.	.	.
Alig confidence																																.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	L	P	A	L	P	L	Y	F	R	A	N	P	Y	V	V	R	K	G	L	V	N	Y	V	A	S	A	Y	S	G	G	Y	G	Y	P	G	W	N	A	W
Template Known Secondary structure					S															T	T			S					S	S	T	T	T	T	T		S		T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580