Job Description P0AFG8 Confidence 97.67% Date Thu Jan 5 11:26:11 GMT 2012 Rank 93 Aligned Residues 217 % Identity 23% Template d2c42a2 SCOP info Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding) PFOR PP module Resolution 1.78

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		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.												200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	P	E	F	W	Q	F	P	T	V	S	M	G	L	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	A	I	Y	Q	A	K	F	L	K	Y	L	E	H	R	G	L	K	D	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	A	P	S	M	P	Y	K	T	N	R	L	G	Q	G	P	A	W	G	N	S	L	F	E	D	A	A	E	Y	G	F	G	M	N	M	S	M	F	A	R	R	T	H	L	A	D	L	A	A	K	A	L	E	S	D	A	S	G	D	V	K	E	A	L	Q	G	W	L	A	G	K	N	D	P	I	K	S	K	E	Y
Template Known Secondary structure			T	T				B				T	T	S										S	T	T																												T	T	T																T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		847	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.
																													222	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Q	T	V	Y	A	F	L	G	D	G	E	M	D	E	P	E	S	K	G	A	I	T	I	A	T	R	E	K	L	D	N	L	V	F	V	I	N	C	N	L	Q	R	L	D	G	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.
Template Sequence		G	D	K	L	K	K	L	L	A	G	Q	K	D	G	L	L	G	Q	I	A	A	M	S	D	L	Y	T	K	K	S	V	W	I	F	G	G	D	G	W	A	Y	.	D	I	G	Y	G	G	L	D	H	V	L	A	S	G	E	D	V	N	V	F	V	M	D	T	E	V	Y	S	N	T	G	G	Q	S	S	K	A	T
Template Known Secondary structure									T	T	T			S								T	T	G	G	G	T	S															.	T	T	T										T	T		S									S	S	B	T	T	T	T		B			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																											.
Template SS confidence
		927	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.		.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.
										268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.		.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	T	G	N	G	K	I	I	N	E	L	E	G	I	F	E	G	A	G	W	.	N	V	I	K	V	M	W	G	S	R	W	D	E	L	L	R	K	D	T	S	G	K	L	I	Q	L	M	N	E	T	V	D	G	D	Y	Q	T	F	K	S	K	D	G	A	Y	V	R	E	H	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																						.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	T	G	A	V	A	K	F	A	A	A	G	K	R	T	G	K	K	D	L	A	R	M	V	M	T	Y	G	Y	V	Y	V	A	T	V	S	M	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T			B	B	T	B	T	T			S	S											T	T	S	S	S							T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1006	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.				.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.
Query Sequence		F	G	K	Y	P	E	T	A	A	L	V	A	D	W	T	D	E	Q	I	W	A	L	N	R	G	G	H	D	P	K	K	I	Y	A	A	F	K	K	A	Q	E	T	K	G	K	A	T	V	I	L	A	H	T	I	K	.	.	.	G	Y	G	M	G	D	A	A	E	G	K	N	I	A	H	Q	V	K	K	M	N	M
Query Conservation																																																									.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.											.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	K	Q	Q	F	L	K	V	L	K	E	A	E	S	F	P	G	.	P	S	L	V	I	A	Y	A	T	C	I	N	Q	G	L	R	K	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	G	K	S	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															S	S	S	.											G	G	G		B	T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																													1045	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.		.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.													1080	.	.	.	.
		416	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.						.	.	.	.	.	.	.	.					440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.									.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.									.	.	.	.
Query Sequence		D	G	V	R	H	I	R	D	R	F	N	V	P	V	S	D	.	.	.	.	.	A	D	I	E	K	L	P	Y	.	.	.	.	I	T	F	P	E	G	S	E	E	H	T	Y	L	H	A	Q	R	Q	K	L	H	G	Y	L	P	S	R	Q	P	N	F	T	E	K	L	E	L	P	S	L	Q	D	F
Query Conservation																		.	.	.	.	.									.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.									.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	V	M	N	T	A	V	K	S	G	Y	W	P	L	F	R	Y	D	P	R	L	A	A	Q	G	K	N	P	F	Q	L	D	S	K	A	P	D	G	S	V	E	E	F	L	M	A	Q	N	R	F	A	V	L	D	R	S	F	P	E	D	A	K	R	L	R	A	Q	V	A	H	E	L	D	V	R	F
Template Known Secondary structure										T	T	S	S												T	T	S		S					S		S			S								T	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1085	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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