Job Description P0AFG8 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:26:11 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 627 % Identity 25% Template c3uk1A_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:transketolase; PDBTitle: crystal structure of a transketolase from burkholderia thailandensis2 with an oxidized cysteinesulfonic acid in the active site Resolution 2.15 Å

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		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.					.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.
Query Sequence		L	E	R	R	I	R	S	A	I	R	W	N	A	I	M	T	V	L	R	A	S	K	K	D	L	E	L	G	G	H	M	A	S	F	Q	S	S	A	T	I	Y	D	V	C	F	N	H	F	F	R	.	.	.	.	A	R	N	E	Q	D	G	G	D	L	V	Y	F	Q	G	H	I	S	P	G	V	Y	A	R	A	F
Query Conservation																																																				.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	T	T	L	M	A	N	A	I	R	A	L	A	M	D	A	V	Q	Q	A	N	.	.	.	.	.	.	S	G	H	P	G	M	P	M	G	M	A	E	I	G	V	A	L	W	S	R	H	L	K	H	N	P	T	N	P	H	W	A	D	R	D	R	F	V	L	S	N	G	H	G	S	M	L	L	Y	S	L	L	H
Template Known Secondary structure																						T	.	.	.	.	.	.		S								T											T					T	T		T	T		T	T								S	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		23	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.							.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.
		154	.	.	.		.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.				.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.																																																									.	.	.
Query SS confidence						.																																																									.	.	.
Query Sequence		L	E	G	R	.	L	T	Q	E	Q	L	D	N	F	R	Q	E	V	H	G	N	G	L	S	S	Y	P	H	P	K	L	M	P	E	F	W	Q	F	P	T	V	S	M	G	L	G	P	I	G	A	I	Y	Q	A	K	F	L	K	Y	L	E	.	.	.	H	R	G	L	K	D	T	S	K	Q	T	V	Y	A	F	L
Query Conservation						.																																																									.	.	.
Alig confidence						.													.	.																.																											.	.	.
Template Conservation																			.	.																.
Template Sequence		L	T	G	Y	D	L	P	I	E	E	L	K	N	F	R	Q	L	.	.	H	S	K	T	P	G	H	P	E	Y	G	I	T	P	G	.	V	E	T	T	T	G	P	L	G	Q	G	L	A	N	A	V	G	M	A	L	G	E	A	L	L	A	A	E	F	N	R	D	D	A	K	I	V	D	H	H	T	Y	V	F	L
Template Known Secondary structure				T		S								T	T	T	S	T	.	.	T		S			S	S			T	T	T	S	T	T	.			S				S	T	T																						B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure																			.	.																.
Template SS confidence
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.			.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.		.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	D	G	E	M	D	E	P	E	S	K	G	A	I	T	I	A	T	R	E	K	L	D	N	L	V	F	V	I	N	C	N	L	Q	R	L	D	G	P	V	T	G	N	G	K	I	I	N	E	L	E	G	I	F	E	G	A	G	W	N	V	I	K	V	M	W	G	S	R	W	D	E	L	L	R	K	D	T	S	G
Query Conservation
Alig confidence					.																																										.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.																																										.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	G	.	L	M	E	G	I	S	H	E	A	C	S	L	A	G	T	L	K	L	N	K	L	I	A	L	Y	D	D	N	G	I	S	I	D	G	D	V	V	N	W	F	H	.	.	D	D	T	P	K	R	F	E	A	Y	G	W	N	V	I	P	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					.			S													T	T		T	T									S			T	T			G	G	G	T			.	.										T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.																																										.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		174	.	.		.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.			.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	L	I	Q	L	M	N	E	T	V	D	G	D	Y	Q	T	F	K	S	K	D	G	A	Y	V	R	E	H	F	F	G	K	Y	P	E	T	A	A	L	V	A	D	W	T	D	E	Q	I	W	A	L	N	R	G	G	H	D	P	K	K	I	Y	A	A	F	K	K	A	Q	E	T	K	G	K	A	T	V	I	L	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	H	D	V	D	A	I	D	A	A	I	A	K	A	K	R	S	D	.	K	P	S	L	I	C	C
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T													T	T		S	.	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.
Template SS confidence
																																																							237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.		.	.	.	.	260	.	.
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.				.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.
Query Sequence		H	T	I	K	G	Y	G	M	G	D	A	A	E	G	K	N	I	A	H	Q	V	K	K	M	N	M	D	G	V	R	H	I	R	D	R	F	N	V	P	V	S	D	A	D	I	E	K	L	P	Y	I	T	F	.	.	.	P	E	G	S	E	E	H	T	Y	L	H	A	Q	R	Q	K	L	H	G	Y	L	P	S	R
Query Conservation																																																							.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	T	G	A	D	E	I	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	R	E	A	L	G	W	T	W	A	P	F	V	I	P	Q	E	V	Y	A	A	W	D	A	K	E	A	G	K	R	S	E	D	D	W	N	A	A	F	A	Q	Y	R	A	K	Y	P	A	E
Template Known Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T					T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		263	.	.	.	.	.	.	270	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
		467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.								.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	P	N	F	T	E	K	L	E	L	P	S	L	Q	D	F	G	A	L	L	E	E	.	.	.	.	.	.	.	Q	S	K	E	I	S	T	T	I	A	F	V	R	A	L	N	V	M	L	K	N	K	S	I	K	D	R	L	V	P	I	I	A	D	E	A	R	T	F	G	M	E	G	L	F	R	Q	I	G	I	Y
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	A	E	F	E	R	R	M	A	G	T	L	P	A	D	W	A	A	K	A	A	A	I	V	A	G	A	N	E	R	G	E	T	V	A	T	R	K	A	S	Q	Q	T	I	E	G	L	.	.	.	A	A	V	L	P	E	L	L	G	G	S	A	D	L	T	G	S	N	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											T				T	T																																	.	.	.					T	T						S	S						T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		341	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.				.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
		540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	P	N	G	Q	Q	Y	T	P	Q	D	R	E	Q	V	A	Y	Y	K	E	D	E	K	G	Q	I	L	Q	E	G	I	N	E	L	G	A	G	C	S	W	L	A	A	A	T	S	Y	S	T	N	N	L	P	M	I	P	F	Y	I	Y	Y	S	M	F	G	F	Q	R	I	G	D	L	C	W	A	A	G	D	Q	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.																																											.	.	.	.	.																										.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																											.	.	.	.	.																										.	.
Template Sequence		.	.	.	.	N	W	K	A	S	K	A	V	R	A	N	A	D	G	P	G	V	Q	W	G	N	H	I	N	Y	G	V	R	E	F	G	M	S	A	A	I	N	G	L	V	L	H	.	.	.	.	.	G	G	Y	K	P	F	G	G	T	F	L	T	F	S	D	Y	S	R	N	A	L	R	V	A	A	.	.	L	M
Template Known Secondary structure		.	.	.	.			T	T			B					S	S	S	S	S					S						S																.	.	.	.	.	S	S									G	G	G													.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																											.	.	.	.	.																										.	.
Template SS confidence
						408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.						450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.			.	.
		620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	G	F	L	I	G	G	T	S	G	R	T	T	L	N	G	E	G	L	Q	H	E	D	G	H	S	H	I	Q	S	L	T	I	P	N	C	I	S	Y	D	P	A	Y	A	Y	E	V	A	V	I	M	H	D	G	L	E	R	M	Y	G	E	K	Q	E	N	V	Y	Y	Y	I	T	T	L	N	E	N	Y	H	M
Query Conservation
Alig confidence																																																											.	.	.	.	.																.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.																.	.
Template Sequence		K	V	P	S	I	F	V	F	T	H	D	S	I	G	L	G	E	D	G	P	T	H	Q	S	V	E	H	V	A	S	L	R	L	I	P	N	L	D	V	W	R	P	A	D	T	V	E	T	A	V	A	W	T	Y	A	V	A	.	.	.	.	.	H	Q	H	P	S	C	L	I	F	S	R	Q	N	L	A	.	.	F
Template Known Secondary structure		T											S	G	G	G		T	T		T	T	T			S	S							T	S	T	T							S	S														.	.	.	.	.	S	S	S								S	S				.	.
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.																.	.
Template SS confidence
		477	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.						.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.			.
		700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.			.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.
Query SS confidence																												.	.
Query Sequence		P	A	M	P	E	G	A	E	E	G	I	R	K	G	I	Y	K	L	E	T	I	E	G	S	K	G	.	.	K	V	Q	L	L	G	S	G	S	I	L	R	H	V	R	E	A	A	E	I	L	A	K	D	Y	G	V	G	S	D	V	Y	S	V	T	S	F	T	E	L	A	R	D	G	Q	D	C	E	R	W	N	M
Query Conservation																												.	.
Alig confidence																												.	.																									.
Template Conservation																																																						.
Template Sequence		N	A	R	T	D	A	Q	L	A	N	V	E	K	G	G	Y	V	L	R	D	W	D	E	E	I	V	A	R	K	I	I	L	I	A	T	G	S	E	V	E	L	A	M	K	A	V	E	P	L	A	Q	Q	.	G	I	A	A	R	V	V	S	M	P	S	S	D	V	F	D	R	Q	D	A	E	Y	R	E	R	V	L
Template Known Secondary structure												G	G	G	S	S								S	S			S									T	T															T	.	T									S							T	S									S
Template Predicted Secondary structure																																																						.
Template SS confidence
		550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.		.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.
		778	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	H	P	L	E	T	P	R	V	P	Y	I	A	Q	V	M	N	D	A	P	A	V	A	S	T	D	Y	M	K	L	F	A	E	Q	V	R	T	Y	V	P	A	D	D	Y	R	V	L	G	T	D	G	F	G	R	S	D	S	R	E	N	L	R	H	H	F	E	V	D	A	S	Y	V	V	V	A	A	L	G	E	L
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template Sequence		P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	G	V	R	R	V	A	I	E	A	G	V	T	D	F	W	R	K	Y	V	.	.	.	.	G	L	E	G	G	V	V	G	I	D	T	F	G	E	S	A	P	A	G	V	L	F	K	H	F	G	F	T	V	E	H	V	I	E	T	A	K	A	V	L
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S							S	S		S	G	G	G					.	.	.	.	T	T	T	S							S				S	S									T	T		S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.
Template SS confidence
		629																630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.					650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		858
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		690